2ki6

The FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure: A component in the non-classical pathway for FGF1 secretion

Method: SOLUTION NMR

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Heparin-binding growth factor 1 × 2 （P05230） Protein S100-A13 × 1 （Q99584） Protein S100-A13 × 1 （Q99584）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–128； UniProt 141–268 作者链 F； PDB构建体 1–128； UniProt 141–268

Heparin-binding growth factor 1

Homo sapiens

UniProt P05230

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Synaptotagmin-1 × 2 （P21579） Protein S100-A13 × 1 （Q99584） Protein S100-A13 × 1 （Q99584）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FGF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–133； UniProt 23–155 作者链 E； PDB构建体 1–133； UniProt 23–155

Protein S100-A13

Homo sapiens

UniProt Q99584

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Synaptotagmin-1 × 2 （P21579） Heparin-binding growth factor 1 × 2 （P05230）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S10AD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 D； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ki6
沉积日期 deposition_date	2009-04-28
结构标题 title	The FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure: A component in the non-classical pathway for FGF1 secretion
关键词 keywords	;FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex, FGF1, S100A13, C2A, Calcium, Cell junction, Cytoplasmic vesicle, Glycoprotein, Lipoprotein, Membrane, Metal-binding, Palmitate, Phosphoprotein, Synapse, Transmembrane, Acetylation, Alternative splicing, Angiogenesis, Developmental protein, Differentiation, Growth factor, Heparin-binding, Mitogen, Polymorphism, PROTEIN TRANSPORT ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ki6__assembly_1__model_4

Assembly 1 · Model 4 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ki6__assembly_1__model_4 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ki6__assembly_1__model_4 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.66 Å
Rg（电子密度）	30.72 Å
总 Rg	31.48 Å
原子数	11675
残基数	715
排除体积	104170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ki6__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`2ki6__assembly_1__model_2`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`2ki6__assembly_1__model_3`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`2ki6__assembly_1__model_4`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`2ki6__assembly_1__model_5`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`2ki6__assembly_1__model_6`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`2ki6__assembly_1__model_7`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`2ki6__assembly_1__model_8`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`2ki6__assembly_1__model_9`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`2ki6__assembly_1__model_10`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	11	`2ki6__assembly_1__model_11`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	12	`2ki6__assembly_1__model_12`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	13	`2ki6__assembly_1__model_13`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	14	`2ki6__assembly_1__model_14`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	15	`2ki6__assembly_1__model_15`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	16	`2ki6__assembly_1__model_16`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	17	`2ki6__assembly_1__model_17`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	18	`2ki6__assembly_1__model_18`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Synaptotagmin-1
分子量 formula_weight	14783.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	210150

EKLGKLQYSLDYDFQNNQLLVGIIQAAELPALDMGGTSDPYVKVFLLPDKKKKFETKVHRKTLNPVFNEQFTFKVPYSELGGKTLVMAVYDFDRFSKHDIIGEFKVPMNTVDFGHVTEEWRDLQSAEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heparin-binding growth factor 1
分子量 formula_weight	15118.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

YKKPKLLYCSNGGHFLRILPDGTVDGTRDRSDQHIQLQLSAESVGEVYIKSTETGQYLAMDTDGLLYGSQTPNEECLFLERLEENHYNTYISKKHAEKNWFVGLKKNGSCKRGPRTHYGQKAILFLPLPVSSD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein S100-A13
分子量 formula_weight	11488.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAAEPLTELEESIETVVTTFFTFARQEGRKDSLSVNEFKELVTQQLPHLLKDVGSLDEKMKSLDVNQDSELKFNEYWRLIGELAKEIRKKKDLKIRKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein S100-A13
分子量 formula_weight	11489.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAAEPLTELEESIETVVTTFFTFARQEGRKDSLSVNEFKELVTQQLPHLLKDVGSLDEKMKSLDVNQDSELKFNEYWRLIGELAKEIRKKKDLKIRKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2ki6a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d2ki6b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.1 — Cytokine
家族 Family family	b.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)

结构域编号 domain_id	d2ki6c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ki6d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ki6e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.1 — Cytokine
家族 Family family	b.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)

结构域编号 domain_id	d2ki6f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2ki6A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	2ki6B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2ki6C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2ki6D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2ki6E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2ki6F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

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The FGF1-S100A13-C2A hetero-hexameric complex structure: A component in the non-classical pathway for FGF1 secretion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Heparin-binding growth factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein S100-A13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ki6__assembly_1__model_4

2ki6__assembly_1__model_4 | I(q)

2ki6__assembly_1__model_4 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)