SAXSdb — 1zo9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zo9
沉积日期 deposition_date	2005-05-12
结构标题 title	Crystal Structure Of The Wild Type Heme Domain Of P450BM-3 with N-palmitoylmethionine
关键词 keywords	Cytochrome P-450, Wild type Heme protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.78 Å
零角强度 I(0) i0	174891000.00
分子量 molecular_weight	107990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136180 Å³
包络体积 envelope_volume	163410 Å³
水化壳体积 shell_volume	43241 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.79 Å
包络 Rg envelope_rg	30.76 Å
形状 Rg shape_rg	30.78 Å
总 Rg total_rg	31.43 Å
总原子数 total_atoms	7598
残基数 n_residues	916
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	174900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8985
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.275
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.903

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional P-450:NADPH-P450 reductase
分子量 formula_weight	53898.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8853

GAMTIKEMPQPKTFGELKNLPLLNTDKPVQALMKIADELGEIFKFEAPGRVTRYLSSQRLIKEACDESRFDKNLSQALKFVRDFAGDGLFTSWTHEKNWKKAHNILLPSFSQQAMKGYHAMMVDIAVQLVQKWERLNADEHIEVPEDMTRLTLDTIGLCGFNYRFNSFYRDQPHPFITSMVRALDEAMNKLQRANPDDPAYDENKRQFQEDIKVMNDLVDKIIADRKASGEQSDDLLTHMLNGKDPETGEPLDDENIRYQIITFLIAGHETTSGLLSFALYFLVKNPHVLQKAAEEAARVLVDPVPSYKQVKQLKYVGMVLNEALRLWPTAPAFSLYAKEDTVLGGEYPLEKGDELMVLIPQLHRDKTIWGDDVEEFRPERFENPSAIPQHAFKPFGNGQRACIGQQFALHEATLVLGMMLKHFDFEDHTNYELDIKETLTLKPEGFVVKAKSKKIPLGGIPSPSTEQSAKKV

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus megaterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1404
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-PALMITOYL-L-METHIONINE
分子量 formula_weight	387.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1072

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1zo9a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	d1zo9b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1zo9A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	1zo9B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.039 Å
晶胞边长 b length_b	147.807 Å
晶胞边长 c length_c	63.604 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.600 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1640
R_free r_free	0.1990

fit	/app/data/saxs_computation/zo/1zo9/1zo9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zo/1zo9/1zo9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zo/1zo9/1zo9.dat

Crystal Structure Of The Wild Type Heme Domain Of P450BM-3 with N-palmitoylmethionine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution