3p0y

anti-EGFR/HER3 Fab DL11 in complex with domain III of EGFR extracellular region

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 334–538 片段:domain III, UNP residues 334-540 Fab DL11 heavy chain × 1 Fab DL11 light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;286 K;potassium phosphate/PEG3350/sodium dextran sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K 分辨率 1.80 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、565 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–205; UniProt 334–538

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3p0y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3p0y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3p0y
沉积日期 deposition_date2010-09-29
结构标题 titleanti-EGFR/HER3 Fab DL11 in complex with domain III of EGFR extracellular region
关键词 keywordsbeta-sandwich, antigens EGFR, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.70
零角强度 I(0) i078113600.00
分子量 molecular_weight68946.0 kDa
排除体积 excluded_volume85846 ų
包络体积 envelope_volume111390 ų
水化壳体积 shell_volume31577 ų
包络直径 envelope_diameter112.0
壳层 Rg shell_rg35.99
包络 Rg envelope_rg31.87
形状 Rg shape_rg31.66
总 Rg total_rg32.21
总原子数 total_atoms4847
残基数 n_residues617
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.4
Rg (实空间) rg_real32.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real7.8110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal78100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8332
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.6
偏度 Skewness skewness0.577
峰度 Kurtosis kurtosis-0.270
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9799000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.836; Smooth: 0.810

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd3p0ya1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.5 — L domain
结构域编号 domain_idd3p0ya2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family familyg.3.9.1 — Growth factor receptor domain
结构域编号 domain_idd3p0yh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd3p0yl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3p0yl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3p0yA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology20 — 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Receptor L-domain
结构域编号 domain_id3p0yH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3p0yH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3p0yL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3p0yL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)