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11sy

Cryo-EM structure of substrate engaged p97-Ufd1-NPL4-Faf1 complex (NPL4 focused)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 108.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear protein localization protein 4 homolog

Homo sapiens

UniProt Q8TAT6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 2–608 未记录 Ubiquitin × 4 （P0CG48） Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1 × 1 （Q92890） ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；50 mM HEPES, pH 7.6, 150 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ATP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.28 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 11SY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
11TA Cryo-EM structure of substrate engaged p97-Ufd1-NPL4-Faf1 complex (motor focused) 提交 2026-03-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 G 2–608（607 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；50 mM HEPES, pH 7.6, 150 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
11VE Cryo-EM structure of substrate engaged p97-Ufd1-NPL4-Faf1 complex (State1) 提交 2026-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 G 1–608（608 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.85 Å
7WWP Crystal structure of human Npl4 提交 2022-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 91–560（470 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M HEPES (pH6.5), 16 % (w/v) PEG 3350, and 5 % (v/v) MPD
分辨率 2.99 Å R-free 0.290
7WWQ Crystal structure of human Ufd1-Npl4 complex 提交 2022-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 96–560（465 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M Tris-HCl (pH8.5), 5 % (v/v) glycerol, and 1.3 M magnesium sulfate hydrate
分辨率 2.72 Å R-free 0.277
9YRC p97Ufd1-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP 提交 2025-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 G 1–608（608 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NPL4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 5–611； UniProt 2–608

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–76 链 I； UniProt 1–76 链 J； UniProt 1–76 链 K； UniProt 1–76 未记录 Nuclear protein localization protein 4 homolog × 1 （Q8TAT6） Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1 × 1 （Q92890） ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；50 mM HEPES, pH 7.6, 150 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ATP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.28 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 11SY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1OGW Synthetic Ubiquitin with fluoro-Leu at 50 and 67 提交 2003-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：RESIDUES 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；SEEDED FROM DROP CONTAINING CONTAINING 5 MUL 20MG/ML UBIQUITIN AND 5 MUL 30% PEG 4000 IN 50MM CACODYLATE-HCL PH 5.6. STORED IN 38% PEG 4000.
分辨率 1.32 Å
2L3Z Proton-Detected 4D DREAM Solid-State NMR Structure of Ubiquitin 提交 2010-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP Residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 pH 4.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 100 % [U-13C; U-15N; U-2H] Ubiquitin, 20% H2O, 80% D2O in crystallization buffer | 20% H2O, 80% D2O in crystallization buffer
分辨率未提供
2LD9 Backbone Structure of Ubiquitin determined using Backbone amide NOEs and Backbone N-H and N-C RDCs 提交 2011-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] sodium phosphate-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LVO Structure of the gp78CUE domain bound to monubiquitin 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 50 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LVP gp78CUE domain bound to the distal ubiquitin of K48-linked diubiquitin 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 50 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LVQ gp78CUE domain bound to the proximal ubiquitin of K48-linked diubiquitin 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 50 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LZ6 Distinct ubiquitin binding modes exhibited by sh3 domains: molecular determinants and functional implications 提交 2012-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 0.2 mM [U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 1 mM Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 1 mM CD2AP SH3-C, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 0.46 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.828 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 1.37 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.78 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 1.75 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-C, 1.75 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MBO K11-linked Diubiquitin average solution structure at pH 6.8, 0 mM NaCl 提交 2013-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；压力 ambient
NMR样品组成 75 uM [U-99% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2MBQ K11-linked Diubiquitin average solution structure at pH 6.8, 150 mM NaCl 提交 2013-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成 75 uM [U-99% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2MCN Distinct ubiquitin binding modes exhibited by SH3 domains: molecular determinants and functional implications 提交 2013-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 0.2 mM [U-99% 15N] CD2AP SH3-A, 1 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-99% 15N] ubiquitin, mM CD2AP SH3-A, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.9 mM [U-99% 13CU-99% 15N] CD2AP SH3-A, 0.46 mM [U-99% 15N ubiquitin | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13CU-99% 15N] CD2AP SH3-A, 1.37 mM [U-99% 15N] ubiquitin | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.7 mM [U-99% 13CU-99% 15N] CD2AP SH3-A, 1.75 mM [U-99% 15N] ubiquitin | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CD2AP SH3-A, 1.75 MM [U-99% 15N] ubiquitin | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MI8 Solution structure of lysine-free (K0) ubiquitin 提交 2013-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：K6R, K11R, K27R, K29R, K33R, K48R, K63R 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成 5 % [U-2H] D2O, 50 mM TRIS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2MJ5 Structure of the UBA Domain of Human NBR1 in Complex with Ubiquitin 提交 2013-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residuses 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-1, 5 mM potassium chloride-2, 1 mM EDTA-3, 1 mM benzamidine-4, 1 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-7, 95 % H2O-8, 5 % D2O-9, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-10, 5 mM potassium chloride-11, 1 mM EDTA-12, 1 mM benzamidine-13, 1 mM DTT-14, 0.02 % sodium azide-15, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-16, 12.5 mg/mL Pf1 phage-17, 150 mM sodium chloride-18, 95 % H2O-19, 5 % D2O-20, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1_UBA-21, 2 mM Ubiquitin-22, 12.5 mg/mL Pf1 phage-23, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-24, 5 mM potassium chloride-25, 1 mM EDTA-26, 1 mM benzamidine-27, 1 mM DTT-28, 0.02 % sodium azide-29, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-30, 12.5 mg/mL Pf1 phage-31, 150 mM sodium chloride-32, 95 % H2O-33, 5 % D2O-34, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1_UBA-35, 2 mM Ubiquitin-36, 12.5 mg/mL Pf1 phage-37, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 2 mM NBR1_UBA-38, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-39, 12.5 mg/mL Pf1 phage-40, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NBR1_UBA-41, 4.5 mM Ubiquitin-42, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2MOR A tensor-free method for the structural and dynamical refinement of proteins using residual dipolar couplings 提交 2014-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；292 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.6；304 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] Ubiquitin, 10 mM phosphate, 5 w/v DMPC:DHPC(3:1), 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2MRE NMR structure of the Rad18-UBZ/ubiquitin complex 提交 2014-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] Ubiquitin-binding zinc finger (UBZ) domain from human Rad18, 5 mM Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2 mM [U-13C; U-15N] Ubiquitin, 7-10 mM Ubiquitin-binding zinc finger (UBZ) domain from human Rad18, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MWS Structure of the complex of ubiquitin and the ubiquitin-like (UBL) domain of Ddi1 提交 2014-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：T12(3X9) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）0.002；压力 ambient
NMR样品组成 250 uM chain A, 250 uM [U-100% 15N] chain B, 5 % D2O, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N2K Ensemble structure of the closed state of Lys63-linked diubiquitin in the absence of a ligand 提交 2015-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–71（71 aa）
突变：N25C, K48C MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] N25C_MTS protein-1, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O-2, 100 mM sodium chloride-3, 10 mM sodium acetate-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] K48C_MTS protein-5, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O-6, 100 mM sodium chloride-7, 10 mM sodium acetate-8, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] N25C_MTS mixture protein-9, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O-10, 100 mM sodium chloride-11, 10 mM sodium acetate-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] K48C_MTS mixture protein-13, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O-14, 100 mM sodium chloride-15, 10 mM sodium acetate-16, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] 15N_distal-14N_proximal-17, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O-18, 100 mM sodium chloride-19, 10 mM sodium acetate-20, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] 14N_distal-15N_proximal-21, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O-22, 100 mM sodium chloride-23, 10 mM sodium acetate-24, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2RR9 The solution structure of the K63-Ub2:tUIMs complex 提交 2010-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 2.4 mM ubiquitin 1-1, 2.4 mM ubiquitin 2-2, 2.4 mM [U-13C; U-15N] tandem UIMs of Rap80-3, 1 mM DTT-4, 50 mM sodium phosphate-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2 mM ubiquitin 1-6, 2 mM ubiquitin 2-7, 2 mM [U-13C; U-15N; U-70% 2H] tandem UIMs of Rap80-8, 1 mM DTT-9, 50 mM sodium phosphate-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.9 mM [U-13C; U-15N] ubiquitin 1-11, 2.9 mM ubiquitin 2-12, 2.9 mM tandem UIMs of Rap80-13, 1 mM DTT-14, 50 mM sodium phosphate-15, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.9 mM ubiquitin 1-16, 2.9 mM [U-13C; U-15N] ubiquitin 2-17, 2.9 mM tandem UIMs of Rap80-18, 1 mM DTT-19, 50 mM sodium phosphate-20, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2RSU Alternative structure of Ubiquitin 提交 2012-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：Q41N 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] protein-1, 20 mM [U-99% 2H] TRIS-2, 1 mM DSS-3, 250 mM sodium chloride-4, 6 mg/mL Pf1 bacteriopharge-5, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 2.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein-6, 20 mM [U-99% 2H] TRIS-7, 1 mM DSS-8, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2RU6 The pure alternative state of ubiquitin 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：Q41N 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 250
NMR样品组成 20 mM [U-100% 2H] Tris(hydroxymethyl)aminomethane-1, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin-2, 0.2 mM DSS-3, 88% H2O/12% D2O | 88% H2O/12% D2O
分辨率未提供
3ALB Cyclic Lys48-linked tetraubiquitin 提交 2010-07-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3AUL Crystal structure of wild-type Lys48-linked diubiquitin in an open conformation 提交 2011-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–152（76 aa） 片段：Ubiquitin
链 B 77–152（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20% PEG 3350, 0.2M litium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.39 Å R-free 0.252
3B08 Crystal structure of the mouse HOIL1-L-NZF in complex with linear di-ubiquitin 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–152（152 aa） 片段：linear di ubiquitin, UNP residues 1-152
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M tri-sodium citrate, 90mM HEPES-NaOH buffer, 100mM potassium sodium tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
3B08 Crystal structure of the mouse HOIL1-L-NZF in complex with linear di-ubiquitin 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–152（152 aa） 片段：linear di ubiquitin, UNP residues 1-152
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M tri-sodium citrate, 90mM HEPES-NaOH buffer, 100mM potassium sodium tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
3B08 Crystal structure of the mouse HOIL1-L-NZF in complex with linear di-ubiquitin 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–152（152 aa） 片段：linear di ubiquitin, UNP residues 1-152
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M tri-sodium citrate, 90mM HEPES-NaOH buffer, 100mM potassium sodium tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
3B08 Crystal structure of the mouse HOIL1-L-NZF in complex with linear di-ubiquitin 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1–152（152 aa） 片段：linear di ubiquitin, UNP residues 1-152
