1ytb

CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 60–239	未记录	DNA (29MER) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K	分辨率 1.80 Å R-free 0.261
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 60–239	未记录	DNA (29MER) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K	分辨率 1.80 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YTB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex 提交 2002-12-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 60–239（180 aa）片段：C-terminal core domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.95 Å R-free 0.308
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex 提交 2002-12-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 60–239（180 aa）片段：C-terminal core domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.95 Å R-free 0.308
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex 提交 2002-12-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 I 60–239（180 aa）片段：C-terminal core domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.95 Å R-free 0.308
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex 提交 2002-12-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 M 60–239（180 aa）片段：C-terminal core domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.95 Å R-free 0.308
1NH2 Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex 提交 2002-12-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 60–239（180 aa）片段：C-TERMINAL 180 RESIDUES	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
1RM1 Structure of a Yeast TFIIA/TBP/TATA-box DNA Complex 提交 2003-11-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–239（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；PEG 4000, ammonium citrate, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
1TBA SOLUTION STRUCTURE OF A TBP-TAFII230 COMPLEX: PROTEIN MIMICRY OF THE MINOR GROOVE SURFACE OF THE TATA BOX UNWOUND BY TBP, NMR, 25 STRUCTURES 提交 1998-08-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 60–239（180 aa）片段：CORE DOMAIN RESIDUES 60-249	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K	分辨率未提供
1TBP CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST TATA-BINDING PROTEIN AND MODEL FOR INTERACTION WITH DNA 提交 1993-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 61–239（179 aa）链 B 61–239（179 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1YTF YEAST TFIIA/TBP/DNA COMPLEX 提交 1996-04-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 60–239（180 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.297
4B0A The high-resolution structure of yTBP-yTAF1 identifies conserved and competing interaction surfaces in transcriptional activation 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–240（180 aa）片段：TAF1 RESIDUES 8-71, LINKER, TBP RESIDUE 61-240	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.97 Å R-free 0.223
4V1N Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric	链 O 61–240（180 aa）片段：RESIDUES 61-240	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.	分辨率 7.80 Å
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric	链 O 61–240（180 aa）片段：RESIDUES 61-240	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.	分辨率 9.70 Å
5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex 提交 2015-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric	链 Q 61–240（180 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC；pH 7.6；20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,	分辨率 6.00 Å
5FYW Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC) 提交 2016-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN - ETHANE. INSTRUMENT - FEI VITROBOT MARK IV. QUANTIFOIL R 3.5- 1 HOLEY CARBON GRIDS WERE GLOW-DISCHARGED BEFORE DEPOSITION OF 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE. GRIDS WERE THEN BLOTTED FOR 8.5 S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.	分辨率 4.35 Å
5FZ5 Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (CC) 提交 2016-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.80 Å
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.	分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric	链 j 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 15.30 Å
6CNB Yeast RNA polymerase III initial transcribing complex 提交 2018-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 R 61–240（180 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6CNC Yeast RNA polymerase III open complex 提交 2018-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 R 61–240（180 aa）	突变：C438S	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6CND Yeast RNA polymerase III natural open complex (nOC) 提交 2018-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 R 61–240（180 aa）	突变：C438S	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
6CNF Yeast RNA polymerase III elongation complex 提交 2018-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 R 61–240（180 aa）	突变：C438S	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6E16 Ternary structure of c-Myc-TBP-TAF1 提交 2018-07-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–240（180 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；291 K；20% (w/w) PEG8000, 0.2M ammonium sulfare, and 0.1M HEPES pH7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.220
6E24 Ternary structure of c-Myc-TBP-TAF1 提交 2018-07-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–240（180 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；16% W/V PEG3350 0.05M CITRIC ACID 0.05M BIS-TRIS PROPANE pH5.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
6EU0 RNA Polymerase III open pre-initiation complex (OC-PIC) 提交 2017-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 Y 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6F40 RNA Polymerase III open complex 提交 2017-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 U 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6F41 RNA Polymerase III initially transcribing complex 提交 2017-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 U 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6F42 RNA Polymerase III closed complex CC1. 提交 2017-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 U 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.50 Å
6F44 RNA Polymerase III closed complex CC2. 提交 2017-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 U 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6GYK Structure of a yeast closed complex (core CC1) 提交 2018-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.10 Å
6GYL Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist) 提交 2018-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.70 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7ML1 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC2) 提交 2021-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7Q5B Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene 提交 2021-11-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：tridecameric	链 Y 1–240（240 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
7Z0O Structure of transcription factor UAF in complex with TBP and 35S rRNA promoter DNA 提交 2022-02-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 H 1–240（240 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
8FFZ TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5S rRNA gene 提交 2022-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 H 61–240（180 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8H5B The cryo-EM structure of nuclear transport receptor Kap114p complex with yeast TATA-box binding protein 提交 2022-10-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 61–240（180 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.03 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 O 1–240（240 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 48 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBP_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 60–239 作者链 B； PDB构建体 1–180； UniProt 60–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ytb
沉积日期 deposition_date	1994-09-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.76 Å
零角强度 I(0) i0	73025600.00
分子量 molecular_weight	58204.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69128 Å³
包络体积 envelope_volume	93103 Å³
水化壳体积 shell_volume	29480 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.1 Å
壳层 Rg shell_rg	33.64 Å
包络 Rg envelope_rg	26.22 Å
形状 Rg shape_rg	26.77 Å
总 Rg total_rg	27.37 Å
总原子数 total_atoms	4026
残基数 n_residues	418
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7694
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.251
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.685; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (29MER)
分子量 formula_weight	8987.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	4539

GTATATAAAACGGGTGGCGTTTTATATAC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))
分子量 formula_weight	20120.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

SGIVPTLQNIVATVTLGCRLDLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNIVGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	513

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1ytba1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ytba2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ytbb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ytbb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ytbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ytbA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ytbB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ytbB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.770 Å
晶胞边长 b length_b	100.770 Å
晶胞边长 c length_c	66.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2610

fit	/app/data/saxs_computation/yt/1ytb/1ytb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yt/1ytb/1ytb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yt/1ytb/1ytb.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)