1g2f

STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (TATAZF;CLONE #6)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TATA BOX ZINC FINGER PROTEIN

Mus musculus

UniProt P08046

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 333–421 未记录 5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*G)-3' × 1 5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3' × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;PEG 400; NaCl; Bis-Tris Propane; CoCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.263
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 333–421 未记录 5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*G)-3' × 1 5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3' × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;PEG 400; NaCl; Bis-Tris Propane; CoCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGR1_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–90; UniProt 333–421 作者链 F; PDB构建体 2–90; UniProt 333–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1g2f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1g2f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1g2f
沉积日期 deposition_date2000-10-18
结构标题 titleSTRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (TATAZF;CLONE #6)
关键词 keywordsphage display, zinc finger-DNA complex, TATA box, Cys2His2, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.50
零角强度 I(0) i049271300.00
分子量 molecular_weight40686.0 kDa
排除体积 excluded_volume44549 ų
包络体积 envelope_volume65993 ų
水化壳体积 shell_volume19370 ų
包络直径 envelope_diameter112.2
壳层 Rg shell_rg34.69
包络 Rg envelope_rg31.02
形状 Rg shape_rg31.45
总 Rg total_rg31.82
总原子数 total_atoms2753
残基数 n_residues240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.7
Rg (实空间) rg_real31.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.30
I(0) (实空间) i0_real4.9270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49260000.0000
解质量估计 total_estimate0.6711
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.9
偏度 Skewness skewness0.518
峰度 Kurtosis kurtosis-0.659
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2649000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.407; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.142; Smooth: 0.359

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1g2fc_
类 Class classk — Designed proteins
折叠类型 Fold foldk.12 — Zinc finger design
超家族 Superfamily superfamilyk.12.1 — Zinc finger design
家族 Family familyk.12.1.1 — Zinc finger design
结构域编号 domain_idd1g2ff_
类 Class classk — Designed proteins
折叠类型 Fold foldk.12 — Zinc finger design
超家族 Superfamily superfamilyk.12.1 — Zinc finger design
家族 Family familyk.12.1.1 — Zinc finger design

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1g2fC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Classic Zinc Finger
结构域编号 domain_id1g2fC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Classic Zinc Finger
结构域编号 domain_id1g2fC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Classic Zinc Finger
结构域编号 domain_id1g2fF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Classic Zinc Finger
结构域编号 domain_id1g2fF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Classic Zinc Finger
结构域编号 domain_id1g2fF03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Classic Zinc Finger

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)