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M tri-sodium citrate, 90mM HEPES-NaOH buffer, 100mM potassium sodium tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
3B0A Crystal structure of the mouse HOIL1-L-NZF in complex with linear di-ubiquitin 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–152（152 aa） 片段：linear di ubiquitin, UNP residues 1-152
未记录 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.45M tri-ammonium citrate (pH 7.0), 3% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
3B0A Crystal structure of the mouse HOIL1-L-NZF in complex with linear di-ubiquitin 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–152（152 aa） 片段：linear di ubiquitin, UNP residues 1-152
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.45M tri-ammonium citrate (pH 7.0), 3% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
3OFI Crystal structure of human insulin-degrading enzyme in complex with ubiquitin 提交 2010-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；10-13% PEG MME 5000, 100 MM HEPES PH 7.0. 4-14% Tacsimate, 10% Dioxane, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.35 Å R-free 0.240
3OFI Crystal structure of human insulin-degrading enzyme in complex with ubiquitin 提交 2010-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；10-13% PEG MME 5000, 100 MM HEPES PH 7.0. 4-14% Tacsimate, 10% Dioxane, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.35 Å R-free 0.240
3Q3F Engineering Domain-Swapped Binding Interfaces by Mutually Exclusive Folding: Insertion of Ubiquitin into position 103 of Barnase 提交 2010-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–76（75 aa） 片段：UNP P00648 48-150 and 151-157, UNP P0CG48 residues 2-76
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10 mM Tris (pH 8.0), 1 M (NH4)2SO4, 1.5% isopropanol (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.17 Å R-free 0.233
3RUL New strategy to analyze structures of glycopeptide-target complexes 提交 2011-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 N1L 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG3350, 0.2M ammonium tartrate, 0.015M CYMAL-7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3RUL New strategy to analyze structures of glycopeptide-target complexes 提交 2011-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 N1L 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG3350, 0.2M ammonium tartrate, 0.015M CYMAL-7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3RUL New strategy to analyze structures of glycopeptide-target complexes 提交 2011-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） N1L 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG3350, 0.2M ammonium tartrate, 0.015M CYMAL-7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3RUL New strategy to analyze structures of glycopeptide-target complexes 提交 2011-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） N1L 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG3350, 0.2M ammonium tartrate, 0.015M CYMAL-7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3TMP The catalytic domain of human deubiquitinase DUBA in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2011-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin-like 1
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG3350, 0.2 M Ammonium Fluoride, and 0.1M Bis-Tris, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.91 Å R-free 0.227
3TMP The catalytic domain of human deubiquitinase DUBA in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2011-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin-like 1
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG3350, 0.2 M Ammonium Fluoride, and 0.1M Bis-Tris, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.91 Å R-free 0.227
3TMP The catalytic domain of human deubiquitinase DUBA in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2011-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin-like 1
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG3350, 0.2 M Ammonium Fluoride, and 0.1M Bis-Tris, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.91 Å R-free 0.227
3TMP The catalytic domain of human deubiquitinase DUBA in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2011-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin-like 1
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG3350, 0.2 M Ammonium Fluoride, and 0.1M Bis-Tris, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.91 Å R-free 0.227
3U30 Crystal structure of a linear-specific Ubiquitin fab bound to linear ubiquitin 提交 2011-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 18–169（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；18% isopropanol, 0.09 M MES, 19.8% PEG 2K MME, 10 mM sodium bromide., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.43 Å R-free 0.258
3U30 Crystal structure of a linear-specific Ubiquitin fab bound to linear ubiquitin 提交 2011-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 18–169（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；18% isopropanol, 0.09 M MES, 19.8% PEG 2K MME, 10 mM sodium bromide., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.43 Å R-free 0.258
3UGB UbcH5c~Ubiquitin Conjugate 提交 2011-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2M tri-potassium citrate, 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.252
3V6C Crystal Structure of USP2 in complex with mutated ubiquitin 提交 2011-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 74–150（77 aa）
突变：G76S, K82N, K87T, T88H CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；21% PEG 3350,0.2 M CaCl, 0.1 Bis-Tris pH 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.220
3V6E Crystal Structure of USP2 and a mutant form of Ubiquitin 提交 2011-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 74–150（77 aa）
突变：G76S, K82N, T85S, T88H ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；21% PEG3350, 0.2 M Calcium Chloride,0.1 Bis-Tris pH 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.234
3VFK The structure of monodechloro-teicoplanin in complex with its ligand, using ubiquitin as a ligand carrier 提交 2012-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GCS 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 T55 8-METHYLNONANOIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium acetate 4.6, 18% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.306
3VUW Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear ubiquitin, form I 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.222
3VUW Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear ubiquitin, form I 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.222
3VUW Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear ubiquitin, form I 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.222
3VUX Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear ubiquitin, form II 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.2M Na/K tartrate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
3VUX Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear ubiquitin, form II 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.2M Na/K tartrate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
3VUX Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear ubiquitin, form II 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.2M Na/K tartrate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
3VUY Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear tetraubiquitin 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.2M Na/K tartrate, 8% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.98 Å R-free 0.255
3VUY Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear tetraubiquitin 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.2M Na/K tartrate, 8% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.98 Å R-free 0.255
3VUY Crystal structure of A20 ZF7 in complex with linear tetraubiquitin 提交 2012-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.2M Na/K tartrate, 8% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.98 Å R-free 0.255
3WXE Crystal structure of CYLD USP domain (C596S) in complex with Met1-linked diubiquitin 提交 2014-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；50mM Tris-HCl buffer, 9% PEG4000, 100mM magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
3WXF Crystal structure of CYLD USP domain (C596S E674Q) in complex with Met1-linked diubiquitin 提交 2014-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl buffer, 23% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.229
3WXF Crystal structure of CYLD USP domain (C596S E674Q) in complex with Met1-linked diubiquitin 提交 2014-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–148（148 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl buffer, 23% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.229
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 77–152（76 aa） 片段：RESIDUES 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 77–152（76 aa） 片段：RESIDUES 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 77–152（76 aa） 片段：RESIDUES 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 77–152（76 aa） 片段：RESIDUES 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
4AUQ Structure of BIRC7-UbcH5b-Ub complex. 提交 2012-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UBIQUITIN, RESIDUES 1-76
链 F 1–76（76 aa） 片段：UBIQUITIN, RESIDUES 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å R-free 0.249
4BOS Structure of OTUD2 OTU domain in complex with Ubiquitin K11-linked peptide 提交 2013-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：RESIDUES 1-76
链 E 1–76（76 aa） 片段：RESIDUES 1-76
未记录 NO3 NITRATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 21% PEG 3,350, 100 MM SODIUM ACETATE, 200 MM MAGNESIUM NITRATE, PH 5.6
分辨率 2.35 Å R-free 0.238
4BOZ Structure of OTUD2 OTU domain in complex with K11-linked di ubiquitin 提交 2013-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.15 M POTASSIUM THIOCYANATE, 18% PEG 5K MME, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.5
分辨率 3.03 Å R-free 0.254
4BOZ Structure of OTUD2 OTU domain in complex with K11-linked di ubiquitin 提交 2013-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.15 M POTASSIUM THIOCYANATE, 18% PEG 5K MME, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.5
分辨率 3.03 Å R-free 0.254
4BOZ Structure of OTUD2 OTU domain in complex with K11-linked di ubiquitin 提交 2013-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.15 M POTASSIUM THIOCYANATE, 18% PEG 5K MME, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.5
分辨率 3.03 Å R-free 0.254
4BVU Structure of Shigella effector OspG in complex with host UbcH5c- Ubiquitin conjugate 提交 2013-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 20% ETOH
分辨率 2.70 Å R-free 0.291
4DDG Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.280
4DDG Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 M 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
链 O 1–76（76 aa）
链 P 1–76（76 aa）
链 Q 1–76（76 aa）
链 R 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.280
4DDI Crystal structure of human OTUB1/UbcH5b~Ub/Ub 提交 2012-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；25% PEG1500, 0.1 M SPG, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.80 Å R-free 0.273
4DHJ The structure of a ceOTUB1 ubiquitin aldehyde UBC13~Ub complex 提交 2012-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG350, 0.26-0.30 M sodium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.237
4DHJ The structure of a ceOTUB1 ubiquitin aldehyde UBC13~Ub complex 提交 2012-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG350, 0.26-0.30 M sodium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.237
4DHJ The structure of a ceOTUB1 ubiquitin aldehyde UBC13~Ub complex 提交 2012-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG350, 0.26-0.30 M sodium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.237
4DHJ The structure of a ceOTUB1 ubiquitin aldehyde UBC13~Ub complex 提交 2012-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG350, 0.26-0.30 M sodium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.237
4DHJ The structure of a ceOTUB1 ubiquitin aldehyde UBC13~Ub complex 提交 2012-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 M 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG350, 0.26-0.30 M sodium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.237
4DHJ The structure of a ceOTUB1 ubiquitin aldehyde UBC13~Ub complex 提交 2012-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG350, 0.26-0.30 M sodium chloride, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.237
4DHZ The structure of h/ceOTUB1-ubiquitin aldehyde-UBC13~Ub 提交 2012-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；21% PEG10000, 0.1 M sodium chloride, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.11 Å R-free 0.288
4DHZ The structure of h/ceOTUB1-ubiquitin aldehyde-UBC13~Ub 提交 2012-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；21% PEG10000, 0.1 M sodium chloride, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.11 Å R-free 0.288
4FJV Crystal Structure of Human Otubain2 and Ubiquitin Complex 提交 2012-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；279 K；15 % (w/v) Polyethylene Glycol 3350, 0.1 M Magnesium Formate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K
分辨率 2.05 Å R-free 0.267
4FJV Crystal Structure of Human Otubain2 and Ubiquitin Complex 提交 2012-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；279 K；15 % (w/v) Polyethylene Glycol 3350, 0.1 M Magnesium Formate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K
分辨率 2.05 Å R-free 0.267
