1syx

The crystal structure of a binary U5 snRNP complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 141.8 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–142	未记录	CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2 × 1 （O95400）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–142	未记录	CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2 × 1 （O95400）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–142	未记录	CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2 × 1 （O95400）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1SYX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PQN dominant negative human hDim1 (hDim1 1-128) 提交 2003-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–128（127 aa）片段：dominant negative human hDim1	突变：deltaC14	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.65；310 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM hDim1 1-128,U-15N; 10mM phosphate buffer; 95% H2O, 5% D2O, 0.2% 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate (DSS), 0.04% NaN3 \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM hDim1 1-128,U-15N,13C; 10mM phosphate buffer; 95% H2O, 5% D2O, 0.2% 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate (DSS), 0.04% NaN3 \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM hDim1 1-128,U-13C; 10mM phosphate buffer; 100% D2O, 0.2% 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate (DSS), 0.04% NaN3 \| 100% D2O	分辨率未提供
1QGV HUMAN SPLICEOSOMAL PROTEIN U5-15KD 提交 1999-05-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–142（142 aa）片段：FULL-LENGTH	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；1.0 M AMMONIUM SULPHATE 0.2 M HEPES/NAOH, PH 7.6 AT 294 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.40 Å R-free 0.269
3JCR 3D structure determination of the humanU4/U6.U5 tri-snRNP complex 提交 2016-01-21	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric	链 E 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA；pH 7.9；20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 7.00 Å
4BWQ Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 提交 2013-07-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 4–137（134 aa）片段：RESIDUES 4-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
4BWQ Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 提交 2013-07-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 4–137（134 aa）片段：RESIDUES 4-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
4BWQ Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 提交 2013-07-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 4–137（134 aa）片段：RESIDUES 4-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
4BWQ Crystal structure of U5-15kD in a complex with PQBP1 提交 2013-07-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–137（134 aa）片段：RESIDUES 4-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
4BWS Crystal structure of the heterotrimer of PQBP1, U5-15kD and U5-52kD. 提交 2013-07-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 4–137（134 aa）片段：RESIDUES 4-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
4BWS Crystal structure of the heterotrimer of PQBP1, U5-15kD and U5-52kD. 提交 2013-07-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 4–137（134 aa）片段：RESIDUES 4-137	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
4CDO Crystal structure of PQBP1 bound to spliceosomal U5-15kD 提交 2013-11-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 4–137（134 aa）片段：RESIDUES 4-137,223-265	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
4CDO Crystal structure of PQBP1 bound to spliceosomal U5-15kD 提交 2013-11-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–137（134 aa）片段：RESIDUES 4-137,223-265	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 J 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6AH0 The Cryo-EM Structure of the Precusor of Human Pre-catalytic Spliceosome (pre-B complex) 提交 2018-08-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 O 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric	链 O 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6QW6 Structure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution. 提交 2019-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric	链 5D 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Wait 30s, blot for 2s to 3s.	分辨率 2.92 Å
6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric	链 5D 1–142（142 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric	链 4F 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric	链 4F 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric	链 4F 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric	链 4F 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8Q7N cryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (tri-snRNP core region) 提交 2023-08-16	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.29 Å
8QOZ Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss+ATPgammaS Complex (core part) 提交 2023-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：17-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8QP8 Cryo-EM Structure of Pre-B Complex (core part) 提交 2023-09-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8QP9 Cryo-EM Structure of Pre-B+AMPPNP Complex (core part) 提交 2023-09-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8QPA Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ssLNG Complex (core part) 提交 2023-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：heptadecameric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8QPB Cryo-EM Structure of Pre-B+ATP Complex (core part) 提交 2023-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：17-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8QPE Cryo-EM Structure of Pre-B-like Complex (core part) 提交 2023-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：20-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8QPK Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss Complex (core part) 提交 2023-10-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.60 Å
8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.80 Å
8R0B Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+ATP complex 提交 2023-10-31	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric	链 D 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.90 Å

共 31 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TXN4A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 C； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 E； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt O95400

