1ycp

THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPSILON THROMBIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 367–625 链 L； UniProt 318–366	未记录	FIBRINOPEPTIDE A-ALPHA × 1 （P02671）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 318–366 链 K； UniProt 367–516 链 M； UniProt 517–625	未记录	FIBRINOPEPTIDE A-ALPHA × 1 （P02671）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YCP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A0H THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF PPACK-MEIZOTHROMBIN DESF1: KRINGLE/THROMBIN AND CARBOHYDRATE/KRINGLE/THROMBIN INTERACTIONS AND LOCATION OF THE LINKER CHAIN 提交 1997-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 208–366（159 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 B 367–625（259 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 D 208–366（159 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 E 367–625（259 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；17 MG/ML PROTEIN, 2% PEG4000, .25 M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.0, 33% SATURATED AMMONIUM SULFATE	分辨率 3.20 Å R-free 0.242
1AVG THROMBIN INHIBITOR FROM TRIATOMA PALLIDIPENNIS 提交 1997-09-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 326–366（41 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；50 MM NA ACETATE, PH 4.6, 100 MM (NH4)2SO4, 16 % PEG 4,000	分辨率 2.60 Å R-free 0.275
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 517–625（109 aa）链 H 367–516（150 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1ETR REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	MIT amino{[(4S)-5-[(2R,4R)-2-carboxy-4-methylpiperidin-1-yl]-4-({[(3R)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]sulfonyl}amino)-5-oxopentyl]amino}methaniminium × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1ETS REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	MID 1-[N-(naphthalen-2-ylsulfonyl)glycyl-4-carbamimidoyl-D-phenylalanyl]piperidine × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1ETT REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	4QQ 4-[(2S)-2-{[(4-methylphenyl)sulfonyl]amino}-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)propyl]benzene-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1HRT THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINANT HIRUDIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-02-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1ID5 CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEX WITH PROTEASE INHIBITOR ECOTIN 提交 2001-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–622（256 aa）片段：THROMBIN HEAVY CHAIN 链 L 318–366（49 aa）片段：THROMBIN LIGHT CHAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG6K, Citric Acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
1MKW THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；24% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
1MKW THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；24% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–625（259 aa）链 K 318–625（308 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 367–625（259 aa）链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1NL1 BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 IN COMPLEX WITH CALCIUM ION 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–190（147 aa）片段：fragment 1 (residues 1-156)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
1NL2 BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 IN COMPLEX WITH CALCIUM AND LYSOPHOSPHOTIDYLSERINE 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–189（146 aa）片段：FRAGMENT 1 (residues 1-156)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 3 LPS O-{HYDROXY[((2R)-2-HYDROXY-3-{[(1S)-1-HYDROXYPENTADECYL]OXY}PROPYL)OXY]PHOSPHORYL}-L-SERINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
1TBQ CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TBQ CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–625（259 aa）链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 318–366（49 aa）链 B 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 318–366（49 aa）链 D 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 318–366（49 aa）链 H 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 318–366（49 aa）链 F 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 517–625（109 aa）链 H 367–516（150 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UVT BOVINE THROMBIN--BM14.1248 COMPLEX 提交 1996-10-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	I48 N-{3-METHYL-5-[2-(PYRIDIN-4-YLAMINO)-ETHOXY]-PHENYL}-BENZENESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1UVU BOVINE THROMBIN--BM12.1700 COMPLEX 提交 1996-10-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	DCH 3-(7-DIAMINOMETHYL-NAPHTHALEN-2-YL)-PROPIONIC ACID ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1VIT THROMBIN:HIRUDIN 51-65 COMPLEX 提交 1996-01-31	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, RESERVOIRS CONTAINING 39% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.25 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 AND 1% PEG4000. DROPS CONSISTED OF EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR AND PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.5 MG/ML PROTEIN., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.20 Å
1VIT THROMBIN:HIRUDIN 51-65 COMPLEX 提交 1996-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 367–516（150 aa）链 G 517–625（109 aa）链 M 318–366（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, RESERVOIRS CONTAINING 39% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.25 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 AND 1% PEG4000. DROPS CONSISTED OF EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR AND PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.5 MG/ML PROTEIN., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.20 Å
2A1D Staphylocoagulase bound to bovine thrombin 提交 2005-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 326–366（41 aa）片段：Thrombin light chain 链 B 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.306
2A1D Staphylocoagulase bound to bovine thrombin 提交 2005-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 326–366（41 aa）片段：Thrombin light chain 链 F 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.306
2HPP Structures of the noncovalent complexes of human and bovine prothrombin fragment 2 with human ppack-thrombin 提交 1993-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 214–292（79 aa）片段：UNP residues 214-292	未记录	0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å
2ODY Thrombin-bound boophilin displays a functional and accessible reactive-site loop 提交 2006-12-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 318–366（49 aa）片段：Thrombin light chain, residues 318-366 链 B 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain, residues 367-625	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；279 K；18% PEG 8000, 0.05M Potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
2ODY Thrombin-bound boophilin displays a functional and accessible reactive-site loop 提交 2006-12-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 318–366（49 aa）片段：Thrombin light chain, residues 318-366 链 D 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain, residues 367-625	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；279 K；18% PEG 8000, 0.05M Potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
2PF1 STRUCTURE OF BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 REFINED AT 2.25 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–199（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
2PF2 THE CA+2 ION AND MEMBRANE BINDING STRUCTURE OF THE GLA DOMAIN OF CA-PROTHROMBIN FRAGMENT 1 提交 1991-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–199（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2SPT DIFFERENCES IN THE METAL ION STRUCTURE BETWEEN SR-AND CA-PROTHROMBIN FRAGMENT 1 提交 1994-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–188（145 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SR STRONTIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4 CIT CITRIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMB 2.9 Angstrom crystal structure of bovine thrombin in tetragonal spacegroup 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v PEG3350, 15% v/v 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
3PMB 2.9 Angstrom crystal structure of bovine thrombin in tetragonal spacegroup 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v PEG3350, 15% v/v 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
7A0D The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C16U/C28U) at 1.6 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 HHH 367–625（259 aa）链 LLL 318–366（49 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.2 M NaCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
7A0E The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C6U/C14U) at 1.9 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 HHH 367–625（259 aa）链 LLL 318–366（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), and 0.2 M NaCl	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
7A0F The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C22U/C39U) at 2.7 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 HHH 367–625（259 aa）链 LLL 318–366（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.3 M NaCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.253