4FJV Crystal Structure of Human Otubain2 and Ubiquitin Complex 提交 2012-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 6 NEH ETHANAMINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；279 K；15 % (w/v) Polyethylene Glycol 3350, 0.1 M Magnesium Formate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K
分辨率 2.05 Å R-free 0.267
4HK2 U7Ub25.2540 提交 2012-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–150（76 aa）
突变：T7F, L8R, I13Y, R42W, Q49R, L69G, L71R SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；2.4 M AmSO4 and 0.1M Citric acid pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.236
4HK2 U7Ub25.2540 提交 2012-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 75–150（76 aa）
突变：T7F, L8R, I13Y, R42W, Q49R, L69G, L71R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；2.4 M AmSO4 and 0.1M Citric acid pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.236
4HK2 U7Ub25.2540 提交 2012-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 75–150（76 aa）
突变：T7F, L8R, I13Y, R42W, Q49R, L69G, L71R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；2.4 M AmSO4 and 0.1M Citric acid pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.236
4HK2 U7Ub25.2540 提交 2012-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 75–150（76 aa）
突变：T7F, L8R, I13Y, R42W, Q49R, L69G, L71R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；2.4 M AmSO4 and 0.1M Citric acid pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.236
4HXD Diversity of ubiquitin and ISG15 specificity amongst nairoviruses viral ovarian tumor domain proteases 提交 2012-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–75（75 aa）
未记录 4LJ 1.7.6 3-bromanylpropan-1-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.25 M LiSO4, 0.10 M Bis-Tris, 29% PEG 3350, 40% (v/v) 1,3-butanediol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.85 Å R-free 0.278
4HXD Diversity of ubiquitin and ISG15 specificity amongst nairoviruses viral ovarian tumor domain proteases 提交 2012-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 4LJ 1.7.6 3-bromanylpropan-1-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.25 M LiSO4, 0.10 M Bis-Tris, 29% PEG 3350, 40% (v/v) 1,3-butanediol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.85 Å R-free 0.278
4I6L Crystal structure of OTUB1 in complex with ubiquitin variant 提交 2012-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–150（74 aa） 片段：UNP residues 77-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, and 20% (w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.49 Å R-free 0.266
4I6N Crystal structure of Trichinella spiralis UCH37 catalytic domain bound to Ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2012-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 NA SODIUM ION × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；3M ammonium sulfate, 0.1M bicine, 2mM L-glutathione, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
4I6N Crystal structure of Trichinella spiralis UCH37 catalytic domain bound to Ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2012-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；3M ammonium sulfate, 0.1M bicine, 2mM L-glutathione, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
4IG7 Crystal structure of Trichinella spiralis UCH37 bound to Ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2012-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.2 M ammonium chloride, 18% PEG3350, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
4IUM Equine arteritis virus papain-like protease 2 (PLP2) covalently bound to ubiquitin 提交 2013-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；100 mM MES, pH 6.2, 18% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.45 Å R-free 0.178
4JQW Crystal Structure of a Complex of NOD1 CARD and Ubiquitin 提交 2013-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；291 K；100mM PCB, 25% PEG1500, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
4K1R Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe sst2 catalytic domain and Ubiquitin 提交 2013-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.02M Zinc chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.63 Å R-free 0.215
4K1R Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe sst2 catalytic domain and Ubiquitin 提交 2013-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.02M Zinc chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.63 Å R-free 0.215
4K1R Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe sst2 catalytic domain and Ubiquitin 提交 2013-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 75–152（78 aa）
链 D 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.02M Zinc chloride, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.63 Å R-free 0.215
4K7S Crystal structure of Zn2-hUb (human ubiquitin) adduct from a solution 35 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-73
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 35 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.271
4K7S Crystal structure of Zn2-hUb (human ubiquitin) adduct from a solution 35 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-73
未记录 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 35 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.271
4K7S Crystal structure of Zn2-hUb (human ubiquitin) adduct from a solution 35 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-73
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 35 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.271
4K7U Crystal structure of Zn2.3-hUb (human ubiquitin) adduct from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 70 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.196
4K7U Crystal structure of Zn2.3-hUb (human ubiquitin) adduct from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 70 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.196
4K7U Crystal structure of Zn2.3-hUb (human ubiquitin) adduct from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 70 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.196
4K7W Crystal structure of Zn3-hUb(human ubiquitin) adduct from a solution 100 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 100 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.267
4K7W Crystal structure of Zn3-hUb(human ubiquitin) adduct from a solution 100 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 100 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.267
4K7W Crystal structure of Zn3-hUb(human ubiquitin) adduct from a solution 100 mM zinc acetate/1.3 mM hUb 提交 2013-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 100 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.76 Å R-free 0.267
4KSK Gumby/Fam105B in complex with ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 76–152（77 aa） 片段：unp residues 76-152
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM Bis Tris, 200 mM AmSO4, 20% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.268
4KSK Gumby/Fam105B in complex with ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 76–152（77 aa） 片段：unp residues 76-152
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM Bis Tris, 200 mM AmSO4, 20% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.268
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 T 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4KSL Gumby/Fam105B in complex with linear di-ubiquitin 提交 2013-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 76–228（153 aa） 片段：linear diubiquitin (unp residues 76-228)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；298 K；100mM acetate, 100mM CaCl2, 100 mM glycine, 2.5M sodium formate, 24% PEG3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.254
4LCD Structure of an Rsp5xUbxSna3 complex: Mechanism of ubiquitin ligation and lysine prioritization by a HECT E3 提交 2013-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
突变：G75C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；298 K；0.1M Bis Tris Propane, 21% w/v PEG3350, 1% w/v polypropylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.299
4LCD Structure of an Rsp5xUbxSna3 complex: Mechanism of ubiquitin ligation and lysine prioritization by a HECT E3 提交 2013-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
突变：G75C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；298 K；0.1M Bis Tris Propane, 21% w/v PEG3350, 1% w/v polypropylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.299
4LDT The structure of h/ceOTUB1-ubiquitin aldehyde-UBCH5B~Ub 提交 2013-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；1:1 mix of 12 mg/mL purified complex and well solution (100 mM Bis-Tris, pH 6.0, 200 mM magnesium chloride, 22% PEG3350), crystals appeared in about 2 to 3 days, cryoprotection with well solution + 10% ethylene glycol, flash frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
4MDK Cdc34-ubiquitin-CC0651 complex 提交 2013-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
未记录 U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.259
4MDK Cdc34-ubiquitin-CC0651 complex 提交 2013-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
未记录 U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.259
4MDK Cdc34-ubiquitin-CC0651 complex 提交 2013-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
未记录 U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.259
4MDK Cdc34-ubiquitin-CC0651 complex 提交 2013-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
未记录 U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.259
4MM3 Crystal structure of SARS-CoV papain-like protease PLpro in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2013-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% isopropanol, 20% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.75 Å R-free 0.279
4MSM Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe AMSH-like protease sst2 E286A mutant bound to ubiquitin 提交 2013-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–152（76 aa） 片段：UNP residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2M Ammonium Phosphate dibasic, 20%w/v PEG 3350, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.74 Å R-free 0.225
4MSM Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe AMSH-like protease sst2 E286A mutant bound to ubiquitin 提交 2013-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 77–152（76 aa） 片段：UNP residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2M Ammonium Phosphate dibasic, 20%w/v PEG 3350, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.74 Å R-free 0.225
4MSQ Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe AMSH-like protease sst2 catalytic domain bound to ubiquitin 提交 2013-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–152（76 aa） 片段：UNP residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；293 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.207
4MSQ Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe AMSH-like protease sst2 catalytic domain bound to ubiquitin 提交 2013-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 77–152（76 aa） 片段：UNP residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；293 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.207
4NQK Structure of an Ubiquitin complex 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 E 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
链 F 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
链 G 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
链 H 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
链 I 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
链 J 76–152（77 aa） 片段：UNP residues 76-152
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.2 M Tri-Li Citrate, 3% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.70 Å R-free 0.285
4UN2 Crystal structure of the UBA domain of Dsk2 in complex with Ubiquitin 提交 2014-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS PH 8.5, 20% PEG 8000
分辨率 1.51 Å R-free 0.196
4V3K RNF38-UbcH5B-UB complex 提交 2014-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 77–152（76 aa） 片段：RESIDUES 77-152
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 50 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 2.3 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.04 Å R-free 0.223
4V3K RNF38-UbcH5B-UB complex 提交 2014-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 77–152（76 aa） 片段：RESIDUES 77-152
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 50 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 2.3 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.04 Å R-free 0.223
4V3L RNF38-UB-UbcH5B-Ub complex 提交 2014-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 77–152（76 aa） 片段：RESIDUES 77-152
链 D 77–152（76 aa） 片段：RESIDUES 77-152
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 50 MM HEPES, PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM ACETATE AND 13% (W/V) PEG 8K
分辨率 1.53 Å R-free 0.193
4XOK Observing the overall rocking motion of a protein in a crystal. 提交 2015-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20mg/ml Ubi in 20mM NH4Ac pH4.3, 50mM HEPES pH7.0, 35% PEG 1500, 25mM Zn Acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.324
4XOK Observing the overall rocking motion of a protein in a crystal. 提交 2015-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20mg/ml Ubi in 20mM NH4Ac pH4.3, 50mM HEPES pH7.0, 35% PEG 1500, 25mM Zn Acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.324
4XOK Observing the overall rocking motion of a protein in a crystal. 提交 2015-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20mg/ml Ubi in 20mM NH4Ac pH4.3, 50mM HEPES pH7.0, 35% PEG 1500, 25mM Zn Acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.324
4XOL Observing the overall rocking motion of a protein in a crystal - Cubic Ubiquitin crystals. 提交 2015-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.33；293 K；100mM MES pH 6.33, 20% PEG 3350, 100mM Zn Acetate.
