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3pgw

Crystal structure of human U1 snRNP

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. Protein Identity and Related Structures Protein Identity & Related Structures

U1-A

OrganismNot specified

UniProt P09012

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer
1fht 1nu4 1nu4 1oia 1oia 2a3j 2u1a 6las 6lau 6lax 6laz 6sqv

21 assemblies; showing the first 12

Homodimer
1nu4 1nu4

2 assemblies

Homotetramer

None

Other homooligomers
1nu4 1nu4 1nu4 6sqt

4 assemblies

Heteromeric or nucleic-acid complex
1aud 1drz 1dz5 1m5k 1m5k 1m5o 1m5o 1m5p 1m5p 1m5v 1m5v 1sj3

119 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name SNRPA_HUMAN
Isoform —
PDB entities 1
Chains and sequence ranges Author chain A； PDBConstruct 1–282； UniProt 1–282 Author chain P； PDBConstruct 1–282； UniProt 1–282

U1-70K

OrganismNot specified

UniProt P08621

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer
2l5i 2l5j

2 assemblies

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
3cw1 3cw1 3cw1 3cw1 3pgw 3pgw 4pjo 4pjo 4pjo 4pjo 4pkd 6qx9

16 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name RU17_HUMAN
Isoform —
PDB entities 2
Chains and sequence ranges Author chain L； PDBConstruct 1–437； UniProt 1–437 Author chain S； PDBConstruct 1–437； UniProt 1–437

Sm-D3

OrganismNot specified

UniProt P62318

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer

None

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
1d3b 1d3b 1d3b 1d3b 1d3b 1d3b 3cw1 3cw1 3cw1 3cw1 3jcr 3pgw

101 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name SMD3_HUMAN
Isoform —
PDB entities 3
Chains and sequence ranges Author chain W； PDBConstruct 1–126； UniProt 1–126 Author chain Z； PDBConstruct 1–126； UniProt 1–126

Sm B

OrganismNot specified

UniProt Q66K91

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer

None

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
3pgw 3pgw 6icz 6id0 6id1 7b0y 9qeq

7 assemblies

View Construct and Data Evidence
UniProt name Q66K91_HUMAN
Isoform —
PDB entities 4
Chains and sequence ranges Author chain B； PDBConstruct 1–231； UniProt 1–231 Author chain Q； PDBConstruct 1–231； UniProt 1–231

Sm-D1

OrganismNot specified

UniProt P62314

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer

None

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
1b34 3cw1 3cw1 3cw1 3cw1 3jcr 3pgw 3pgw 4pjo 4pjo 4pjo 4pjo

119 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name SMD1_HUMAN
Isoform —
PDB entities 5
Chains and sequence ranges Author chain U； PDBConstruct 1–119； UniProt 1–119 Author chain X； PDBConstruct 1–119； UniProt 1–119

Sm-D2

OrganismNot specified

UniProt P62316

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer

None

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
1b34 3cw1 3cw1 3cw1 3cw1 3jcr 3pgw 3pgw 4pjo 4pjo 4pjo 4pjo

117 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name SMD2_HUMAN
Isoform —
PDB entities 6
Chains and sequence ranges Author chain V； PDBConstruct 1–118； UniProt 1–118 Author chain Y； PDBConstruct 1–118； UniProt 1–118

Sm-F

OrganismNot specified

UniProt P62306

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-E × 1 （P62304） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer

None

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
3cw1 3cw1 3cw1 3cw1 3jcr 3pgw 3pgw 4pjo 4pjo 4pjo 4pjo 4v98

120 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name RUXF_HUMAN
Isoform —
PDB entities 7
Chains and sequence ranges Author chain F； PDBConstruct 1–86； UniProt 1–86 Author chain I； PDBConstruct 1–86； UniProt 1–86

Sm-E

OrganismNot specified

UniProt P62304

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm G × 1 （D6W5G6） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer

None

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
3cw1 3cw1 3cw1 3cw1 3jcr 3pgw 3pgw 4pjo 4pjo 4pjo 4pjo 4v98

120 assemblies; showing the first 12

View Construct and Data Evidence
UniProt name RUXE_HUMAN
Isoform —
PDB entities 8
Chains and sequence ranges Author chain E； PDBConstruct 1–92； UniProt 1–92 Author chain H； PDBConstruct 1–92； UniProt 1–92

Sm G

OrganismNot specified

UniProt D6W5G6

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers
2 Other combination Heteromer Protein 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 （P09012） U1-70K × 1 （P08621） Sm-D3 × 1 （P62318） Sm B × 1 （Q66K91） Sm-D1 × 1 （P62314） Sm-D2 × 1 （P62316） Sm-F × 1 （P62306） Sm-E × 1 （P62304） U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 Consistent with all polymers

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer

None

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
3pgw 3pgw

2 assemblies

View Construct and Data Evidence
UniProt name D6W5G6_HUMAN
Isoform —
PDB entities 9
Chains and sequence ranges Author chain G； PDBConstruct 1–76； UniProt 1–76 Author chain J； PDBConstruct 1–76； UniProt 1–76

The page prioritizes protein identity, the current assembly, associated components, oligomeric state and cross-PDB links. Chain mapping and sequence ranges are retained as data evidence. Internal IDs, import timestamps and assembly operation expressions are maintenance fields and are not shown here.

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2. Structure Basics 2. Structure Basics

Entry ID entry_id3pgw
Deposition date deposition_date2010-11-02
Structure title titleCrystal structure of human U1 snRNP
Keywords keywordsPROTEIN-RNA COMPLEX, U1 snRNA, Sm fold, Sm core, RRM, Splicing, mRNA, snRNPs, splicing factors, splicing-DNA-RNA complex; splicing/DNA/RNA
Experimental Method methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model SAXS Official SAXS Profiles

This page reads only the latest assembly calculations. Every curve maps to an explicit PDB entry, official biological assembly and coordinate model.

3pgw__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

Download this curve (.dat)

3pgw__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 plotted points; both axes use logarithmic scales.

3pgw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

The new assembly/model P(r) has not been calculated yet This placeholder does not display legacy data r (Angstrom) P(r)
P(r) will be calculated and displayed separately for the same assembly/model.
Rg（Guinier）44.15 Å
Rg (electron density)44.43 Å
Total Rg44.25 Å
Atom count171
Residues171
Excluded volume122380 ų
Maximum q0.500 Å⁻¹
Assembly Model Structure unit Oligomeric description Status CRYSOL Actions
1 1 3pgw__assembly_1__model_1 undecameric （11） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
2 1 3pgw__assembly_2__model_1 undecameric （11） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
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4. Crystallography and Experiment 4. Crystallography & Experiment

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5. Entities and Polymers Entities & Polymers (11)

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7. Citations (1)