3op0

Crystal structure of Cbl-c (Cbl-3) TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal transduction protein CBL-C

Homo sapiens

UniProt Q9ULV8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–323 片段:CBL N-terminal, UNP residues 9-323 突变:A64E 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Epidermal growth factor receptor × 1 (P00533) NA SODIUM ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277.15 K;20% Jeffamine M-600, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 2.52 Å R-free 0.266
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 9–323 片段:CBL N-terminal, UNP residues 9-323 突变:A64E 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Epidermal growth factor receptor × 1 (P00533) NA SODIUM ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277.15 K;20% Jeffamine M-600, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 2.52 Å R-free 0.266
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–323 链 B; UniProt 9–323 片段:CBL N-terminal, UNP residues 9-323 突变:A64E 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Epidermal growth factor receptor × 2 (P00533) NA SODIUM ION × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277.15 K;20% Jeffamine M-600, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 2.52 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBLC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–316; UniProt 9–323 作者链 B; PDB构建体 2–316; UniProt 9–323

Epidermal growth factor receptor

物种未注明

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1066–1076 片段:EGFR, UNP residues 1066-1076 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Signal transduction protein CBL-C × 1 (Q9ULV8) NA SODIUM ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277.15 K;20% Jeffamine M-600, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 2.52 Å R-free 0.266
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1066–1076 片段:EGFR, UNP residues 1066-1076 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Signal transduction protein CBL-C × 1 (Q9ULV8) NA SODIUM ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277.15 K;20% Jeffamine M-600, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 2.52 Å R-free 0.266
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1066–1076 链 D; UniProt 1066–1076 片段:EGFR, UNP residues 1066-1076 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Signal transduction protein CBL-C × 2 (Q9ULV8) NA SODIUM ION × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277.15 K;20% Jeffamine M-600, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 2.52 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、563 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–11; UniProt 1066–1076 作者链 D; PDB构建体 1–11; UniProt 1066–1076

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3op0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3op0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3op0
沉积日期 deposition_date2010-08-31
结构标题 titleCrystal structure of Cbl-c (Cbl-3) TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide
关键词 keywords;Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Signal transduction protein, SH3-binding protein, SIGNALING PROTEIN-SIGNALING PROTEIN REGULATOR complex ;; SIGNALING PROTEIN/SIGNALING PROTEIN REGULATOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.66
零角强度 I(0) i090706900.00
分子量 molecular_weight73437.0 kDa
排除体积 excluded_volume91442 ų
包络体积 envelope_volume113320 ų
水化壳体积 shell_volume35686 ų
包络直径 envelope_diameter85.9
壳层 Rg shell_rg33.96
包络 Rg envelope_rg25.56
形状 Rg shape_rg25.69
总 Rg total_rg26.42
总原子数 total_atoms5167
残基数 n_residues654
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.5
Rg (实空间) rg_real26.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real9.0710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal90710000.0000
解质量估计 total_estimate0.9039
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.4
偏度 Skewness skewness0.062
峰度 Kurtosis kurtosis-0.525
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26590000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3op0A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Adaptor protein Cbl, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3op0A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3op0A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id3op0B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Adaptor protein Cbl, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3op0B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3op0B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)