分辨率 2.91 Å R-free 0.269
4XOL Observing the overall rocking motion of a protein in a crystal - Cubic Ubiquitin crystals. 提交 2015-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.33；293 K；100mM MES pH 6.33, 20% PEG 3350, 100mM Zn Acetate.
分辨率 2.91 Å R-free 0.269
4ZQS New compact conformation of linear Ub2 structure 提交 2015-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–152（152 aa）
链 B 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.1M magnesium acetate, 20% PEG 3350, 20% PEG 400
分辨率 1.80 Å R-free 0.232
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 9 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
分辨率 9.50 Å
5AIU A complex of RNF4-RING domain, Ubc13-Ub (isopeptide crosslink) 提交 2015-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 1,2-ETHANEDIOL
分辨率 2.21 Å R-free 0.255
5B83 Crystal structure of Optineurin UBAN in complex with linear ubiquitin 提交 2016-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–304（304 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16% PEG 3350, 250mM Potassium formate
分辨率 2.69 Å R-free 0.254
5B83 Crystal structure of Optineurin UBAN in complex with linear ubiquitin 提交 2016-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–304（304 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16% PEG 3350, 250mM Potassium formate
分辨率 2.69 Å R-free 0.254
5C7J CRYSTAL STRUCTURE OF NEDD4 WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–74（74 aa） 片段：UNP residues 1-74
突变：T9A, K11W, T12G, Q62R, K63Y, E64D, T66Q, L71G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；The NEDD4 and Ubiquitin Variant was mixed at molar ratio ~1:2, and then concentrated to 15mg/ml. The protein sample was mixed with Trypsin at a 1:1000 (W/W) Trypsin:protein ratio before setting up crystallization. Crystal was initially obtained from Molecular Dimentions Proplex screen condition E04. Crystal used for structure refinement was grown in 20% PEG8000, 10% Glycerol, 0.1M HEPES pH 7.0 in hanging drop setup, using 1.5uL protein, 1.5uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size in 4 days. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. 20% Glycerol was used as the cryo-protectant
分辨率 3.00 Å R-free 0.277
5C7J CRYSTAL STRUCTURE OF NEDD4 WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–74（74 aa） 片段：UNP residues 1-74
突变：T9A, K11W, T12G, Q62R, K63Y, E64D, T66Q, L71G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；The NEDD4 and Ubiquitin Variant was mixed at molar ratio ~1:2, and then concentrated to 15mg/ml. The protein sample was mixed with Trypsin at a 1:1000 (W/W) Trypsin:protein ratio before setting up crystallization. Crystal was initially obtained from Molecular Dimentions Proplex screen condition E04. Crystal used for structure refinement was grown in 20% PEG8000, 10% Glycerol, 0.1M HEPES pH 7.0 in hanging drop setup, using 1.5uL protein, 1.5uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size in 4 days. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. 20% Glycerol was used as the cryo-protectant
分辨率 3.00 Å R-free 0.277
5C7M CRYSTAL STRUCTURE OF E3 LIGASE ITCH WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
突变：Q2H, F3L, T9R, I44L, A46G, K48N, Q49K, T66N, H68Y, V70L, L73R, R74L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；The ITCH and ubiquitin variant ubv.it.02 were mixed at molarity ratio 1:2, and then concentrated to 17mg/ml. The protein sample was mixed with 1mg/mL chymotrypsin at a 1:1000 (W/W) chymotrypsin:protein ratio right before set up crystallization. Crystal was initially obtained from SGC-I screen condition A05. Crystal used for structure refinement was grown in 1.6M NH4SO4, 0.2M NaAc, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% Ethylene Glycol in hanging drop setup, using 1.2uL protein, 1.2uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size for ~1 weeks. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. A well solution containing 20% glycerol was used as the cryo-protectant
分辨率 3.03 Å R-free 0.297
5C7M CRYSTAL STRUCTURE OF E3 LIGASE ITCH WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
突变：Q2H, F3L, T9R, I44L, A46G, K48N, Q49K, T66N, H68Y, V70L, L73R, R74L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；The ITCH and ubiquitin variant ubv.it.02 were mixed at molarity ratio 1:2, and then concentrated to 17mg/ml. The protein sample was mixed with 1mg/mL chymotrypsin at a 1:1000 (W/W) chymotrypsin:protein ratio right before set up crystallization. Crystal was initially obtained from SGC-I screen condition A05. Crystal used for structure refinement was grown in 1.6M NH4SO4, 0.2M NaAc, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% Ethylene Glycol in hanging drop setup, using 1.2uL protein, 1.2uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size for ~1 weeks. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. A well solution containing 20% glycerol was used as the cryo-protectant
分辨率 3.03 Å R-free 0.297
5E6J Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe 提交 2015-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–75（75 aa）
突变：K48LYQ, G76AYE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACT ACETATE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
分辨率 2.85 Å R-free 0.264
5E6J Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe 提交 2015-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–75（75 aa）
突变：K48LYQ, G76AYE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
分辨率 2.85 Å R-free 0.264
5H07 TNIP2-Ub complex, C2 form 提交 2016-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–228（228 aa） 片段：UNP residues 1-228
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；ammonium acetate, PEG3350, Tris-HCl
分辨率 2.59 Å R-free 0.273
5NL4 Crystal structure of Zn1.3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 35 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 35 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.32 Å R-free 0.213
5NL4 Crystal structure of Zn1.3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 35 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 35 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.32 Å R-free 0.213
5NL4 Crystal structure of Zn1.3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 35 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 35 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.32 Å R-free 0.213
5NLF Crystal structure of Zn2.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 100 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 100 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.50 Å R-free 0.180
5NLF Crystal structure of Zn2.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 100 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 100 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.50 Å R-free 0.180
5NLF Crystal structure of Zn2.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 100 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 100 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.50 Å R-free 0.180
5NLI Crystal structure of Zn2-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 35 mM zinc acetate/10% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 4 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 35 mM Zn(CH3COO)2 and 10% v/v TFE
分辨率 1.53 Å R-free 0.202
5NLI Crystal structure of Zn2-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 35 mM zinc acetate/10% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ETF TRIFLUOROETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 35 mM Zn(CH3COO)2 and 10% v/v TFE
分辨率 1.53 Å R-free 0.202
5NLI Crystal structure of Zn2-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 35 mM zinc acetate/10% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 35 mM Zn(CH3COO)2 and 10% v/v TFE
分辨率 1.53 Å R-free 0.202
5NMC Crystal structure of Zn3-hUb(human ubiquitin) adduct from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM hUb 提交 2017-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE
分辨率 1.70 Å R-free 0.276
5NMC Crystal structure of Zn3-hUb(human ubiquitin) adduct from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM hUb 提交 2017-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE
分辨率 1.70 Å R-free 0.276
5NMC Crystal structure of Zn3-hUb(human ubiquitin) adduct from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM hUb 提交 2017-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE
分辨率 1.70 Å R-free 0.276
5OE7 Structure of OTULIN bound to the Met1-linked diubiquitin activity probe 提交 2017-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–146（146 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；1.9-2.1 M Ammonium sulphate, 100 mM bis-tris
分辨率 2.95 Å R-free 0.309
5OHM K33-specific affimer bound to K33 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 609–684（76 aa）
链 C 609–684（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；20% PEG3350 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 3.80 Å R-free 0.282
5OHM K33-specific affimer bound to K33 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 609–684（76 aa）
链 G 609–684（76 aa）
未记录 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；20% PEG3350 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 3.80 Å R-free 0.282
5OHM K33-specific affimer bound to K33 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 609–684（76 aa）
链 K 609–684（76 aa）
未记录 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；20% PEG3350 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 3.80 Å R-free 0.282
