SAXSdb — 1io4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 259–336 链 B； UniProt 259–336	片段：BZIP DOMAIN	CSF-1R PROMOTER × 1 CSF-1R PROMOTER × 1 RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1 × 1 （Q03347） CORE-BINDING FACTOR, BETA SUBUNIT × 1 （Q08024） AU GOLD ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M DTT, 4.5% V/V PEG 8000, 1% V/V glycerol, 1% V/V MPD, 0.05 M MES buffer pH 5.6, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IO4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GTW crystal structure of C/EBPbeta bZip homodimer bound to a DNA fragment from the tom-1A promoter 提交 2002-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 10.0% W/V PEG 8000, 0.05 M SODIUM CACODYLATE CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX SOLUTION CONTAINS 0.01 M DTT AND 0.005 M NAN3, PROTEIN:DNA RATIO IS 1:1.2	分辨率 1.85 Å R-free 0.271
1GTW crystal structure of C/EBPbeta bZip homodimer bound to a DNA fragment from the tom-1A promoter 提交 2002-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 10.0% W/V PEG 8000, 0.05 M SODIUM CACODYLATE CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX SOLUTION CONTAINS 0.01 M DTT AND 0.005 M NAN3, PROTEIN:DNA RATIO IS 1:1.2	分辨率 1.85 Å R-free 0.271
1GU4 Crystal structure of C/EBPBETA BZIP homodimer bound to a high affinity DNA fragment 提交 2002-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.01 M MAGNESIUM SULFATE, 10.0% V/V PEG 400, 0.05 M MES BUFFER PH 6.0, PROTEIN-DNA COMPLEX CONCENTRATION WAS 12 MG/ML AND CONTAINS 0.01 M DTT, PROTEIN:DNA RATIO WAS 1:1.2. FOR CRYOPROTECTION THE CONCENTRATION OF PEG 400 WAS ADJUSTED TO 36% V/V	分辨率 1.80 Å R-free 0.266
1GU5 Crystal structure of C/EBPBETA BZIP homodimer bound to a DNA fragment from the MIM-1 promoter 提交 2002-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：BZIP DOMAIN, RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.08 M MAGNESIUM ACETATE, 15.0% V/V PEG 400, 0.05 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.5, PROTEIN-DNA COMPLEX CONCENTRATION WAS 12 MG/ML WITH ADDITION OF 0.01 M DTT, PROTEIN:DNA RATIO WAS 1:1.2 FOR CRYOPROTECTION THE CONCENTRATION OF PEG 400 WAS ADJUSTED TO 36% V/V	分辨率 2.10 Å R-free 0.277
1H88 CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX1 提交 2001-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 259–336（78 aa）片段：RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：RESIDUES 259-336	未记录	NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.05 M AMMONIUM ACETATE, 0.01 M MAGNESIUM CHLORIDE, 10% V/V MPD, 6% V/V GLYCEROL, 0.05 M TRIS HCL BUFFER PH 7.5 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
1H89 CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX2 提交 2001-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 273–336（64 aa）片段：RESIDUES 273-336 链 B 273–336（64 aa）片段：RESIDUES 273-336	未记录	K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；0.1 M KCL, 0.05 MGSO4, 4% V/V MPD, 6% V/V GLYCEROL, 0.05 M NA HEPES PH 7.0 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.45 Å R-free 0.267
1H8A CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX3 提交 2001-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 259–336（78 aa）片段：RESIDUES 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：RESIDUES 259-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；297 K；0.04 M MAGNESIUM CHLORIDE, 20% V/V MPD, 0.05 M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.0 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.23 Å R-free 0.288
1HJB CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 259–345（87 aa）片段：RESIDUES 259-345 链 B 259–345（87 aa）片段：RESIDUES 259-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1HJB CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 259–345（87 aa）片段：RESIDUES 259-345 链 E 259–345（87 aa）片段：RESIDUES 259-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
2E42 Crystal structure of C/EBPbeta Bzip homodimer V285A mutant bound to A High Affinity DNA fragment 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：residues 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：residues 259-336	突变：V285A 突变：V285A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；magnesium chloride, MES, PEG400, PH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.252
2E43 Crystal structure of C/EBPbeta Bzip homodimer K269A mutant bound to A High Affinity DNA fragment 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）片段：residues 259-336 链 B 259–336（78 aa）片段：residues 259-336	突变：K269A 突变：K269A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；magnesium chloride, Tris-Hcl, PEG4000, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
6MG1 C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta with 16bp Methylated Oligonucleotide Containing Consensus Recognition Sequence-C2 Crystal Form 提交 2018-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 246–321（76 aa）链 B 246–321（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
6MG2 C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta with 16bp Methylated Oligonucleotide Containing Consensus Recognition Sequence-C2221 Crystal Form 提交 2018-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 246–321（76 aa）链 B 246–321（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.210
6MG3 V285A Mutant of the C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta with 16bp Methylated Oligonucleotide Containing Consensus Recognition Sequence 提交 2018-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 246–321（76 aa）链 B 246–321（76 aa）	突变：V285A 突变：V285A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.249
7L4V C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta Bound to DNA with Consensus Recognition with GT Mismatch 提交 2020-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 246–321（76 aa）链 B 246–321（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；50 mM ammonium sulfate, 50 mM BIS-TRIS pH 6.5, 30% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.75 Å R-free 0.221
7UPZ Structural basis for cell type specific DNA binding of C/EBPbeta: the case of cell cycle inhibitor p15INK4b promoter 提交 2022-04-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 257–336（80 aa）片段：UNP residues 257-336 链 B 257–336（80 aa）片段：UNP residues 257-336	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；100 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride, 50 mM MES, pH 6.0, 10% v/v PEG400, 5% v/v glycerol	分辨率 2.49 Å R-free 0.264
8K8D Crystal structure of C/EBPbeta BZIP domain bound to a high affinity DNA 提交 2023-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–336（78 aa）链 B 259–336（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.02 M Calcium chloride dihydrate,0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 and 20% v/v 2-Propanol	分辨率 2.20 Å R-free 0.292