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 262–341	片段：86 amino acid C-terminal fragment	Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein × 1 （P83876）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 262–341	片段：86 amino acid C-terminal fragment	Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein × 1 （P83876）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 262–341	片段：86 amino acid C-terminal fragment	Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein × 1 （P83876）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 2000mme, MES, calcium acetate, 1,4-butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1SYX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GYF GYF DOMAIN FROM HUMAN CD2BP2 PROTEIN 提交 1999-04-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 280–341（62 aa）片段：CD2-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NAPO4 NMR样品组成 90% WATER/10%D2O	分辨率未提供
1L2Z CD2BP2-GYF domain in complex with proline-rich CD2 tail segment peptide 提交 2002-02-26	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 280–341（62 aa）片段：Residue 1-62	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaPo4；压力 1 NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaPo4；压力 1 NMR样品组成 1 mM GYF domain U-deuterated, U-15N, 1mM Peptide, 50 mM phosphate buffer, pH 6.3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM GYF domain, aromatic amino acids protonated only, 1 mM Peptide protonated \| 100% D2O	分辨率未提供
4BWS Crystal structure of the heterotrimer of PQBP1, U5-15kD and U5-52kD. 提交 2013-07-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 280–341（62 aa）片段：RESIDUES 280-341	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
4BWS Crystal structure of the heterotrimer of PQBP1, U5-15kD and U5-52kD. 提交 2013-07-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 280–341（62 aa）片段：RESIDUES 280-341	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
8Q7Q Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State 2) 提交 2023-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric	链 G 1–341（341 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8Q7V Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State 1) 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric	链 G 1–341（341 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8Q7W Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 (State 3) 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric	链 G 1–341（341 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8Q7X Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 (State 4) 提交 2023-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric	链 G 1–341（341 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8Q91 Structure of the human 20S U5 snRNP core 提交 2023-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：14-meric	链 F 1–341（341 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8RC0 Structure of the human 20S U5 snRNP 提交 2023-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric	链 F 1–341（341 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD2B2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–86； UniProt 262–341 作者链 D； PDB构建体 7–86； UniProt 262–341 作者链 F； PDB构建体 7–86； UniProt 262–341

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1syx
沉积日期 deposition_date	2004-04-02
结构标题 title	The crystal structure of a binary U5 snRNP complex
关键词 keywords	GYF-domain; thioredoxin-like; spliceosomal proteins, TRANSLATION-IMMUNE SYSTEM COMPLEX; TRANSLATION/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.77 Å
零角强度 I(0) i0	72771700.00
分子量 molecular_weight	69430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86867 Å³
包络体积 envelope_volume	125760 Å³
水化壳体积 shell_volume	28794 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.85 Å
包络 Rg envelope_rg	44.17 Å
形状 Rg shape_rg	44.76 Å
总 Rg total_rg	44.44 Å
总原子数 total_atoms	4890
残基数 n_residues	591
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.8 Å
Rg (实空间) rg_real	44.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6253
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.582
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.637
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3017000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.336; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.121; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein
分子量 formula_weight	16807.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	5082

MSYMLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYSTKYRY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2
分子量 formula_weight	9875.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

AEEELETPTPTQRGEAESRGDGLVDVMWEYKWENTGDAELYGPFTSAQMQTWVSEGYFPDGVYCRKLDPPGGQFYNSKRIDFDLYT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	192

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1syxa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.8 — spliceosomal protein U5-15Kd

结构域编号 domain_id	d1syxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.76 — GYF/BRK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.76.1 — GYF domain
家族 Family family	d.76.1.1 — GYF domain

结构域编号 domain_id	d1syxc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.8 — spliceosomal protein U5-15Kd

结构域编号 domain_id	d1syxd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.76 — GYF/BRK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.76.1 — GYF domain
家族 Family family	d.76.1.1 — GYF domain

结构域编号 domain_id	d1syxe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.8 — spliceosomal protein U5-15Kd

结构域编号 domain_id	d1syxf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.76 — GYF/BRK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.76.1 — GYF domain
家族 Family family	d.76.1.1 — GYF domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1syxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1syxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GYF domain

结构域编号 domain_id	1syxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1syxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GYF domain

结构域编号 domain_id	1syxE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1syxF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GYF domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	135.726 Å
晶胞边长 b length_b	75.913 Å
晶胞边长 c length_c	77.027 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.345 Å
最低分辨率 resolution_low	49.390 Å
R 因子 r_factor	0.2181
R_work r_work	0.2158
R_free r_free	0.2625

fit	/app/data/saxs_computation/sy/1syx/1syx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sy/1syx/1syx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sy/1syx/1syx.dat

The crystal structure of a binary U5 snRNP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)