5OHV K33-specific affimer bound to K33 diUb 提交 2017-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；295 K；21% PEG 3350 200 mM Li2SO4 100 mM NaOAc pH 5.2
分辨率 2.80 Å R-free 0.224
5OXH C-terminally retracted ubiquitin T66V/L67N mutant 提交 2017-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：T66V, L67N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；3.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine (pH 9.0); 1:1 protein to reservoir ratio
分辨率 1.60 Å R-free 0.223
5OXI C-terminally retracted ubiquitin L67S mutant 提交 2017-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：L67S SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES (pH 6.0); 2:1 protein to reservoir ratio
分辨率 1.63 Å R-free 0.237
5OXI C-terminally retracted ubiquitin L67S mutant 提交 2017-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：L67S SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES (pH 6.0); 2:1 protein to reservoir ratio
分辨率 1.63 Å R-free 0.237
5WQ4 Crystal structure of OPTN and linear diubiquitin complex 提交 2016-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289.15 K；30% w/v PEG 3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5)
分辨率 3.00 Å R-free 0.303
5WQ4 Crystal structure of OPTN and linear diubiquitin complex 提交 2016-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289.15 K；30% w/v PEG 3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5)
分辨率 3.00 Å R-free 0.303
5ZQ3 PDE-Ubiquitin 提交 2018-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 10000, Bicine
分辨率 2.18 Å R-free 0.213
5ZQ3 PDE-Ubiquitin 提交 2018-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 10000, Bicine
分辨率 2.18 Å R-free 0.213
5ZQ4 PDE-Ubi-ADPr 提交 2018-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 10000, Bicine
分辨率 2.22 Å R-free 0.226
5ZQ4 PDE-Ubi-ADPr 提交 2018-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 10000, Bicine
分辨率 2.22 Å R-free 0.226
5ZQ5 SidE-Ubi 提交 2018-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：R42A 突变：R42A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tacsimate
分辨率 2.49 Å R-free 0.233
5ZQ6 SidE-Ubi-ADPr 提交 2018-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：R42A 突变：R42A ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tacsimate
分辨率 3.01 Å R-free 0.232
5ZQ7 SidE-Ubi-NAD 提交 2018-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：R42A 突变：R42A NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, Tacsimate
分辨率 2.85 Å R-free 0.239
6A43 R1EN(5-225)-ubiquitin fusion 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：E44A, A73C ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；2.0M sodium acetate, 10mM ammonium sulfate, 1% Jeffamine M600
分辨率 2.40 Å R-free 0.241
6A44 R1EN(5-227)-ubiquitin fusion 提交 2018-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–152（76 aa）
突变：E44A, A73C ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；283 K；2.0 M sodium acetate, 10 mM ammonium sulfate, 1% Jeffamine M600
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
6AQR SAGA DUB module Ubp8(C146A)/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to monoubiquitin 提交 2017-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 17% PEG3350 0.1 M ammonium sulfate
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
6B7M Crystal structure of Legionella effector sdeD (lpg2509) in complex with Ubiquitin 提交 2017-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；200 mM NaCl, 100 mM Imidazole pH 7.0, 24% PEG 8000
分辨率 1.70 Å R-free 0.196
6B7O Crystal structure of Legionella effector sdeD (lpg2509) H67A in complex with ADP-ribosylated Ubiquitin 提交 2017-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100 mM Na Cacodylate pH 7.0, 21% PEG 8000
分辨率 1.85 Å R-free 0.201
6EQI Structure of PINK1 bound to ubiquitin 提交 2017-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：T66V L67N GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；The PhPINK1-Nb696-Ub TVLN complex was crystallised at 7 mg/ml using sitting-drop vapour diffusion against 1.3 M Ammonium Tartrate Dibasic, 0.1 M BIS-TRIS Propane pH 7.0 from a 1:1 protein to mother liquor ratio, in 100 nl drops at 295.15 K. Crystals were optimised using streak seeding with a cat whisker at 8.9 mg/ml complex concentration in 1.4 M Ammonium Tartrate, 0.1 M BIS-TRIS Propane pH 6.3 at 295.15 K.
分辨率 3.10 Å R-free 0.234
6K2U Crystal structure of Thr66 ADP-ribosylated ubiquitin 提交 2019-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1M MMT (Malic Acid, MES and TRIS (1:2:2 Molar Ratio), pH 5.5 adjusted with HCl), 0.1M magnesium chloride, 0.1M zinc acetate 12% PEG8000
分辨率 2.55 Å R-free 0.247
6KBE Structure of Deubiquitinase 提交 2019-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–152（152 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.34 Å R-free 0.256
6N13 UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin 提交 2018-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UbcH7, 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ubiquitin, 0.11 mM [U-2H] Parkin -residues 144-465 comprising the RING0-RING1-IBR and RING2(Rcat) domains, 0.11 mM [U-2H] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6N6R Crystal structure of ABIN-1 UBAN in complex with two M1-linked di-ubiquitins 提交 2018-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 76–228（153 aa）
链 C 76–228（153 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；30% v/v PEG-MME550, 0.1 M bis-tris pH 6.5, and 0.05 M calcium chloride dihydrate
分辨率 1.95 Å R-free 0.278
6NQA Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 1-to-1 complex 提交 2019-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–76（76 aa）
突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
分辨率 3.54 Å
6NXK Ubiquitin binding variants 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M HEPES pH 7.7, 27.5% PEG3350, 2.5mM APC2 WHB (735-C) + 2.08mM Ubiquitin protein co-mixed
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
6NXK Ubiquitin binding variants 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M HEPES pH 7.7, 27.5% PEG3350, 2.5mM APC2 WHB (735-C) + 2.08mM Ubiquitin protein co-mixed
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
6OI4 RPN13 (19-132)-RPN2 (940-952) pY950-Ub complex 提交 2019-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；277 K；0.1 M citric acid, pH 4.6, 20% PEG6000
分辨率 1.76 Å R-free 0.207
6OI4 RPN13 (19-132)-RPN2 (940-952) pY950-Ub complex 提交 2019-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；277 K；0.1 M citric acid, pH 4.6, 20% PEG6000
分辨率 1.76 Å R-free 0.207
6P5B Crystal Structure of MavC in Complex with Ub-UbE2N 提交 2019-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.2 M Na Malonate, 25% PEG 3350, 10 mM NiCl2
分辨率 2.10 Å R-free 0.232
6Q00 TDP2 UBA Domain Bound to Ubiquitin at 0.85 Angstroms Resolution, Crystal Form 1 提交 2019-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；10 mM Tris, 200 mM Potassium Formate, 14% (w/v) PEG 3350
分辨率 0.85 Å R-free 0.112
6QML UCHL3 in complex with synthetic, K27-linked diubiquitin 提交 2019-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 2 BR BROMIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298.15 K；Drops set up in MRC 2 well, 96 well plate using a Mosquito crystallization robot. 100+100 nl drops. Best crystals: 21% PEG 3350 0.15M KBr 0.1M Bis-Tris pH 5.5 Crystals grow also in KCl and AmSO4 (0.2 M), or with PEG 200 MME. Crystals can be obtained at 4C as well.
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
6QML UCHL3 in complex with synthetic, K27-linked diubiquitin 提交 2019-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 3 BR BROMIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298.15 K；Drops set up in MRC 2 well, 96 well plate using a Mosquito crystallization robot. 100+100 nl drops. Best crystals: 21% PEG 3350 0.15M KBr 0.1M Bis-Tris pH 5.5 Crystals grow also in KCl and AmSO4 (0.2 M), or with PEG 200 MME. Crystals can be obtained at 4C as well.
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
6RYA Structure of Dup1 mutant H67A:Ubiquitin complex 提交 2019-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20 - 22.5 % PEG 3350/ PEG4000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 100 mM Magnesium chloride
分辨率 2.21 Å R-free 0.289
6RYA Structure of Dup1 mutant H67A:Ubiquitin complex 提交 2019-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20 - 22.5 % PEG 3350/ PEG4000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 100 mM Magnesium chloride
分辨率 2.21 Å R-free 0.289
6RYA Structure of Dup1 mutant H67A:Ubiquitin complex 提交 2019-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20 - 22.5 % PEG 3350/ PEG4000, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 100 mM Magnesium chloride
分辨率 2.21 Å R-free 0.289
6S53 Crystal structure of TRIM21 RING domain in complex with an isopeptide-linked Ube2N~ubiquitin conjugate 提交 2019-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；Crystals grew in 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 10.5 % (w/v) PEG3350/PEG 1K/MPD and 0.08 M sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulfate.
分辨率 2.80 Å R-free 0.249
6S53 Crystal structure of TRIM21 RING domain in complex with an isopeptide-linked Ube2N~ubiquitin conjugate 提交 2019-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 1–76（76 aa）
链 L 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；Crystals grew in 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 10.5 % (w/v) PEG3350/PEG 1K/MPD and 0.08 M sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulfate.
