2i4z

Crystal structure of the complex between PPARgamma and the partial agonist LT127 (ureidofibrate derivative). This structure has been obtained from crystals soaked for 6 hours.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

Homo sapiens

UniProt P37231

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 223–504 链 B; UniProt 223–504 片段:ligand binding domain (LBD), residues 223-504 DRH (2S)-2-(4-{2-[1,3-BENZOXAZOL-2-YL(HEPTYL)AMINO]ETHYL}PHENOXY)-2-METHYLBUTANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;0.8 M NaCitrate, 0.15 M Tris. Crystals of the apo-form have been soaked for 6 hours in a solution containing the ligand, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.25 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 369 个其他 PDB 条目、500 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPARG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–286; UniProt 223–504 作者链 B; PDB构建体 5–286; UniProt 223–504

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2i4z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2i4z
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2i4z
沉积日期 deposition_date2006-08-23
结构标题 titleCrystal structure of the complex between PPARgamma and the partial agonist LT127 (ureidofibrate derivative). This structure has been obtained from crystals soaked for 6 hours.
关键词 keywordsbundle of alpha-helices and a small four-stranded beta-sheet, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.70
零角强度 I(0) i056709300.00
分子量 molecular_weight62034.0 kDa
排除体积 excluded_volume79232 ų
包络体积 envelope_volume96312 ų
水化壳体积 shell_volume30992 ų
包络直径 envelope_diameter89.9
壳层 Rg shell_rg33.07
包络 Rg envelope_rg25.92
形状 Rg shape_rg25.67
总 Rg total_rg26.67
总原子数 total_atoms4365
残基数 n_residues540
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.0
Rg (实空间) rg_real26.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real5.6710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal56710000.0000
解质量估计 total_estimate0.7072
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.5
偏度 Skewness skewness0.291
峰度 Kurtosis kurtosis-0.386
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17940000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.199; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.942

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2i4za_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
结构域编号 domain_idd2i4zb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2i4zA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id2i4zB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)