1tco

TERNARY COMPLEX OF A CALCINEURIN A FRAGMENT, CALCINEURIN B, FKBP12 AND THE IMMUNOSUPPRESSANT DRUG FK506 (TACROLIMUS)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2

Bos taurus

UniProt P48452

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–392 片段:CHAIN A IS THE CATALYTIC SUBUNIT, RESIDUES 18 -392. CHAIN B IS THE REGULATORY SUBUNIT, RESIDUES 1 - 169 SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2 × 1 (P63099) FK506-BINDING PROTEIN × 1 (P62942) ZN ZINC ION × 1 FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 MYR MYRISTIC ACID × 1 FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P2BA_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–375; UniProt 18–392

SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2

Bos taurus

UniProt P63099

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–169 片段:CHAIN A IS THE CATALYTIC SUBUNIT, RESIDUES 18 -392. CHAIN B IS THE REGULATORY SUBUNIT, RESIDUES 1 - 169 SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2 × 1 (P48452) FK506-BINDING PROTEIN × 1 (P62942) ZN ZINC ION × 1 FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 MYR MYRISTIC ACID × 1 FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CANB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–169; UniProt 1–169

FK506-BINDING PROTEIN

Bos taurus

UniProt P62942

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–107 未记录 SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2 × 1 (P48452) SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2 × 1 (P63099) ZN ZINC ION × 1 FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 MYR MYRISTIC ACID × 1 FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKB1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–107; UniProt 1–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1tco

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1tco
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tco
沉积日期 deposition_date1996-08-21
结构标题 titleTERNARY COMPLEX OF A CALCINEURIN A FRAGMENT, CALCINEURIN B, FKBP12 AND THE IMMUNOSUPPRESSANT DRUG FK506 (TACROLIMUS)
关键词 keywordsCOMPLEX (HYDROLASE-ISOMERASE), IMMUNOSUPPRESSANT, COMPLEX (HYDROLASE-ISOMERASE) complex; COMPLEX (HYDROLASE/ISOMERASE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.21
零角强度 I(0) i082508900.00
分子量 molecular_weight72931.0 kDa
排除体积 excluded_volume91647 ų
包络体积 envelope_volume108030 ų
水化壳体积 shell_volume32136 ų
包络直径 envelope_diameter112.1
壳层 Rg shell_rg34.84
包络 Rg envelope_rg29.48
形状 Rg shape_rg29.18
总 Rg total_rg29.82
总原子数 total_atoms5117
残基数 n_residues628
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.1
Rg (实空间) rg_real29.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88
I(0) (实空间) i0_real8.2510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal82500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8453
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.7
偏度 Skewness skewness0.555
峰度 Kurtosis kurtosis-0.093
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22250000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.716; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.862; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1tcoa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd1tcob_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd1tcoc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1tcoA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id1tcoB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1tcoC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)