分辨率 2.80 Å R-free 0.249
6SQR Crystal structure of Cat MDM2-S429E RING domain bound to UbcH5B-Ub 提交 2019-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 I 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ZN ZINC ION × 8 NO3 NITRATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 20% (v/v) PEG Smear High
分辨率 2.18 Å R-free 0.227
6T7F RCR E3 ligase E2-Ubiquitin transthiolation intermediate 提交 2019-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–73（73 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 LWZ 3,3-bis(sulfanyl)-~{N}-(1~{H}-1,2,3-triazol-4-ylmethyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；0.85 M sodium citrate, 100 mM sodium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.0
分辨率 2.58 Å R-free 0.256
6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 O 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
6TNF Structure of monoubiquitinated FANCD2 in complex with FANCI and DNA 提交 2019-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM HEPES, 100 mM imidazole, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6TTU Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2 提交 2019-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.70 Å
6TUV Crystal structure of Mindy1 in complex with Lys48 linked di-ubiquitin 提交 2020-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris-HCl, 200mM LiSO4.H2O, 30% PEG400
分辨率 2.16 Å R-free 0.249
6TUV Crystal structure of Mindy1 in complex with Lys48 linked di-ubiquitin 提交 2020-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris-HCl, 200mM LiSO4.H2O, 30% PEG400
分辨率 2.16 Å R-free 0.249
6TXB Crystal structure of Mindy1 mutant (P138A) in complex with Lys48 linked di-ubiquitin 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.2 M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.246
6TXB Crystal structure of Mindy1 mutant (P138A) in complex with Lys48 linked di-ubiquitin 提交 2020-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；0.2 M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.246
6ULH Structure of MavC in complex with its substrate in R3 spacegroup 提交 2019-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；0.1 M Sodium Acetate: HCl, pH 4.6 3.5 M Sodium Formate
分辨率 1.97 Å R-free 0.227
6UMP Crystal structure of MavC in complex with substrate mimic in P65 space group 提交 2019-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.80 Å R-free 0.304
6UMS Crystal structure of MavC in complex with its substrate mimic in C222(1) space group 提交 2019-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.15 M Potassium bromide, 30% (w/v) PEG 2000 MME
分辨率 2.34 Å R-free 0.250
6V5D EROS3 RDC and NOE Derived Ubiquitin Ensemble 提交 2019-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6VAE Mono-ubiquitinated Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA 提交 2019-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6VAF Structure of mono-ubiquitinated FANCD2 bound to non-ubiquitinated FANCI and to DNA 提交 2019-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6VEN Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 5 3.5 sec blot time
分辨率 3.37 Å
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI
分辨率 3.19 Å R-free 0.281
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI
分辨率 3.19 Å R-free 0.281
6W9D RNF12 RING domain in complex with a Ube2d2~Ub conjugate 提交 2020-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 IOD IODIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；15-20% PEG 3350, 200-400 mM NaI
分辨率 3.19 Å R-free 0.281
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 W 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 S 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 T 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9R Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Wolbachia pipientis wMel bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 6K, 0.1 M citrate pH 4.6
分辨率 1.82 Å R-free 0.208
6W9S Crystal structure of an OTU deubiquitinase from Escherichia albertii bound to ubiquitin 提交 2020-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.8 M sodium formate, 10% PEG 8K, 10% PEG 1K, 0.1 M sodium acetate pH 4.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.253
6WJD SA-like state of human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A 提交 2020-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1.5 mM ATP-gamma-S, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 10 uM zinc sulfate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6WKR PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome 提交 2020-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric
链 F 1–76（76 aa）
链 T 1–76（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6WTG SdeA DUB Domain in complex with Ubiquitin 提交 2020-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1 M bicine pH 9.0, 65% (v/v) MPD
分辨率 2.63 Å R-free 0.243
6YPT X-ray structure of Turnip Yellow Mosaic Virus PRO/DUB in complex with Ubiquitin 提交 2020-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–151（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；21% PEG-20K + 0.1M MES-NaOH pH6.5
分辨率 3.66 Å R-free 0.283
6YPT X-ray structure of Turnip Yellow Mosaic Virus PRO/DUB in complex with Ubiquitin 提交 2020-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 77–151（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；21% PEG-20K + 0.1M MES-NaOH pH6.5
分辨率 3.66 Å R-free 0.283
6Z7V Crystal structure of Mindy2 (C266A) in complex with Lys48 linked di-ubiquitin (K48-Ub2) 提交 2020-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM potassium phosphate monobasic, 14% PEG 8000
分辨率 2.65 Å R-free 0.254
7B5L Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 提交 2020-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 U 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7B5M Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-p27~Ub~ARIH1. Transition State 2 提交 2020-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
7B5N Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-UBE2L3~Ub~ARIH1. 提交 2020-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 U 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7BBD Crystal structure of monoubiquitinated TRIM21 RING (Ub-RING) In complex with ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) and Ube2V2 提交 2020-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G75A, G76A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；MOPSO, Bis-Tris, PEG 4K, 1,2,6-hexanetriol, Li, Na, K
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
7BBF Crystal structure of ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) in complex with Ube2V2 提交 2020-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.1 M bicine Trizma base pH 8.5, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.2 % of each Anesthetic alkaloids (lidocaine HCl H2O, procaine HCl, proparacaine HCl, tetracaine HCl)
分辨率 2.54 Å R-free 0.253
7BXG MavC-UBE2N-Ub complex 提交 2020-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M sodium malonate, pH 7.0, 12% PEG3350
分辨率 2.71 Å R-free 0.243
7EAL The structure of the A20-Binding Inhibitor of NF-kB 1 in complex with di-ubiquitin 提交 2021-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；255 K；0.1M Citrate pH 5.5, 10% Iso-propanol, 20% PEG 400
分辨率 2.50 Å R-free 0.224
7EAL The structure of the A20-Binding Inhibitor of NF-kB 1 in complex with di-ubiquitin 提交 2021-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–152（152 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；255 K；0.1M Citrate pH 5.5, 10% Iso-propanol, 20% PEG 400
分辨率 2.50 Å R-free 0.224
7EAO The structure of the A20-binding inhibitor of NF-kB 1 in complex with tri-ubiquitin 提交 2021-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–228（228 aa） 片段：UNP residues 1-228
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Potassium citrate tribasic, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.283
7EB9 The structure of the A20-binding inhibitor of NF-kB 1 in complex with tetra-ubiquitin 提交 2021-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–304（304 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1 M Sodium malonate pH 6.0, 10% PEG 3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.264
7JXV ANTH domain of CALM (clathrin-assembly lymphoid myeloid leukemia protein) bound to ubiquitin 提交 2020-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES, pH 6, 0.2 M NaCl, 20% w/v MPEG2000
分辨率 2.35 Å R-free 0.264
7K6P Active state Dot1 bound to the unacetylated H4 nucleosome 提交 2020-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–76（76 aa）
突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7K6Q Active state Dot1 bound to the H4K16ac nucleosome 提交 2020-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–76（76 aa）
突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7KEO Crystal structure of K29-linked di-ubiquitin in complex with synthetic antigen binding fragment 提交 2020-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M phosphate-citriate, 40% v/v Polyethylene glycol 300
分辨率 2.90 Å R-free 0.282
7KEO Crystal structure of K29-linked di-ubiquitin in complex with synthetic antigen binding fragment 提交 2020-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M phosphate-citriate, 40% v/v Polyethylene glycol 300
分辨率 2.90 Å R-free 0.282
7M4M Crystal structure of RBR E3 ligase RNF216 with ubiquitin 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；15% PEG 6000, 0.18 M NaCl, 0.09 M Na HEPES pH7.0, 0.1 M KCl
分辨率 2.39 Å R-free 0.247
7M4M Crystal structure of RBR E3 ligase RNF216 with ubiquitin 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；15% PEG 6000, 0.18 M NaCl, 0.09 M Na HEPES pH7.0, 0.1 M KCl
分辨率 2.39 Å R-free 0.247
7M4N Crystal structure of RBR E3 ligase RNF216 in complex with K63-linked di-ubiquitin 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；293 K；0.2M ammonium sulfate, 30% PEG 4000
分辨率 2.52 Å R-free 0.273
7M4N Crystal structure of RBR E3 ligase RNF216 in complex with K63-linked di-ubiquitin 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；293 K；0.2M ammonium sulfate, 30% PEG 4000
分辨率 2.52 Å R-free 0.273
7M4O Crystal structure of phosphorylated RBR E3 ligase RNF216 in complex with K63-linked di-ubiquitin 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.22；293 K；0.259 M ammonium sulfate, 30.1 % PEG monomethyl ether 2000, 0.1M sodium acetate-acetic acid pH 5.22
分辨率 2.21 Å R-free 0.252
7MEX Structure of yeast Ubr1 in complex with Ubc2 and N-degron 提交 2021-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
突变：G76C ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
7MIC Maize rayado fino virus protease in complex with Ubiquitin 提交 2021-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；277 K；100 mM phosphate citrate buffer (pH 3.8), 200 mM lithium sulfate and 25 % PEG 1000
分辨率 2.09 Å R-free 0.263
7MYF Ubiquitin variant UbV.k.1 in complex with Ube2k 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2-0.3 M ammonium citrate dibasic, 20-25% PEG3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.293
7NPI Crystal structure of Mindy2 (C266A) in complex with Lys48-linked penta-ubiquitin (K48-Ub5) 提交 2021-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；3% w/v Dextran sulphate sodium salt 0.1 M BICINE pH 8.5 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.81 Å R-free 0.288
7NPI Crystal structure of Mindy2 (C266A) in complex with Lys48-linked penta-ubiquitin (K48-Ub5) 提交 2021-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
链 L 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；3% w/v Dextran sulphate sodium salt 0.1 M BICINE pH 8.5 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.81 Å R-free 0.288
7NPI Crystal structure of Mindy2 (C266A) in complex with Lys48-linked penta-ubiquitin (K48-Ub5) 提交 2021-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 N 1–76（76 aa）
链 O 1–76（76 aa）
链 P 1–76（76 aa）
链 Q 1–76（76 aa）
链 R 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；3% w/v Dextran sulphate sodium salt 0.1 M BICINE pH 8.5 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.81 Å R-free 0.288
