3aqd

Unliganded TRAP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription attenuation protein mtrB

Bacillus stearothermophilus

UniProt Q9X6J6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–74 链 B; UniProt 1–74 链 C; UniProt 1–74 链 D; UniProt 1–74 链 E; UniProt 1–74 链 F; UniProt 1–74 链 G; UniProt 1–74 链 H; UniProt 1–74 链 I; UniProt 1–74 链 J; UniProt 1–74 链 K; UniProt 1–74 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;25% PEG 400, 0.2M calcium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.267
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–74 链 M; UniProt 1–74 链 N; UniProt 1–74 链 O; UniProt 1–74 链 P; UniProt 1–74 链 Q; UniProt 1–74 链 R; UniProt 1–74 链 S; UniProt 1–74 链 T; UniProt 1–74 链 U; UniProt 1–74 链 V; UniProt 1–74 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;25% PEG 400, 0.2M calcium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTRB_BACST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 B; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 C; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 D; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 E; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 F; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 G; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 H; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 I; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 J; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 K; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 L; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 M; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 N; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 O; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 P; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 Q; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 R; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 S; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 T; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 U; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 V; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3aqd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3aqd
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3aqd
沉积日期 deposition_date2010-10-29
结构标题 titleUnliganded TRAP
关键词 keywords11-fold symmetric ring, Control of tryptophan synthesis, Tryptophan and Anti-TRAP, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.78
零角强度 I(0) i0355486000.00
分子量 molecular_weight150750.0 kDa
排除体积 excluded_volume188830 ų
包络体积 envelope_volume253860 ų
水化壳体积 shell_volume60625 ų
包络直径 envelope_diameter98.2
壳层 Rg shell_rg42.80
包络 Rg envelope_rg31.75
形状 Rg shape_rg32.78
总 Rg total_rg33.59
总原子数 total_atoms10662
残基数 n_residues1393
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.8
Rg (实空间) rg_real34.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real3.5550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal355500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8966
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.4
偏度 Skewness skewness-0.137
峰度 Kurtosis kurtosis-0.651
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha301500000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.735

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

结构域编号 domain_id3aqdA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdI00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdK00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdM00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdN00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdO00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdP00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdQ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdR00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdS00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdT00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdU00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id3aqdV00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)