2den

Solution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin

Method: SOLUTION NMR D_max: 51.3 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 229–282	片段：UBA domain,UBA domain 突变：I12A	Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成：1mM HGB1-UBA \| 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH6.5 NMR样品组成：1mM Ubiquitin \| 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH6.5	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2DEN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EM7 HELIX VARIANT OF THE B1 DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL PROTEIN G 提交 2000-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–244（56 aa）片段：B1 DOMAIN	突变：A24E, K28R, Q32E, N35K, D36K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；100 mM sodium acetate, 30% polyethylene glycol momomethyl Ether 2000, 200 mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
1GB1 A NOVEL, HIGHLY STABLE FOLD OF THE IMMUNOGLOBULIN BINDING DOMAIN OF STREPTOCOCCAL PROTEIN G 提交 1991-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1IGC IGG1 FAB FRAGMENT (MOPC21) COMPLEX WITH DOMAIN III OF PROTEIN G FROM STREPTOCOCCUS 提交 1994-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 293–352（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1IGD THE THIRD IGG-BINDING DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL PROTEIN G: AN ANALYSIS BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY OF THE STRUCTURE ALONE AND IN A COMPLEX WITH FAB 提交 1994-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 293–352（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.10 Å
1LE3 NMR Structure of Tryptophan Zipper 4: A Stable Beta-Hairpin Peptide Based on the C-terminal Hairpin of the B1 Domain of Protein G 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 267–282（16 aa）片段：C-terminal hairpin of the B1 domain of Protein G	突变：Y45W/F52W/V54W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 2mM trpzip4 \| 92% H2O, 8% D2O, pH 6.0, 0.1mM DSS	分辨率未提供
1MPE Ensemble of 20 structures of the tetrameric mutant of the B1 domain of streptococcal protein G 提交 2002-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 B 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 C 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 D 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282	突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.45；313 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate, 0.02% sodium azide；压力 1 NMR样品组成 3.5 mM (in monomer) U-15N,13C, 50 mM sodium phosphate buffer, 0.02% sodium azide \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.89 mM (in monomer) U-15N, 50 mM sodium phosphate buffer, 0.02% sodium azide \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3.5 mM (in monomer) U-15N,13C, 50 mM sodium phosphate buffer, 0.02% sodium azide \| 100% D2O NMR样品组成 1.4 mM (in monomer) 1:1 mixture unlabelled:U-15N,13C, 50 mM sodium phosphate buffer, 0.02% sodium azide \| 100% D2O	分辨率未提供
1MVK X-ray structure of the tetrameric mutant of the B1 domain of streptococcal protein G 提交 2002-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 B 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 C 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 D 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282	突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；PEG 8000, ammonium sulfate, sodium acetate, sodium chloride, TrisHCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
1MVK X-ray structure of the tetrameric mutant of the B1 domain of streptococcal protein G 提交 2002-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 F 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 G 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 H 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282	突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；PEG 8000, ammonium sulfate, sodium acetate, sodium chloride, TrisHCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
1MVK X-ray structure of the tetrameric mutant of the B1 domain of streptococcal protein G 提交 2002-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 J 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 K 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282 链 L 228–282（55 aa）片段：B1 domain, sequence database residues 228-282	突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F 突变：T2Q, L5V, A26F, F30V, Y33F, A34F	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；PEG 8000, ammonium sulfate, sodium acetate, sodium chloride, TrisHCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
1PGA TWO CRYSTAL STRUCTURES OF THE B1 IMMUNOGLOBULIN-BINDING DOMAIN OF STREPTOCOCCAL PROTEIN G AND COMPARISON WITH NMR 提交 1993-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.07 Å
1PGB TWO CRYSTAL STRUCTURES OF THE B1 IMMUNOGLOBULIN-BINDING DOMAIN OF STREPTOCCOCAL PROTEIN G AND COMPARISON WITH NMR 提交 1993-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.92 Å