7NPI Crystal structure of Mindy2 (C266A) in complex with Lys48-linked penta-ubiquitin (K48-Ub5) 提交 2021-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 T 1–76（76 aa）
链 U 1–76（76 aa）
链 V 1–76（76 aa）
链 W 1–76（76 aa）
链 X 1–76（76 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；3% w/v Dextran sulphate sodium salt 0.1 M BICINE pH 8.5 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.81 Å R-free 0.288
7NPI Crystal structure of Mindy2 (C266A) in complex with Lys48-linked penta-ubiquitin (K48-Ub5) 提交 2021-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Z 1–76（76 aa）
链 a 1–76（76 aa）
链 b 1–76（76 aa）
链 c 1–76（76 aa）
链 d 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；3% w/v Dextran sulphate sodium salt 0.1 M BICINE pH 8.5 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.81 Å R-free 0.288
7NPI Crystal structure of Mindy2 (C266A) in complex with Lys48-linked penta-ubiquitin (K48-Ub5) 提交 2021-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 f 1–76（76 aa）
链 g 1–76（76 aa）
链 h 1–76（76 aa）
链 i 1–76（76 aa）
链 j 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；3% w/v Dextran sulphate sodium salt 0.1 M BICINE pH 8.5 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.81 Å R-free 0.288
7NPI Crystal structure of Mindy2 (C266A) in complex with Lys48-linked penta-ubiquitin (K48-Ub5) 提交 2021-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 l 1–76（76 aa）
链 m 1–76（76 aa）
链 n 1–76（76 aa）
链 o 1–76（76 aa）
链 p 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；3% w/v Dextran sulphate sodium salt 0.1 M BICINE pH 8.5 15% w/v PEG 20,000
分辨率 2.81 Å R-free 0.288
7OWD Structure of CYLD CAP-Gly3 (467-552) bound to Ub; tetragonal space group 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；291 K；40 (v/v) PEG 300, 100 mM phosphate/citrate pH 4.2
分辨率 1.71 Å R-free 0.245
7R70 Crystal Structure of the UbArk2C fusion protein 提交 2021-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；1.6 M tri-sodium citrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
7R70 Crystal Structure of the UbArk2C fusion protein 提交 2021-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；1.6 M tri-sodium citrate
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
7R71 Crystal Structure of the UbArk2C-UbcH5b~Ub complex 提交 2021-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M MMT pH 6.0, 25% w/v PEG 1500
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
7TV4 Crystal structure of NEMO CoZi in complex with HOIP NZF1 and linear diubiquitin 提交 2022-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 77–228（152 aa）
链 G 77–228（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 22% v/v PEG Smear Broad
分辨率 4.20 Å R-free 0.286
7UV5 The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S/D286N mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2022-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M sodium tartrate, 15% PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.179
7UYH Structure of the first OTU domain from Legionella pneumophila effector protein LotA bound to K6-linked diUb 提交 2022-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG 3350, 10% ethylene glycol, 0.2 M KSCN, 0.1 M MES pH 5.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.262
7YUI Crystal structure of HOIL-1L(195-423) in complex with the linear tetra-ubiquitin 提交 2022-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–380（304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Tris(pH 8), 20 %(w/v)PEG 8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.258
7ZJ3 Structure of TRIM2 RING domain in complex with UBE2D1~Ub conjugate 提交 2022-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 76–152（77 aa）
链 L 76–152（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5 10% (w/v) PEG 8K
分辨率 2.53 Å R-free 0.258
7ZJ3 Structure of TRIM2 RING domain in complex with UBE2D1~Ub conjugate 提交 2022-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 76–152（77 aa）
链 I 76–152（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5 10% (w/v) PEG 8K
分辨率 2.53 Å R-free 0.258
8A9J Cryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 without ML323 (consensus reconstruction) 提交 2022-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 C 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3.0 secs before plunging
分辨率 2.80 Å
8A9K Cryo-EM structure of USP1-UAF1 bound to FANCI and mono-ubiquitinated FANCD2 with ML323 (consensus reconstruction) 提交 2022-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 C 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 JDA 5-methyl-2-(2-propan-2-ylphenyl)-~{N}-[[4-(1,2,3-triazol-1-yl)phenyl]methyl]pyrimidin-4-amine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
8AMS Complex of human TRIM2 RING domain, UBCH5C, and Ubiquitin 提交 2022-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 76–152（77 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 9 ZN ZINC ION × 4 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.2 M sodium formate, 0.1 M bis-tris propane, 20% PEG 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.233
8B3G C(N)RL4CSA-UVSSA-E2-ubiquitin complex. 提交 2022-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8B3I CRL4CSA-E2-Ub (state 2) 提交 2022-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 U 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8E7O CRYSTAL STRUCTURE OF LYS48-LINKED TETRAUBIQUITIN 提交 2022-08-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：K48R SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；25% w/v PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
8EAZ HOIL-1/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；28% PEG smear broad, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate, pH 6.2
分辨率 3.08 Å R-free 0.266
8EAZ HOIL-1/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；28% PEG smear broad, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate, pH 6.2
分辨率 3.08 Å R-free 0.266
8EB0 RNF216/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；293 K；2 M ammonium sulfate
分辨率 3.03 Å R-free 0.339
8FTQ Crystal structure of hRpn13 Pru domain in complex with Ubiquitin and XL44 提交 2023-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–72（72 aa）
链 D 1–72（72 aa）
未记录 ZTO N-(3-{[(3R)-5-fluoro-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]methyl}phenyl)-4-methoxybenzamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 4.6；277 K；0.1 M Citric acid pH 4.6 and 20% PEG4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.247
8K6I LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；Sodium Chloride, PEG8000, HEPES
分辨率 3.19 Å R-free 0.315
8OFF Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1) 提交 2023-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 Fa 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force = 0 N blot time = 8 s
分辨率 3.40 Å
8PJN Catalytic module of human CTLH E3 ligase bound to multiphosphorylated UBE2H~ubiquitin 提交 2023-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8PMQ Catalytic module of yeast GID E3 ligase bound to multiphosphorylated Ubc8~ubiquitin 提交 2023-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
8PQL K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase and Cdc34: NEDD8-CUL2-RBX1-ELOB/C-FEM1C with trapped UBE2R2-donor UB-acceptor UB-SIL1 peptide 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 E 1–685（685 aa）
链 U 1–685（685 aa）
突变：K48C,S455P L456T L457Q K458G E459R L460A 突变：K48C SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.76 Å
8Q7R Ubiquitin ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase & Cdc34: NEDD8-CUL2-RBX1-ELOB/C-FEM1C with trapped UBE2R2~donor UB-Sil1 peptide 提交 2023-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 1–685（685 aa）
未记录 U9O 5-azanyl-1-oxidanyl-pentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.71 Å
8R5H Ubiquitin ligation to neosubstrate by a cullin-RING E3 ligase & Cdc34: NEDD8-CUL2-RBX1-ELOB/C-VHL-MZ1 with trapped UBE2R2~donor UB-BRD4 BD2 提交 2023-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.44 Å
8SSI Structure of Burkholderia pseudomallei deubiquitinase TssM in complex with ubiquitin 提交 2023-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.254
8SSI Structure of Burkholderia pseudomallei deubiquitinase TssM in complex with ubiquitin 提交 2023-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.254
8ST7 Structure of E3 ligase VsHECT bound to ubiquitin 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20% PEG 2K MME, 0.1 M MES pH 6.0, and 20% ethylene glycol
分辨率 1.44 Å R-free 0.199
8ST7 Structure of E3 ligase VsHECT bound to ubiquitin 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20% PEG 2K MME, 0.1 M MES pH 6.0, and 20% ethylene glycol
分辨率 1.44 Å R-free 0.199
8ST8 Structure of E3 ligase SopA bound to ubiquitin 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；22.5% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 7.0, and 20% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.196
8ST9 Structure of E3 ligase NleL bound to ubiquitin 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 3350, 0.2 M KSCN, 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 20% glycerol, and 10% ethylene glycol
分辨率 2.50 Å R-free 0.252
8ST9 Structure of E3 ligase NleL bound to ubiquitin 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 3350, 0.2 M KSCN, 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 20% glycerol, and 10% ethylene glycol
分辨率 2.50 Å R-free 0.252
8SVF BAP1/ASXL1 bound to the H2AK119Ub Nucleosome 提交 2023-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 M 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8T48 The N4BP1 CUE-like domain in complex with linear di-Ubiquitin 提交 2023-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–152（152 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 8.5, 30% (w/v) PEG 4K, 0.2 M Li2SO4
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
8T48 The N4BP1 CUE-like domain in complex with linear di-Ubiquitin 提交 2023-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 LI LITHIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 8.5, 30% (w/v) PEG 4K, 0.2 M Li2SO4
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
8U5H Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome 提交 2023-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9D1Y Structure of G75R Ubiquitin bound to KLHDC3-EloB/C 提交 2024-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G75R GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10%PEG5KMME, 5% Tacsimate pH=7.0, 0.1M HEPES pH=7.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.216
9D1Z Structure of G75Q Ubiquitin bound to KLHDC3-EloB/C 提交 2024-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G75Q MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10%%KMME, 5% Tacsimate pH=7.0, 0.1M HEPES 7.0
分辨率 1.88 Å R-free 0.190
9D8P Focused map of Cryo-EM structure of Ubiquitin C-degron bound to KLHDC10-EloB/C 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
突变：K48C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9DI1 Cryo-EM structure of the USP1-UAF1-Ubiquitin complex inhibited by KSQ-4279 提交 2024-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1IB8 6-(4-cyclopropyl-6-methoxy-pyrimidin-5-yl)-1-[[4-[1-propan-2-yl-4-(trifluoromethyl)imidazol-2-yl]phenyl]methyl]pyrazolo[3,4-d]pyrimidine × 1 A1A4Y 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9DI2 Cryo-EM structure of the USP1-UAF1-Ubiquitin-VS complex 提交 2024-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1A4Y 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9DNS Cryo-EM structure of Tom1-UBE2D2-ubiquitin complex 提交 2024-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 U 1–76（76 aa）
链 V 1–76（76 aa）
链 W 1–76（76 aa）
链 X 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；30 mM HEPES pH 7.2, 200 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 0.2 mM CHAPSO
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CHAPSO detergent added to final conc. of 0.2 mM. Sample applied twice.
