3du7

Tubulin-colchicine-phomopsin A: Stathmin-like domain complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 175.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1C chain

物种未注明

UniProt Q3ZCJ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–449 链 C; UniProt 1–449 未记录 Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Stathmin-4 × 1 (P63043) MG MAGNESIUM ION × 2 CN2 2-MERCAPTO-N-[1,2,3,10-TETRAMETHOXY-9-OXO-5,6,7,9-TETRAHYDRO-BENZO[A]HEPTALEN-7-YL]ACETAMIDE × 2 HOS Phomopsin A × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;PEG, PIPES BUFFER. The crystal of tubulin-colchicine:RB3-SLD complex was soaked with a 0.7mM Phomopsin A solution for 24 hours., pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 4.10 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1C_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 C; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q6B856

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 链 D; UniProt 1–445 未记录 Tubulin alpha-1C chain × 2 (Q3ZCJ7) Stathmin-4 × 1 (P63043) MG MAGNESIUM ION × 2 CN2 2-MERCAPTO-N-[1,2,3,10-TETRAMETHOXY-9-OXO-5,6,7,9-TETRAHYDRO-BENZO[A]HEPTALEN-7-YL]ACETAMIDE × 2 HOS Phomopsin A × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;PEG, PIPES BUFFER. The crystal of tubulin-colchicine:RB3-SLD complex was soaked with a 0.7mM Phomopsin A solution for 24 hours., pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 4.10 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 273 个其他 PDB 条目、275 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB2B_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 D; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Stathmin-4

Rattus norvegicus

UniProt P63043

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 49–189 片段:RB3 stathmin-like domain 4 Tubulin alpha-1C chain × 2 (Q3ZCJ7) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) MG MAGNESIUM ION × 2 CN2 2-MERCAPTO-N-[1,2,3,10-TETRAMETHOXY-9-OXO-5,6,7,9-TETRAHYDRO-BENZO[A]HEPTALEN-7-YL]ACETAMIDE × 2 HOS Phomopsin A × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;PEG, PIPES BUFFER. The crystal of tubulin-colchicine:RB3-SLD complex was soaked with a 0.7mM Phomopsin A solution for 24 hours., pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 4.10 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 287 个其他 PDB 条目、287 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STMN4_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 2–142; UniProt 49–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3du7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3du7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3du7
沉积日期 deposition_date2008-07-17
结构标题 titleTubulin-colchicine-phomopsin A: Stathmin-like domain complex
关键词 keywords;alpha-tubulin, beta-tubulin, colchicine, gtpase, microtubule, phomopsin A, stathmin, tubulin, GTP-binding, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, CELL CYCLE ;; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.17
零角强度 I(0) i0646690000.00
分子量 molecular_weight203000.0 kDa
排除体积 excluded_volume250350 ų
包络体积 envelope_volume331380 ų
水化壳体积 shell_volume59010 ų
包络直径 envelope_diameter190.6
壳层 Rg shell_rg46.91
包络 Rg envelope_rg52.78
形状 Rg shape_rg52.19
总 Rg total_rg51.95
总原子数 total_atoms14258
残基数 n_residues1839
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax175.8
Rg (实空间) rg_real52.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.66
I(0) (实空间) i0_real6.4670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal645500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6649
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.0
偏度 Skewness skewness0.663
峰度 Kurtosis kurtosis-0.361
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha156300000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.406; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.311; Smooth: 0.120

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3du7a1
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.10 — Microtubule complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.10.1 — Microtubule complexes
家族 Family familyi.10.1.1 — Microtubule complexes
结构域编号 domain_idd3du7b1
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.10 — Microtubule complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.10.1 — Microtubule complexes
家族 Family familyi.10.1.1 — Microtubule complexes
结构域编号 domain_idd3du7e1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.10 — Stathmin
家族 Family familya.137.10.1 — Stathmin
结构域编号 domain_idd3du7e2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)