1PGX THE 1.66 ANGSTROMS X-RAY STRUCTURE OF THE B2 IMMUNOGLOBULIN-BINDING DOMAIN OF STREPTOCOCCAL PROTEIN G AND COMPARISON TO THE NMR STRUCTURE OF THE B1 DOMAIN 提交 1992-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 284–366（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.66 Å
1PN5 NMR structure of the NALP1 Pyrin domain (PYD) 提交 2003-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）片段：Pyrin domain (PYD)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；293 K；压力 1 NMR样品组成 1mM NALP1 PYD U-15N,13C; 50mM Na / PO4 - Buffer; 50mM NaCl; 1mM CHAPS; 20mM DTT (D10); 0.02% NaN3; 0.1mM EDTA; protease inhibitor cocktail (Complete, Roche); 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1Q10 Ensemble of 40 Structures of the Dimeric Mutant of the B1 Domain of Streptococcal Protein G 提交 2003-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 228–282（55 aa）片段：B1 Domain 链 B 228–282（55 aa）片段：B1 Domain	突变：T228Q,L231V,F256V,Y259F,A260F 突变：T228Q,L231V,F256V,Y259F,A260F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.7mM (in monomer) U-15N,13C, 50mM phosphate buffer, 0.02% NaN3, 92.5% H2O, 7.5% D2O \| 92.5% H2O, 7.5% D2O NMR样品组成 0.85mM (in monomer) U-15N,13C, 0.85mM (in monomer) unlabeled, 50mM phosphate buffer (pH 5.5), 0.02 % NaN3, 92.5% H2O, 7.5% D2O \| 92.5% H2O, 7.5% D2O NMR样品组成 0.85mM (in monomer) U-15N,13C, 0.85mM (in monomer) unlabeled, 50mM phosphate buffer, 0.02% NaN3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.7mM (in monomer) unlabeled, 50mM phosphate buffer, 0.02% NaN3, 92.5% H2O, 7.5% D2O \| 92.5% H2O, 7.5% D2O NMR样品组成 1.7mM (in monomer) unlabeled, 50mM phosphate buffer, 0.02% NaN3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2CWB Solution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin 提交 2005-06-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–282（54 aa）片段：C-TERMINAL UBA DOMAIN,C-TERMINAL UBA DOMAIN	突变：I12A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM HGB1-UBA U-15N,13C; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2GB1 A NOVEL, HIGHLY STABLE FOLD OF THE IMMUNOGLOBULIN BINDING DOMAIN OF STREPTOCOCCAL PROTEIN G 提交 1991-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2IGD ANISOTROPIC STRUCTURE OF PROTEIN G IGG-BINDING DOMAIN III AT 1.1 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 293–352（60 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN-BINDING DOMAIN III	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 24-26% PEG 4000, 10MM SODIUM ACETATE AT PH 4.8 AND 0.01% SODIUM AZIDE. CELL PARAMETERS ARE NOT THOSE DETERMINED EXPERIMENTALLY. THEY WERE ADJUSTED ON THE BASIS OF THE ENGH & HUBER DICTIONARY AT THE END OF REFINEMENT. THE EXPERIMENTAL ESTIMATES WERE KNOWN TO HAVE POTENTIAL ERRORS DUE TO INACCURACIES IN THE CRYSTAL-TO-DETECTOR AND WAVELENGTH CALIBRATION., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.10 Å R-free 0.125
2IGH DETERMINATION OF THE SOLUTION STRUCTURES OF DOMAINS II AND III OF PROTEIN G FROM STREPTOCOCCUS BY 1H NMR 提交 1992-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 292–352（61 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2J52 Solution Structure of GB1 domain Protein G and low and high pressure. 提交 2006-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）片段：RESIDUES 228-282	突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.4；287 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 30.0 NMR样品组成 90%WATER/10%D2O	分辨率未提供
2J53 Solution Structure of GB1 domain Protein G and low and high pressure. 提交 2006-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）片段：RESIDUES 228-282	突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.4；287 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 2000.0 NMR样品组成 90%WATER/10%D2O	分辨率未提供
2JU6 Solid-State Protein Structure Determination with Proton-Detected Triple Resonance 3D Magic-Angle Spinning NMR Spectroscopy 提交 2007-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 228–282（55 aa）	突变：T2Q	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 5.5；281 K；压力 ambient NMR样品组成 5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] GB1, 50 % isopropyl alcohol, 25 % (4R)-2-Methylpentane-2,4-diol, 50 mM sodium phosphate, Solid Slurry \| Solid Slurry	分辨率未提供
2K0P Determination of a Protein Structure in the Solid State from NMR Chemical Shifts 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）片段：GB1	突变：T2Q	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 278 K；压力 1 NMR样品组成 10 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1, 0.5 v/v Methyl Pentane diol, 0.25 v/v Isopropanol \| 0.5 v/v Methyl Pentane diol/0.25 v/v Isopropanol	分辨率未提供
2KBT Attachment of an NMR-invisible solubility enhancement tag (INSET) using a sortase-mediated protein ligation method 提交 2008-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–282（55 aa）片段：SH3 2 domain of Proto-oncogene vav,UNP residues 228-282 of Immunoglobulin G-binding protein G	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 20 mM MES-1, 2 mM DTT-2, 150 mM NaCl-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LGI Atomic Resolution Protein Structures using NMR Chemical Shift Tensors 提交 2011-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–282（54 aa）片段：2-1 repeat region residues 229-282	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 5.5；273 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 20 mg U-2-13C-glycerol; U-100% 15N GB1 \| solid	分辨率未提供