分辨率 2.80 Å
9EGV HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 76–152（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH 6.2, 1.8 M lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.00 Å R-free 0.208
9EGV HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：dimeric
链 C 76–152（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；0.01 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH 6.2, 1.8 M lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.00 Å R-free 0.208
9EGW HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin-maltose (maltose not modelled) 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 76–152（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.02 M MgCl2, 0.05 M MES pH6 and 1.8 M LiSO4
分辨率 1.78 Å R-free 0.182
9EGW HOIL-1 RING2 domain bound to ubiquitin-maltose (maltose not modelled) 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 76–152（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.02 M MgCl2, 0.05 M MES pH6 and 1.8 M LiSO4
分辨率 1.78 Å R-free 0.182
9ERZ Structure of CBL-TKBD bound to Ubiquitin-fused CBLock peptide 提交 2024-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 77–150（74 aa）
链 D 77–150（74 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Bis-Tris Propane, pH 6.0, 0.2 M sodium fluoride, and 20% (v/v) PEG 3350
分辨率 2.02 Å R-free 0.229
9FCI USP1 bound to KSQ-4279 and ubiquitin conjugated to FANCD2 (focused refinement) 提交 2024-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1IB8 6-(4-cyclopropyl-6-methoxy-pyrimidin-5-yl)-1-[[4-[1-propan-2-yl-4-(trifluoromethyl)imidazol-2-yl]phenyl]methyl]pyrazolo[3,4-d]pyrimidine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9FCJ USP1 bound to ML323 and ubiquitin conjugated to FANCD2 (ordered subset, focused refinement) 提交 2024-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 JDA 5-methyl-2-(2-propan-2-ylphenyl)-~{N}-[[4-(1,2,3-triazol-1-yl)phenyl]methyl]pyrimidin-4-amine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotting for 3.0 seconds
分辨率 2.70 Å
9FJ3 Structure of ubiquitin bound of coiled-coil UIM form 2 提交 2024-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 77–152（76 aa）
未记录 A1IDH 3-[1-(2-oxidanylideneethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]propanal × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M amino acids, 0.1 M buffer system 1, pH 6.6-6.7 and 36-38 %(v/v) precipitant mix 1 (Molecular Dimension)
分辨率 1.40 Å R-free 0.238
9FJ3 Structure of ubiquitin bound of coiled-coil UIM form 2 提交 2024-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 77–152（76 aa）
未记录 A1IDH 3-[1-(2-oxidanylideneethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]propanal × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M amino acids, 0.1 M buffer system 1, pH 6.6-6.7 and 36-38 %(v/v) precipitant mix 1 (Molecular Dimension)
分辨率 1.40 Å R-free 0.238
9FJ4 Structure of ubiquitin bound to coiled coil-UIM form 1 提交 2024-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 77–152（76 aa）
突变：contain GSGGS at the N-terminus A1IDH 3-[1-(2-oxidanylideneethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]propanal × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M amino acids, 0.1 M buffer system 1, pH 6.6-6.7 and 36-38 %(v/v) precipitant mix 1 (Molecular Dimension)
分辨率 1.54 Å R-free 0.266
9GKM Structure of HECT E3 TRIP12 forming K29/K48-branched Ubiquitin chains 提交 2024-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–75（75 aa）
链 C 1–76（76 aa）
突变：K29C SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.69 Å
9GKN Structure of HECT E3 TRIP12 forming K29-linked Ubiquitin chains 提交 2024-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–75（75 aa）
链 C 77–152（76 aa）
突变：K29C SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
9KHS Cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-Ub in complex with K29-linked diUb (monomeric conformation) 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
突变：K48C 突变：K29R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
9KHT cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-Ub in complex with K29-linked triUb (dimeric conformation) 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 D 1–76（76 aa）
链 d 1–76（76 aa）
突变：K48C 突变：K48C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.85 Å
9M7O Cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-ub complex with K29triUb(monomeric conformation) 提交 2025-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
突变：K48C 突变：K29R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
9MC4 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Transthiolation state 4 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9MC5 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Transthiolation state 3 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
9N1F Crystal Structure of the Ark2C-Ubc13~Ub-Mms2 complex 提交 2025-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M Sodium Malonate and 18% w/v PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
9O4M Crystal structure of Ubiquitin Carboxy Terminal Hydrolase L1 Q209C mutant covalently crosslinked to ubiquitin genetically encoded with N6-(6-bromohexanoyl)-L-lysine 提交 2025-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 6NA HEXANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid
分辨率 2.00 Å R-free 0.262
9O4M Crystal structure of Ubiquitin Carboxy Terminal Hydrolase L1 Q209C mutant covalently crosslinked to ubiquitin genetically encoded with N6-(6-bromohexanoyl)-L-lysine 提交 2025-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 6NA HEXANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid
分辨率 2.00 Å R-free 0.262
9OVX CRYSTAL STRUCTURE OF UBIQUITIN K27M MUTANT 提交 2025-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：K27M CD CADMIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CdCl2 (0.2 M), PEG400 (10% v/v), 2-methyl-2,4-pentanediol (12% v/v) and sodium acetate buffer (0.1 M, pH 4.6)
分辨率 1.50 Å R-free 0.154
9QGG Consensus structure of dUBA1-UbDha-dBIRC6 trapped ternary complex 提交 2025-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
9QGI Structure of dUBA1-UbDha-dBIRC6 trapped ternary complex (Cluster 2) 提交 2025-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9QGR Structure of dUBA1-UbDha-dBIRC6 trapped ternary complex (Cluster 4) 提交 2025-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9QGW Consensus structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (singly loaded) 提交 2025-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9QH5 Consensus structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (doubly loaded) 提交 2025-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
9QIA Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 2) 提交 2025-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
9R85 Cryo-EM structure of the E3 ligase HECTD3 conjugated to ubiquitin 提交 2025-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
9SDX Structure of RBR binding E2 variant crosslinked with NEDD8-CUL5-RBX2 bound ARIH2 and Ub 提交 2025-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 U 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.97 Å
9T7V Structure of LRRC58-EloB/C-CDO1 in complex with NEDD8-CUL5-RBX2-ARIH2-Ub 提交 2025-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 U 1–75（75 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9YEA Structure of the isopeptide bond-linked UbcH5b~Ubiquitin conjugate complex for an M1K/C85K UbcH5b mutant 提交 2025-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Sodium Citrate, 20 % (w/v) PEG 3000
分辨率 1.83 Å R-free 0.239

共 219 个其他 PDB 条目、348 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 I； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 J； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 K； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1

Homo sapiens

UniProt Q92890

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 1–307 未记录 Nuclear protein localization protein 4 homolog × 1 （Q8TAT6） Ubiquitin × 4 （P0CG48） ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；50 mM HEPES, pH 7.6, 150 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ATP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.28 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 11SY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
11TA Cryo-EM structure of substrate engaged p97-Ufd1-NPL4-Faf1 complex (motor focused) 提交 2026-03-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 P 1–307（307 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；50 mM HEPES, pH 7.6, 150 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
11VE Cryo-EM structure of substrate engaged p97-Ufd1-NPL4-Faf1 complex (State1) 提交 2026-03-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 P 1–307（307 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.85 Å
5C1B p97-delta709-728 in complex with a UFD1-SHP peptide 提交 2015-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 U 221–241（21 aa） 片段：UNP residues 221-241
链 V 221–241（21 aa） 片段：UNP residues 221-241
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 CL CHLORIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；6.5-7% PEG 4000, 0.4-0.6 M potassium acetate, 0.1 M MES pH 5.75
分辨率 3.08 Å R-free 0.240
7WWQ Crystal structure of human Ufd1-Npl4 complex 提交 2022-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 258–273（16 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M Tris-HCl (pH8.5), 5 % (v/v) glycerol, and 1.3 M magnesium sulfate hydrate
分辨率 2.72 Å R-free 0.277
9YRC p97Ufd1-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP 提交 2025-10-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 1–307（307 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9YW2 Complex structure of human p97 bound to Faf1 and Ufd1 (NTD focused) 提交 2025-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–307（307 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UFD1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–307； UniProt 1–307

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 11sy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 11sy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id11sy
沉积日期 deposition_date2026-03-11
结构标题 titleCryo-EM structure of substrate engaged p97-Ufd1-NPL4-Faf1 complex (NPL4 focused)
关键词 keywordsERAD, ubiquitin, AAA+ ATPase, unfoldase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.97 Å
零角强度 I(0) i0114838000.00
分子量 molecular_weight85547.0 kDa
排除体积 excluded_volume107310 ų
包络体积 envelope_volume143950 ų
水化壳体积 shell_volume38126 ų
包络直径 envelope_diameter114.2 Å
壳层 Rg shell_rg38.34 Å
包络 Rg envelope_rg32.16 Å
形状 Rg shape_rg31.90 Å
总 Rg total_rg32.75 Å
总原子数 total_atoms6018
残基数 n_residues755
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.8 Å
Rg (实空间) rg_real32.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal114800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8881
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.3 Å
偏度 Skewness skewness0.307
峰度 Kurtosis kurtosis-0.451
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15500000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.888
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)