当前蛋白身份：Q94702
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A73 INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED WITH DNA 提交 1998-03-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
片段：ENDONUCLEASE (I-PPO) ENCODED ENDONUCLEASE
链 B
1–163（163 aa）
片段：ENDONUCLEASE (I-PPO) ENCODED ENDONUCLEASE
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, PH 5.4 - 5.8, 20 MM NACL, 2 MM EDTA., pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.297 |
| 1A74 I-PPOL HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX 提交 1998-03-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, PH 5.4 - 5.8; 20 MM NACL, 2 MM EDTA., pH 5.60, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.265 |
| 1CYQ INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI (H98A)/DNA HOMING SITE COMPLEX 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
突变：H98A 突变：H98A | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 3350, SODIUM CITRATE, SODIUM CHLORIDE, SPERMINE, EDTA, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.235 |
| 1CZ0 INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI/DNA COMPLEX LACKING CATALYTIC METAL ION 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 3350, SODIUM CITRATE, SODIUM CHLORIDE, SPERMINE, EDTA, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.216 |
| 1EVW L116A MUTANT OF THE HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED TO HOMING SITE DNA. 提交 2000-04-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
突变：L116A 突变：L116A | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, MES pH 6.5, NaCl, MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.320 |
| 1EVW L116A MUTANT OF THE HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED TO HOMING SITE DNA. 提交 2000-04-20 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–163（163 aa）
链 D
1–163（163 aa）
|
突变：L116A 突变：L116A | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, MES pH 6.5, NaCl, MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.320 |
| 1EVX APO CRYSTAL STRUCTURE OF THE HOMING ENDONUCLEASE, I-PPOI 提交 2000-04-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；ammonium sulfate, PEG 8K, sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.229 |
| 1IPP HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX 提交 1998-03-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
23–185（163 aa）
链 B
23–185（163 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, PH 5.4 - 5.8; 20 MM NACL, 2 MM EDTA., VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.316 |
| 2O6M H98Q mutant of the homing endonuclease I-PPOI complexed with DNA 提交 2006-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–163（163 aa）
链 B
1–163（163 aa）
|
突变：H98Q 突变：H98Q | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M Citrate, pH 5.2-5.8, 20 mM NaCl, 2 mM EDTA, 20-30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.244 |
| 8VMO Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:ground state at pH7.0 (K+ MES) with Na+ 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.189 |
| 8VMP Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 10s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.185 |
| 8VMQ Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 20s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.188 |
| 8VMR Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 40s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.194 |
| 8VMS Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 80s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.189 |
| 8VMT Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 160s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.196 |
| 8VMU Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 320s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.194 |
| 8VMV Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 600s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.196 |
| 8VMW Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:ground state at pH6.0 (K+ MES) with Na+ 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.198 |
| 8VMX Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 10s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.184 |
| 8VMY Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 20s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.189 |
| 8VMZ Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 40s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.196 |
| 8VN0 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 80s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.196 |
| 8VN1 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 160s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.200 |
| 8VN2 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 320s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.192 |
| 8VN3 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 600s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.193 |
| 8VN4 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 1200s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.202 |
| 8VN5 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:ground state at pH8.0 (Tris) with Na+ 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.188 |
| 8VN6 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 10s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.197 |
| 8VN7 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 20s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.196 |
| 8VN8 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 40s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.194 |
| 8VN9 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 80s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.192 |
| 8VNA Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 160s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.197 |
| 8VNB Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 240s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.197 |
| 8VNC Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 320s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.188 |
| 8VND Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 600s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.192 |
| 8VNE Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 10s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.196 |
| 8VNF Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 20s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.196 |
| 8VNG Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 40s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.192 |
| 8VNH Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 80s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.206 |
| 8VNJ Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 120s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.196 |
| 8VNK Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 160s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.194 |
| 8VNL Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 240s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.188 |
| 8VNM Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 320s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.190 |
| 8VNN Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 480s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.195 |
| 8VNO Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 600s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.193 |
| 8VNP Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex at pH6.0 (K+ MES) with 0.2 M sodium malonate 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.190 |
| 8VNQ Homing endonuclease H98A I-PpoI-DNA complex at pH6.0 (K+ MES) with 1 mM Mn2+ for 1800s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.210 |
| 8VNR Homing endonuclease H98A I-PpoI-DNA complex at pH6.0 (K+ MES) with 1 mM Mn2+ for 600s and then 100 mM imidazole for 15 hrs 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.216 |
| 8VNS Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 200 mM Mn2+ for 600s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.252 |
| 8VNT Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 1800s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.198 |
| 8VNU Homing endonuclease H98A I-PpoI-DNA complex at pH6.0 (K+ MES) with 70 mM Tl+ for 1800s 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–163（162 aa）
链 B
2–163（162 aa）
|
未记录 | TL THALLIUM (I) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.219 |