1gzl

Crystal structure of C14linkmid/IQN17: a cross-linked inhibitor of HIV-1 entry bound to the gp41 hydrophobic pocket

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.7 Å Quality: SUSPICIOUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI

物种未注明

UniProt P03069

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 249–276 片段:GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41 × 3 (P04578) CL CHLORIDE ION × 3 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.6;16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4 分辨率 1.80 Å R-free 0.243
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 249–276 片段:GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41 × 3 (P04578) CL CHLORIDE ION × 3 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.6;16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4 分辨率 1.80 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 162 个其他 PDB 条目、199 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCN4_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–29; UniProt 249–276 作者链 B; PDB构建体 2–29; UniProt 249–276

FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI

物种未注明

UniProt P04578

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 565–581 链 C; UniProt 628–639 片段:GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 片段:RESIDUES 628-639 突变:YES CL CHLORIDE ION × 3 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.6;16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4 分辨率 1.80 Å R-free 0.243
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 565–581 链 D; UniProt 628–639 片段:GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 片段:RESIDUES 628-639 突变:YES CL CHLORIDE ION × 3 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.6;16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4 分辨率 1.80 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENV_HV1H2
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 30–46; UniProt 565–581 作者链 B; PDB构建体 30–46; UniProt 565–581 作者链 C; PDB构建体 1–12; UniProt 628–639 作者链 D; PDB构建体 1–12; UniProt 628–639

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1gzl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1gzl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gzl
沉积日期 deposition_date2002-05-23
结构标题 titleCrystal structure of C14linkmid/IQN17: a cross-linked inhibitor of HIV-1 entry bound to the gp41 hydrophobic pocket
关键词 keywordsGLYCOPROTEIN, HIV ENTRY, INHIBITOR, CROSS-LINK, GP41, COILED COIL; GLYCOPROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.14
零角强度 I(0) i03332440.00
分子量 molecular_weight14500.0 kDa
排除体积 excluded_volume18475 ų
包络体积 envelope_volume31073 ų
水化壳体积 shell_volume8819 ų
包络直径 envelope_diameter131.2
壳层 Rg shell_rg33.09
包络 Rg envelope_rg36.23
形状 Rg shape_rg35.94
总 Rg total_rg36.46
总原子数 total_atoms1018
残基数 n_residues114
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.7
Rg (实空间) rg_real36.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.87
I(0) (实空间) i0_real3.3320e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8830e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3331000.0000
解质量估计 total_estimate0.3881
解质量评级 solution_quality SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary11.4
偏度 Skewness skewness0.526
峰度 Kurtosis kurtosis-0.444
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha155600.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.047; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.085; Smooth: 0.513

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1gzl.1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family familyh.3.2.1 — Virus ectodomain
结构域编号 domain_idd1gzl.2
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family familyh.3.2.1 — Virus ectodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1gzlA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id1gzlB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)