2f56

Barnase cross-linked with glutaraldehyde soaked in 6M urea

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P00648

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 50–157 未记录 URE UREA × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;300 K;AMMONIUM SULFATE, HEPES BUFFER. PROTEIN 20 MG/ML, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K 分辨率 1.96 Å
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 50–157 未记录 URE UREA × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;300 K;AMMONIUM SULFATE, HEPES BUFFER. PROTEIN 20 MG/ML, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K 分辨率 1.96 Å
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 50–157 未记录 URE UREA × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;300 K;AMMONIUM SULFATE, HEPES BUFFER. PROTEIN 20 MG/ML, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K 分辨率 1.96 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 50–157 链 C; UniProt 50–157 未记录 URE UREA × 5 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;300 K;AMMONIUM SULFATE, HEPES BUFFER. PROTEIN 20 MG/ML, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K 分辨率 1.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、134 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNBR_BACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–108; UniProt 50–157 作者链 B; PDB构建体 1–108; UniProt 50–157 作者链 C; PDB构建体 1–108; UniProt 50–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2f56

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2f56
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2f56
沉积日期 deposition_date2005-11-25
结构标题 titleBarnase cross-linked with glutaraldehyde soaked in 6M urea
关键词 keywordsDENATURATION, LYSOZYME, BARNASE, CROSS-LINKED CRYSTALS, GLUTARALDEHYDE, UREA, THIOUREA, BROMOETHANOL, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.46
零角强度 I(0) i024364000.00
分子量 molecular_weight37109.0 kDa
排除体积 excluded_volume46015 ų
包络体积 envelope_volume58426 ų
水化壳体积 shell_volume20098 ų
包络直径 envelope_diameter82.2
壳层 Rg shell_rg30.95
包络 Rg envelope_rg25.11
形状 Rg shape_rg25.44
总 Rg total_rg26.15
总原子数 total_atoms2625
残基数 n_residues324
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.2
Rg (实空间) rg_real26.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real2.4360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal24360000.0000
解质量估计 total_estimate0.9066
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary34.6
偏度 Skewness skewness0.229
峰度 Kurtosis kurtosis-0.697
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4302000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.917; Smooth: 0.965

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2f56a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd2f56b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd2f56c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2f56A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id2f56B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id2f56C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)