共 15 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEBPB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–78； UniProt 259–336 作者链 B； PDB构建体 1–78； UniProt 259–336

RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1

Mus musculus

UniProt Q03347

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 60–182	片段：RUNT DOMAIN	CSF-1R PROMOTER × 1 CSF-1R PROMOTER × 1 CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA × 2 （P17676） CORE-BINDING FACTOR, BETA SUBUNIT × 1 （Q08024） AU GOLD ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M DTT, 4.5% V/V PEG 8000, 1% V/V glycerol, 1% V/V MPD, 0.05 M MES buffer pH 5.6, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IO4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EAN THE RUNX1 Runt domain at 1.70A resolution: A structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–185（140 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 46-185	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% MPEG 350, 5-10% PEG 3350, 70 MM NA CACODYLATE, PH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.222
1EAO THE RUNX1 Runt domain at 1.4A resolution: a structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–185（140 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 46-185	突变：YES	BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4	分辨率 1.40 Å R-free 0.173
1EAO THE RUNX1 Runt domain at 1.4A resolution: a structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 46–185（140 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 46-185	突变：YES	BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4	分辨率 1.40 Å R-free 0.173
1EAQ The RUNX1 Runt domain at 1.25A resolution: A structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–185（140 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 36-185	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4	分辨率 1.25 Å R-free 0.167
1EAQ The RUNX1 Runt domain at 1.25A resolution: A structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding 提交 2001-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 46–185（140 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 36-185	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4	分辨率 1.25 Å R-free 0.167
1HJB CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 60–182（123 aa）片段：RESIDUES 60-182	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1HJB CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 60–182（123 aa）片段：RESIDUES 60-182	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1HJC CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 60–182（123 aa）片段：RESIDUES 60-182	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.15 M MAGNESIUM ACETATE, 5% W/V PEG 4000, 50 MM HEPES BUFFER, PH 7.0 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.65 Å R-free 0.263
1HJC CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER 提交 2001-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 60–182（123 aa）片段：RESIDUES 60-182	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.15 M MAGNESIUM ACETATE, 5% W/V PEG 4000, 50 MM HEPES BUFFER, PH 7.0 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.65 Å R-free 0.263
2J6W R164N mutant of the RUNX1 Runt domain 提交 2006-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–185（140 aa）片段：RUNT DOMAIN, RESIDUES 46-185	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22% PEG 8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH=6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2J6W R164N mutant of the RUNX1 Runt domain 提交 2006-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 46–185（140 aa）片段：RUNT DOMAIN, RESIDUES 46-185	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22% PEG 8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH=6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTU Crystal structure of the complex comprised of ETS1 (V170A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K, V170A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
3WTU Crystal structure of the complex comprised of ETS1 (V170A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K, V170A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K, V170G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K, V170G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K, K167A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K, K167A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 60–263（204 aa）片段：UNP RESIDUES 60-263	突变：L94K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WU1 Crystal structure of the ETS1-RUNX1-DNA ternary complex 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 55–177（123 aa）片段：UNP RESIDUES 55-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；11% PEG MME 550, 0.1M KCL, 0.015M MGCL2, 0.05M TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.249
4L0Y Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 1) 提交 2013-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–242（242 aa）片段：UNP residues 1-242	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；Plate-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
4L0Z Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 2) 提交 2013-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–242（242 aa）片段：UNP residues 1-242	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；Square bipyramid-shaped crystals grown from 100 mM potassium chloride, 15 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 14% v/v PEG550 MME, 6% v/v glycerol, crystal size improved by macroseeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
4L18 Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 3) 提交 2013-06-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 48–214（167 aa）片段：UNP residues 48-214	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；2.5% w/v PEG4000, 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
4L18 Crystal structure of Runx1 and Ets1 bound to TCR alpha promoter (crystal form 3) 提交 2013-06-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 48–214（167 aa）片段：UNP residues 48-214	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；2.5% w/v PEG4000, 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM MES, pH 5.6, 5% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.280