2MBB Solution Structure of the human Polymerase iota UBM1-Ubiquitin Complex 提交 2013-07-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 229–282（54 aa）片段：UNP P06654 residues 229-282, UNP Q9UNA4 residues 516-555	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 3 mM [U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 3 mM GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2N7J Sidechain chi1 distribution in B3 domain of protein G from extensive sets of residual dipolar couplings 提交 2015-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 299–352（54 aa）片段：residues 299-352	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 2.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] wild-type GB3, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.3 mM [U-13C; U-15N] GB3-K19A/V42E/D47K, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-75% 2H] GB3-K19A/V42E/D47K, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] GB3-K19A/V42E/D47K, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB3-K4A/K19E/V42E, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB3-K4A/K19E/V42E, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-75% 2H] GB3-K4A/K19E/V42E, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 2.0 mM [U-13C; U-15N; U-2H] GB3-K4A/K19E/V42E, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] wild-type GB3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 2.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-75% 2H] GB3-K19A/V42E/D47K, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 2.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] wild-type GB3, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-13C; U-15N] GB3-K4A/K19E/V42E-CHis6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-13C; U-15N] GB3-K4A/K19E/V42E-CHis6, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-75% 2H] GB3-K4A/K19E/V42E-CHis6, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-13C; U-15N; U-2H] GB3-K4A/K19E/V42E-CHis6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.3 mM [U-13C; U-15N] GB3-K19A/V42E/D47K, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2NMQ Simultaneous determination of protein structure and dynamics using rdcs 提交 2006-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–352（55 aa）片段：protein GB3(residues 298-352)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2RMM Solution structure of GB1 A34F mutant 提交 2007-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 229–282（54 aa）链 B 229–282（54 aa）	突变：A34F 突变：A34F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 2.0mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RPV Solution Structure of GB1 with LBT probe 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 227–282（56 aa）片段：L2GB	突变：E38C	LA LANTHANUM (III) ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM [U-99% 13C; U-99% 15N] L2GB, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3MP9 Structure of Streptococcal protein G B1 domain at pH 3.0 提交 2010-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 227–282（56 aa）片段：B1 domain (UNP residues 227-282)	未记录	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；290 K；Crystals grown in 3.8M sodium formate, 8% isopropanol, 50mM sodium citrate, pH 5.5. Crystals then soaked in 3.8M sodium formate, 8% isopropanol, 50mM sodium citrate pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.20 Å R-free 0.181
3MP9 Structure of Streptococcal protein G B1 domain at pH 3.0 提交 2010-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 227–282（56 aa）片段：B1 domain (UNP residues 227-282)	未记录	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；290 K；Crystals grown in 3.8M sodium formate, 8% isopropanol, 50mM sodium citrate, pH 5.5. Crystals then soaked in 3.8M sodium formate, 8% isopropanol, 50mM sodium citrate pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.20 Å R-free 0.181
3MP9 Structure of Streptococcal protein G B1 domain at pH 3.0 提交 2010-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 227–282（56 aa）片段：B1 domain (UNP residues 227-282) 链 B 227–282（56 aa）片段：B1 domain (UNP residues 227-282)	未记录	FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；290 K；Crystals grown in 3.8M sodium formate, 8% isopropanol, 50mM sodium citrate, pH 5.5. Crystals then soaked in 3.8M sodium formate, 8% isopropanol, 50mM sodium citrate pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.20 Å R-free 0.181
6CNE Selenomethionine variant (V29SeM) of protein GB1 提交 2018-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–282（54 aa）	突变：L5Sem 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；283.15 K；47% MPD 20% IPA 25 mM sodium acetate pH 4.9 20 mg/ml protein in 25 mM sodium acetate buffer pH 5.5 Non-reducing conditions (no TCEP)	分辨率 1.20 Å R-free 0.198