共 30 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 4, 5
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 L； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 H； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625 作者链 K； PDB构建体 1–150； UniProt 367–516 作者链 M； PDB构建体 1–109； UniProt 517–625

FIBRINOPEPTIDE A-ALPHA

物种未注明

UniProt P02671

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 20–42	片段：RESIDUES 1 - 23 突变：F308Y	EPSILON THROMBIN × 1 （P00735） ALPHA THROMBIN × 1 （P00735）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 20–42	片段：RESIDUES 1 - 23 突变：F308Y	EPSILON THROMBIN × 1 （P00735） EPSILON THROMBIN × 1 （P00735） EPSILON THROMBIN × 1 （P00735）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1YCP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 26–35（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 26–35（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 26–35（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 26–35（10 aa）链 I 26–35（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1FZA CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN FRAGMENT D 提交 1997-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: X, Y, Z -X, Y+1/2, -Z	分辨率 2.90 Å R-free 0.363
1FZB CRYSTAL STRUCTURE OF CROSSLINKED FRAGMENT D 提交 1997-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 130–216（87 aa）片段：DOUBLE FRAGMENT D 链 D 130–216（87 aa）片段：DOUBLE FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13-14% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 10 MM CALCIUM CHLORIDE 1MM SODIUM AZIDE 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE	分辨率 2.90 Å R-free 0.318
1FZC CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH TWO DIFFERENT BOUND LIGANDS 提交 1998-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：DOUBLE-D 链 D 130–216（87 aa）片段：DOUBLE-D	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；12% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 1MM SODIUM AZIDE, 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE, 5MM GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE	分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1FZD STRUCTURE OF RECOMBINANT ALPHAEC DOMAIN FROM HUMAN FIBRINOGEN-420 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 B 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 C 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 D 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 20% PEG 3350, 0.15 M CACL2, 0.1M IMIDAZOLE- ACETATE PH 5.5 0.002 M SODIUM AZIDE, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1FZD STRUCTURE OF RECOMBINANT ALPHAEC DOMAIN FROM HUMAN FIBRINOGEN-420 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 F 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 G 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN 链 H 666–866（201 aa）片段：ALPHA-EC DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 20% PEG 3350, 0.15 M CACL2, 0.1M IMIDAZOLE- ACETATE PH 5.5 0.002 M SODIUM AZIDE, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1FZF CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1998-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.302
1FZG CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT D FROM HUMAN FIBRINOGEN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1999-01-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT DOUBLE-D	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D (residues 126-191)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D (residues 126-191)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D (residues 126-191)	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D (residues 126-191)	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
1N86 Crystal structure of human D-dimer from cross-linked fibrin complexed with GPR and GHRPLDK peptide ligands. 提交 2002-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：DOUBLE-D ALPHA CHAIN 链 D 130–216（87 aa）片段：DOUBLE-D ALPHA CHAIN 链 G 36–38（3 aa）片段：sequence database residues 36-38 链 H 36–38（3 aa）片段：sequence database residues 36-38	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Tris buffer. 10 mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.289
1N8E Fragment Double-D from Human Fibrin 提交 2002-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 130–218（89 aa）片段：double-D alpha chain 链 D 130–218（89 aa）片段：double-D alpha chain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 4.50 Å R-free 0.416
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.263
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.271
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.286
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.281
1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.281
2A45 Crystal structure of the complex between thrombin and the central "E" region of fibrin 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 36–92（57 aa）片段：UNP P02671, residues 36-92 链 J 36–92（57 aa）片段：UNP P02671, residues 36-92	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.9；298 K；PEG 3500, AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 7.90, MICRODIALYSIS, temperature 298K	分辨率 3.65 Å R-free 0.290
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.89 Å R-free 0.268
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.307
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.347
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.360
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Residues 126-191	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Residues 126-191	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.256
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 130–216（87 aa）片段：UNP residues 130-216	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 130–216（87 aa）片段：UNP residues 130-216	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0, 5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide. Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2XNX BC1 fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216 链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216 链 G 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216 链 J 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE WITH SEEDS GROWN IN 0.6 M K2/NA2 PO4, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, PH 7.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.325
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.	分辨率 7.50 Å R-free 0.408
2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 130–216（87 aa）片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.	分辨率 7.50 Å R-free 0.408
2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 130–216（87 aa）片段：residues in database 130-218 链 D 130–216（87 aa）片段：residues in database 130-218	未记录	CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 130–216（87 aa）片段：residues in database 130-218	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 130–216（87 aa）片段：residues in database 130-218	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3AT0 Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions 提交 2010-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 332–347（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.207
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 148–209（62 aa）片段：residues 148-209	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 148–209（62 aa）片段：residues 148-209	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 130–216（87 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 20–581（562 aa）片段：mature chain 链 D 20–581（562 aa）片段：mature chain	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 20–581（562 aa）片段：mature chain 链 J 20–581（562 aa）片段：mature chain	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.309
3H32 Crystal structure of D-dimer from human fibrin complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2009-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 20–216（197 aa）片段：UNP residues 20-216 链 D 20–216（197 aa）片段：UNP residues 20-216	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Equal volumes of (a) 5 mg/mL D-dimer, 0.5 mM GHRPYam, 0.3 mM GPRPam, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0 and (b) 1% PEG 3350, 1 mM Iodoacetamide, 1 mM CaCl2, 2mM Sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.60 Å R-free 0.320
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 145–210（66 aa）片段：Fragment D: UNP residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.04 Å R-free 0.288
3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 145–210（66 aa）片段：Fragment D: UNP residues 145-210	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.04 Å R-free 0.288
4F27 Crystal structures reveal the multi-ligand binding mechanism of the Staphylococcus aureus ClfB 提交 2012-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 336–347（12 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate, 20% 2-propanol, 20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.92 Å R-free 0.226
5CFA Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand 提交 2015-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 580–594（15 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000 protein concentration was 30mg/ml	分辨率 1.45 Å R-free 0.212
5CFA Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand 提交 2015-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 580–594（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000 protein concentration was 30mg/ml	分辨率 1.45 Å R-free 0.212

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–23； UniProt 20–42 作者链 N； PDB构建体 1–23； UniProt 20–42

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ycp
沉积日期 deposition_date	1997-05-01
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16
关键词 keywords	FIBRINOPEPTIDE-A, COMPLEX (SERINE PROTEASE-PEPTIDE), THROMBIN, HYDROLASE-HYDROLASE SUBSTRATE COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE SUBSTRATE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.34 Å
零角强度 I(0) i0	67160500.00
分子量 molecular_weight	64890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81600 Å³
包络体积 envelope_volume	99806 Å³
水化壳体积 shell_volume	29442 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.37 Å
包络 Rg envelope_rg	28.13 Å
形状 Rg shape_rg	28.34 Å
总 Rg total_rg	29.06 Å
总原子数 total_atoms	4570
残基数 n_residues	488
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	67160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8782
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.791
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.869

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EPSILON THROMBIN
分子量 formula_weight	5735.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,J
原子数 atom_count	4846

TSEDHFQPFFNEKTFGAGEADCGLRPLFEKKQVQDQTEKELFESYIEGR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ALPHA THROMBIN
分子量 formula_weight	29772.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IVEGQDAEVGLSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTVDDLLVRIGKHSRTRYERKVEKISMLDKIYIHPRYNWKENLDRDIALLKLKRPIELSDYIHPVCLPDKQTAAKLLHAGFKGRVTGWGNRRETWTTSVAEVQPSVLQVVNLPLVERPVCKASTRIRITDNMFCAGYKPGEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPYNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDRLGS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FIBRINOPEPTIDE A-ALPHA
分子量 formula_weight	2349.5 kDa
突变 mutation	F308Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,N

ADSGEGDYLAEGGGVRGPRVVER

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	EPSILON THROMBIN
分子量 formula_weight	17525.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

IVEGQDAEVGLSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTVDDLLVRIGKHSRTRYERKVEKISMLDKIYIHPRYNWKENLDRDIALLKLKRPIELSDYIHPVCLPDKQTAAKLLHAGFKGRVTGWGNRRETWTT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	EPSILON THROMBIN
分子量 formula_weight	12265.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

SVAEVQPSVLQVVNLPLVERPVCKASTRIRITDNMFCAGYKPGEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPYNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDRLGS

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	276

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ycp.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1ycp.2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ycpH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1ycpH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1ycpK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1ycpM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	88.270 Å
晶胞边长 b length_b	88.270 Å
晶胞边长 c length_c	195.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/yc/1ycp/1ycp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yc/1ycp/1ycp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yc/1ycp/1ycp.dat

THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPSILON THROMBIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FIBRINOPEPTIDE A-ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)