共 17 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUNX1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–123； UniProt 60–182

CORE-BINDING FACTOR, BETA SUBUNIT

Mus musculus

UniProt Q08024

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–141	片段：CORE DOMAIN	CSF-1R PROMOTER × 1 CSF-1R PROMOTER × 1 CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA × 2 （P17676） RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1 × 1 （Q03347） AU GOLD ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；0.2 M potassium chloride, 0.01 M magnesium chloride, 0.01 M DTT, 4.5% V/V PEG 8000, 1% V/V glycerol, 1% V/V MPD, 0.05 M MES buffer pH 5.6, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IO4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ILF NMR STRUCTURE OF APO CBFB 提交 2001-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–141（141 aa）片段：BETA-SUBUNIT	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；297 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM sodium chloride；压力 1 NMR样品组成 1.6mM CBFb U-15N, 13C \| 25mM phosphate buffer, 3mM DTT, 100 % D2O NMR样品组成 1.6mM CBFb U-15N \| 25mM phosphate buffer, 3mM DTT, 10 % D2O NMR样品组成 0.8mM CBFb \| 25mM phosphate buffer,3mM DTT, 100 % D2O	分辨率未提供
2JHB CORE BINDING FACTOR BETA 提交 1999-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；293 K；压力 1	分辨率未提供
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTS Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.279
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTT Crystal structure of the complex comprised of phosphorylated ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3WTU Crystal structure of the complex comprised of ETS1 (V170A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
3WTU Crystal structure of the complex comprised of ETS1 (V170A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTV Crystal structure of the complex comprised of ETS1(V170G), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4% PEG 8000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTW Crystal structure of the complex comprised of ETS1(K167A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% ISOPROPANOL, 0.02M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTX Crystal structure of the complex comprised of ETS1(Y329A), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；10% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE PH5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3WTY Crystal structure of the complex comprised of ETS1(G333P), RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA 提交 2014-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）片段：UNP RESIDUES 1-142	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；298 K；4% PEG 4000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.268

共 9 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEBB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1io4
沉积日期 deposition_date	2001-01-10
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA CORE DOMAIN HETERODIMER AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION FACTOR, BZIP, RUNX, RUNT, C/EBP, CBF, CORE BINDING FACTOR, AML1, AML, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.20 Å
零角强度 I(0) i0	87743200.00
分子量 molecular_weight	61041.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70804 Å³
包络体积 envelope_volume	104350 Å³
水化壳体积 shell_volume	29166 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.50 Å
包络 Rg envelope_rg	30.80 Å
形状 Rg shape_rg	31.20 Å
总 Rg total_rg	31.61 Å
总原子数 total_atoms	4189
残基数 n_residues	433
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9058
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.125
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.743
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4527000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.942

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CSF-1R PROMOTER
分子量 formula_weight	8018.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	4197

GAAGATTTCCAAACTCTGTGGTTGCG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CSF-1R PROMOTER
分子量 formula_weight	7956.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CCGCAACCACAGAGTTTGGAAATCTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
分子量 formula_weight	9381.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

VKSKAKKTVDKHSDEYKIRRERNNIAVRKSRDKAKMRNLETQHKVLELTAENERLQKKVEQLSRELSTLRNLFKQLPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
分子量 formula_weight	13715.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GELVRTDSPNFLCSVLPTHWRCNKTLPIAFKVVALGDVPDGTLVTVMAGNDENYSAELRNATAAMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPPQVATYHRAIKITVDGPREPRRHRQK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	CORE-BINDING FACTOR, BETA SUBUNIT
分子量 formula_weight	16613.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MPRVVPDQRSKFENEEFFRKLSRECEIKYTGFRDRPHEERQTRFQNACRDGRSEIAFVATGTNLSLQFFPASWQGEQRQTPSREYVDLEREAGKVYLKAPMILNGVCVIWKGWIDLHRLDGMGCLEFDEERAQQEDALAQQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GOLD ION
分子量 formula_weight	197.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1io4a_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1io4b_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1io4c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.6 — RUNT domain

结构域编号 domain_id	d1io4d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.54 — Core binding factor beta, CBF
超家族 Superfamily superfamily	b.54.1 — Core binding factor beta, CBF
家族 Family family	b.54.1.1 — Core binding factor beta, CBF

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1io4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1io4B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1io4C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 —

结构域编号 domain_id	1io4D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	250 — Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Core binding factor, beta subunit

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	121.108 Å
晶胞边长 b length_b	163.600 Å
晶胞边长 c length_c	109.326 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.950 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.2990

fit	/app/data/saxs_computation/io/1io4/1io4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/1io4/1io4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/1io4/1io4.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA CORE DOMAIN HETERODIMER AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CORE-BINDING FACTOR, BETA SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)