6CNE Selenomethionine variant (V29SeM) of protein GB1 提交 2018-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 229–282（54 aa）	突变：L5Sem 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；283.15 K；47% MPD 20% IPA 25 mM sodium acetate pH 4.9 20 mg/ml protein in 25 mM sodium acetate buffer pH 5.5 Non-reducing conditions (no TCEP)	分辨率 1.20 Å R-free 0.198
6L91 X-ray structure of synthetic GB1 domain with the mutation K10(DVA). 提交 2019-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 227–282（56 aa）	突变：K10(DVA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1M NaCacodylate (pH 5.5), 20% PEG 4000	分辨率 1.84 Å R-free 0.186
6L9B X-ray structure of synthetic GB1 domain with mutations K10(DVA), T11A 提交 2019-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 227–282（56 aa）	突变：K10(DVA), T11A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.2M CaCl2, 0.1M sodium acetate (pH 4.6), 30% Isopropanol	分辨率 1.95 Å R-free 0.250
6L9D X-ray structure of synthetic GB1 domain with mutations K10(DVA), T11S 提交 2019-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 227–282（56 aa）	突变：K10DVA, T11S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M Sodium Cacodylate (pH 6), 20% PEG 4000	分辨率 1.73 Å R-free 0.243
6LJI X-ray structure of synthetic GB1 domain with mutations K10(DVA), T11V 提交 2019-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 227–282（56 aa）片段：GB1 domain	突变：K10(DVA), T11V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；20% PEG 4000, 0.1M MES pH 6.0	分辨率 1.84 Å R-free 0.328
6LJI X-ray structure of synthetic GB1 domain with mutations K10(DVA), T11V 提交 2019-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 227–282（56 aa）片段：GB1 domain	突变：K10(DVA), T11V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；20% PEG 4000, 0.1M MES pH 6.0	分辨率 1.84 Å R-free 0.328
6V9I cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2) 提交 2019-12-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 229–282（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20	分辨率 5.20 Å
7QTR GB1 in mammalian cells, 50 uM 提交 2022-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–282（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR样品组成 50 uM [U-13C; U-15N] B1 domain of streptococcal protein G (GB1), 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7QTS GB1 in mammalian cells, 10 uM 提交 2022-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–282（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR样品组成 10 uM [U-13C; U-15N] GB1, in-cell \| in-cell	分辨率未提供
7RXC CryoEM structure of KDELR with Legobody 提交 2021-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 295–352（58 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7RXD CryoEM structure of RBD domain of COVID-19 in complex with Legobody 提交 2021-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 295–352（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8JXR Structure of nanobody-bound DRD1_LSD complex 提交 2023-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 295–352（58 aa）	突变：E360Q,K363A,D364F,T367I,R368L	7LD (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
8JXS Structure of nanobody-bound DRD1_PF-6142 complex 提交 2023-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 295–352（58 aa）	突变：E360Q,K363A,D364F,T367I,R368L,D404E,A405H	V6X 4-[3-methyl-4-(6-methylimidazo[1,2-a]pyrazin-5-yl)phenoxy]furo[3,2-c]pyridine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8T0G Backbone Dialkylation in Peptide Hairpins: Natural Backbone Prototype 提交 2023-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 267–282（16 aa）	突变：T13A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1 NMR样品组成 2 mM GB1 C-terminal Hairpin Mutant: Ala13 variant, 50 mM sodium phosphate, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9BDT Apolipoprotein B 100 bound to LDL receptor and legobody 提交 2024-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 295–352（58 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.40 Å
9CHT Human E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 228–282（55 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
9COO Nanobody 4 bound to Apolipoprotein B 100 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 295–352（58 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9G4T Beta carbonic anhydrase CsoSCA from the Halothiobacillus neapolitanus alpha-carboxysome 提交 2024-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：monomeric	链 A 229–282（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.51 Å
9JA5 Cryo-EM structure of Tdk1-Bdf1 complex 提交 2024-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 228–282（55 aa）链 B 228–282（55 aa）链 C 228–282（55 aa）链 D 228–282（55 aa）链 E 228–282（55 aa）链 F 228–282（55 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging	分辨率 2.70 Å
9JA6 Cryo-EM structure of Tdk1 tetramer complex 提交 2024-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 228–282（55 aa）链 B 228–282（55 aa）链 C 228–282（55 aa）链 D 228–282（55 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging	分辨率 4.40 Å
9W3K GPR151-Legobody complex 提交 2025-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 295–352（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å

共 48 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPG1_STRSG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–62； UniProt 229–282

Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7

Homo sapiens

UniProt Q96S82

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 336–380	片段：UBA domain,UBA domain 突变：I12A	Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成：1mM HGB1-UBA \| 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH6.5 NMR样品组成：1mM Ubiquitin \| 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH6.5	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2DEN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CWB Solution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin 提交 2005-06-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 336–380（45 aa）片段：C-TERMINAL UBA DOMAIN,C-TERMINAL UBA DOMAIN	突变：I12A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM HGB1-UBA U-15N,13C; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

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UniProt名称	UBL7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 64–108； UniProt 336–380

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt J3QS39

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–76	未记录	Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7 × 1 （P06654,Q96S82）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成：1mM HGB1-UBA \| 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH6.5 NMR样品组成：1mM Ubiquitin \| 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH6.5	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2DEN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MBH NMR structure of EKLF(22-40)/Ubiquitin Complex 提交 2013-07-31	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20 NMR样品组成 4 mM Ubi_unl, 0.8 mM [U-100% 15N] EKLF, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 4 mM EKLF_unl, 0.8 mM [U-100% 15N] Ubiquitin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 4 mM EKLF_unl, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 4 mM Ubi_unl, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] EKLF, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3PRM Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–75（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-26% PEG 8000, 0.1 M Na cacodylate, 0.2 M Mg acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3PRM Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–75（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-26% PEG 8000, 0.1 M Na cacodylate, 0.2 M Mg acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3PRP Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–75（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-28% PEG 8000, 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 100-250 mM Mg acetate, and 2% n-Octyl- -D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
3PRP Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin 提交 2010-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–75（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；22-28% PEG 8000, 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 100-250 mM Mg acetate, and 2% n-Octyl- -D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
5TXK CRYSTAL STRUCTURE OF USP35 C450S IN COMPLEX WITH UBIQUITIN 提交 2016-11-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；296 K；0.95 M ammonium sulphate 0.1 M HEPES	分辨率 1.84 Å R-free 0.183
5YDR Structure of DNMT1 RFTS domain in complex with ubiquitin 提交 2017-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–73（73 aa）片段：UNP residues 1-73 链 D 1–73（73 aa）片段：UNP residues 1-73	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；291 K；20mM Tris-HCl, 200mM sodium acetate, 25% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
6K4I The partially disordered conformation of ubiquitin (Q41N variant) 提交 2019-05-24	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	突变：Q41N	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；278 K；离子强度（mmCIF原始值）30；压力 2500 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ubiquitin, 30 mM D D-acetate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3 mM [U-99% 15N] ubiquitin, 30 mM D D-acetate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6KOW Retracted state of S65/T66 double-phosphorylated ubiquitin 提交 2019-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760 NMR样品组成 20 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6KOX Relaxed state of S65/T66 double-phosphorylated ubiquitin 提交 2019-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760 NMR样品组成 20 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6NJG Ubiquitin Variant in Complex with Ubiquitin Interacting Motif 提交 2019-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–78（78 aa）	突变：K6Q, L8I, G10V, K11M, T12R, T14A, K48M, Q62K, K63R, E64D, T66N, H68Y, L71S, R72S, G75S, G76L, M77R, Q78A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid	分辨率 2.35 Å R-free 0.244
6NOG Poised-state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-16	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–76（76 aa）	突变：G76C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing	分辨率 3.90 Å
6O96 Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–76（76 aa）	突变：G76C	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging	分辨率 3.50 Å
6OAM Crystal Structure of ChlaDUB2 DUB domain 提交 2019-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–75（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 0.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 0.1M Cesium chloride	分辨率 2.50 Å R-free 0.306
6OAM Crystal Structure of ChlaDUB2 DUB domain 提交 2019-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–75（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 0.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 0.1M Cesium chloride	分辨率 2.50 Å R-free 0.306
6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.272
6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–76（76 aa）链 F 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000	分辨率 3.01 Å R-free 0.272
6QF8 Solution NMR ensemble for human ubiquitin at 298K compiled using the CoMAND method 提交 2019-01-09	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] human ubiquitin, 40 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6TBM Structure of SAGA bound to TBP, including Spt8 and DUB 提交 2019-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 R 1–75（75 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 20.00 Å
6UH5 Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome 提交 2019-09-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric	链 Q 1–76（76 aa）	突变：G76C	ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6XAA SARS CoV-2 PLpro in complex with ubiquitin propargylamide 提交 2020-06-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	突变：G76 replaced with propargylamide 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris chloride, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
6XQC UbKEKS 提交 2020-07-09	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] UbKEKS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] UbKEKS, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
7BBD Crystal structure of monoubiquitinated TRIM21 RING (Ub-RING) In complex with ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) and Ube2V2 提交 2020-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–74（74 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；MOPSO, Bis-Tris, PEG 4K, 1,2,6-hexanetriol, Li, Na, K	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
7BU0 Crystal structure of a OTU deubiquitinase in complex with Ub-PA 提交 2020-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–75（75 aa）链 D 1–75（75 aa）	未记录	AYE prop-2-en-1-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289.15 K；0.1M Magnesium formate dihydrate 15% w/v PEG 3350	分辨率 2.43 Å R-free 0.255
7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–76（76 aa）	突变：G76C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7NBB Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with synthetic nanobody NbSL3 提交 2021-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–72（72 aa）链 B 1–76（76 aa）链 C 1–76（76 aa）	突变：K48R K63R 突变：K48R K63R	MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277.15 K；0.1 M Bis-Tris pH 7.2 0.28 M MgCl2 21% PEG3350 0.15 M NaCl 0.05 M Tris/HCl pH 7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.212
7NBB Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with synthetic nanobody NbSL3 提交 2021-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–72（72 aa）链 F 1–76（76 aa）链 G 1–76（76 aa）	突变：K48R K63R 突变：K48R K63R	MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；277.15 K；0.1 M Bis-Tris pH 7.2 0.28 M MgCl2 21% PEG3350 0.15 M NaCl 0.05 M Tris/HCl pH 7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.212
7NPO Branched K48-K63-Ub3 提交 2021-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–72（72 aa）链 B 1–76（76 aa）链 C 1–76（76 aa）	突变：K48R K63R 突变：K48R K63R	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium acetate, 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v PEG 4000; 22 mg/ml	分辨率 2.19 Å R-free 0.284
7QO4 26S proteasome WT-Ubp6-UbVS complex in the si state (ATPases, Rpn1, Ubp6, and UbVS) 提交 2021-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 9 1–76（76 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 9 1–76（76 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 O 1–76（76 aa）	突变：G76C	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
7US1 Structure of parkin (R0RB) bound to two phospho-ubiquitin molecules 提交 2022-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–74（74 aa）链 C 1–74（74 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 20.5% PEG3350, 0.2M NaI	分辨率 2.48 Å R-free 0.258
7W3U USP34 catalytic domain in complex with UbPA 提交 2021-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–75（75 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 3350, 0.8M Magnesium chloride hexahydrate, 0.6mM Lyso PG, 1 mM Facade R-EPC	分辨率 3.13 Å R-free 0.245
7W3U USP34 catalytic domain in complex with UbPA 提交 2021-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–75（75 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 3350, 0.8M Magnesium chloride hexahydrate, 0.6mM Lyso PG, 1 mM Facade R-EPC	分辨率 3.13 Å R-free 0.245
7W3U USP34 catalytic domain in complex with UbPA 提交 2021-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–75（75 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 3350, 0.8M Magnesium chloride hexahydrate, 0.6mM Lyso PG, 1 mM Facade R-EPC	分辨率 3.13 Å R-free 0.245
7W54 Crystal structure of a bacterial OTU DUB with Ub-PA 提交 2021-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–75（75 aa）链 D 1–75（75 aa）链 E 1–75（75 aa）链 F 1–75（75 aa）	未记录	AYE prop-2-en-1-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；299 K；100 mM Magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3350, pH 8.0	分辨率 2.64 Å R-free 0.253
7YQK cryo-EM structure of gammaH2AXK15ub-H4K20me2 nucleosome bound to 53BP1 提交 2022-08-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 O 1–75（75 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
8A67 Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with matured synthetic nanobody NbSL3.3Q (3rd generation) 提交 2022-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–72（72 aa）链 B 1–76（76 aa）链 C 1–76（76 aa）	突变：K48R K63R 突变：K48R K63R	GOL GLYCEROL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；Protein concentrated to 14.5 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl. Mixed 200 nl protein with 100 nl mother liquor (0.1 M HEPES pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000). Crystals harvested and cryo-protected with Mother liquor supplemented with 30% glycerol.	分辨率 1.86 Å R-free 0.245
8A67 Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with matured synthetic nanobody NbSL3.3Q (3rd generation) 提交 2022-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–72（72 aa）链 F 1–76（76 aa）链 G 1–76（76 aa）	突变：K48R K63R 突变：K48R K63R	GOL GLYCEROL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；Protein concentrated to 14.5 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl. Mixed 200 nl protein with 100 nl mother liquor (0.1 M HEPES pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000). Crystals harvested and cryo-protected with Mother liquor supplemented with 30% glycerol.	分辨率 1.86 Å R-free 0.245
8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 O 1–76（76 aa）	突变：G76C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
8HQY Cryo-EM structure of SSX1 bound to the H2AK119Ub nucleosome at a resolution of 3.05 angstrom 提交 2022-12-14	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 U 1–74（74 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
8K6E LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–75（75 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；PEG 8000; Sodium chloride; Sodium HEPES	分辨率 2.74 Å R-free 0.245
8T2D Ubiquitin variant i53:Mutant T12Y.T14E.L67R with 53BP1 Tudor domain 提交 2023-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–74（74 aa）	突变：T12Y, T14E, L67R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M Trimethylamine N-oxide dehydrate, 13% w/v PEG MME 2000	分辨率 1.75 Å R-free 0.273
8WG5 Cryo-EM structure of USP16 bound to H2AK119Ub nucleosome 提交 2023-09-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 U 1–75（75 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9KQO cryo-EM structure of RNF20/RNF40-RAD6A-Ub in complex with H2BS112GlcNAc nucleosome 提交 2024-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 B 1–75（75 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å
9NY4 USP21 bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2025-03-26	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 U 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å

共 38 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J3QS39_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2den
沉积日期 deposition_date	2006-02-14
结构标题 title	Solution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin
关键词 keywords	A:alpha-alpha-alpha, B:beta-beta-helix-helix-beta-beta-helix-beta, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.75 Å
零角强度 I(0) i0	259672000.00
分子量 molecular_weight	134690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	168700 Å³
包络体积 envelope_volume	26085 Å³
水化壳体积 shell_volume	14172 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.44 Å
包络 Rg envelope_rg	16.08 Å
形状 Rg shape_rg	14.75 Å
总 Rg total_rg	14.93 Å
总原子数 total_atoms	19120
残基数 n_residues	1220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.3 Å
Rg (实空间) rg_real	15.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	259700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6469
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	16.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.165
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	7.7960
最高正则化参数 α highest_alpha	492800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.758; Stabil: 0.907; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.464

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7
分子量 formula_weight	11908.0 kDa
突变 mutation	I12A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	19120

MHHHHHHQYKLALNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTEGSQWQPQLQQLRDMGIQDDELSLRALQATGGDIQAALELIFAGGAP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2dena_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2denb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2denA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	2denB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

▶

fit	/app/data/saxs_computation/de/2den/2den.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/2den/2den.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/2den/2den.dat

Solution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)