当前蛋白身份：P83876
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1PQN dominant negative human hDim1 (hDim1 1-128) 提交 2003-06-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–128（127 aa）
片段：dominant negative human hDim1
|
突变：deltaC14 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.65；310 K；压力 ambient
NMR样品组成
1mM hDim1 1-128,U-15N; 10mM phosphate buffer; 95% H2O, 5% D2O, 0.2% 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate
(DSS), 0.04% NaN3 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1mM hDim1 1-128,U-15N,13C; 10mM phosphate buffer; 95% H2O, 5% D2O, 0.2% 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate
(DSS), 0.04% NaN3 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1mM hDim1 1-128,U-13C; 10mM phosphate buffer; 100% D2O, 0.2% 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate
(DSS), 0.04% NaN3 | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1QGV HUMAN SPLICEOSOMAL PROTEIN U5-15KD 提交 1999-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–142（142 aa）
片段：FULL-LENGTH
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；1.0 M AMMONIUM SULPHATE 0.2 M HEPES/NAOH, PH 7.6 AT 294 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.269 |
| 1SYX The crystal structure of a binary U5 snRNP complex 提交 2004-04-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.262 |
| 1SYX The crystal structure of a binary U5 snRNP complex 提交 2004-04-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.262 |
| 1SYX The crystal structure of a binary U5 snRNP complex 提交 2004-04-02 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.262 |
| 3JCR 3D structure determination of the human*U4/U6.U5* tri-snRNP complex 提交 2016-01-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA；pH 7.9；20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.00 Å |
| 4BWQ Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 提交 2013-07-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
4–137（134 aa）
片段：RESIDUES 4-137
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.252 |
| 4BWQ Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 提交 2013-07-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
4–137（134 aa）
片段：RESIDUES 4-137
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.252 |
| 4BWQ Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 提交 2013-07-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
4–137（134 aa）
片段：RESIDUES 4-137
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.252 |
| 4BWQ Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 提交 2013-07-04 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4–137（134 aa）
片段：RESIDUES 4-137
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.252 |
| 4BWS Crystal structure of the heterotrimer of PQBP1, U5-15kD and U5-52kD. 提交 2013-07-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
4–137（134 aa）
片段：RESIDUES 4-137
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 4BWS Crystal structure of the heterotrimer of PQBP1, U5-15kD and U5-52kD. 提交 2013-07-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
4–137（134 aa）
片段：RESIDUES 4-137
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 4CDO Crystal structure of PQBP1 bound to spliceosomal U5-15kD 提交 2013-11-05 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
4–137（134 aa）
片段：RESIDUES 4-137,223-265
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.238 |
| 4CDO Crystal structure of PQBP1 bound to spliceosomal U5-15kD 提交 2013-11-05 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
4–137（134 aa）
片段：RESIDUES 4-137,223-265
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.238 |
| 5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6AH0 The Cryo-EM Structure of the Precusor of Human Pre-catalytic Spliceosome (pre-B complex) 提交 2018-08-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6QW6 Structure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution. 提交 2019-03-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 5D
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait 30s, blot for 2s to 3s.
|
分辨率 2.92 Å |
| 6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 5D
1–142（142 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 4F
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 4F
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 4F
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 4F
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8Q7N cryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (tri-snRNP core region) 提交 2023-08-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.29 Å |
| 8QOZ Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss+ATPgammaS Complex (core part) 提交 2023-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QP8 Cryo-EM Structure of Pre-B Complex (core part) 提交 2023-09-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8QP9 Cryo-EM Structure of Pre-B+AMPPNP Complex (core part) 提交 2023-09-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8QPA Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ssLNG Complex (core part) 提交 2023-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8QPB Cryo-EM Structure of Pre-B+ATP Complex (core part) 提交 2023-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8QPE Cryo-EM Structure of Pre-B-like Complex (core part) 提交 2023-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QPK Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss Complex (core part) 提交 2023-10-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.60 Å |
| 8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric（62） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 8R0B Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+ATP complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |