3pgw

Crystal structure of human U1 snRNP

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U1-A

物种未注明

UniProt P09012

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNRPA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–282; UniProt 1–282 作者链 P; PDB构建体 1–282; UniProt 1–282

U1-70K

物种未注明

UniProt P08621

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RU17_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–437; UniProt 1–437 作者链 S; PDB构建体 1–437; UniProt 1–437

Sm-D3

物种未注明

UniProt P62318

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMD3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 W; PDB构建体 1–126; UniProt 1–126 作者链 Z; PDB构建体 1–126; UniProt 1–126

Sm B

物种未注明

UniProt Q66K91

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q66K91_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–231; UniProt 1–231 作者链 Q; PDB构建体 1–231; UniProt 1–231

Sm-D1

物种未注明

UniProt P62314

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMD1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–119; UniProt 1–119 作者链 X; PDB构建体 1–119; UniProt 1–119

Sm-D2

物种未注明

UniProt P62316

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMD2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–118; UniProt 1–118 作者链 Y; PDB构建体 1–118; UniProt 1–118

Sm-F

物种未注明

UniProt P62306

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-E × 1 (P62304) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUXF_HUMAN
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–86; UniProt 1–86 作者链 I; PDB构建体 1–86; UniProt 1–86

Sm-E

物种未注明

UniProt P62304

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm G × 1 (D6W5G6) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUXE_HUMAN
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–92; UniProt 1–92 作者链 H; PDB构建体 1–92; UniProt 1–92

Sm G

物种未注明

UniProt D6W5G6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 9 DNA 1 RNA 1 U1-A × 1 (P09012) U1-70K × 1 (P08621) Sm-D3 × 1 (P62318) Sm B × 1 (Q66K91) Sm-D1 × 1 (P62314) Sm-D2 × 1 (P62316) Sm-F × 1 (P62306) Sm-E × 1 (P62304) U1 snRNA × 1 ;DNA 5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*TP*A)-3' ; × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D6W5G6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 J; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3pgw
沉积日期 deposition_date2010-11-02
结构标题 titleCrystal structure of human U1 snRNP
关键词 keywordsPROTEIN-RNA COMPLEX, U1 snRNA, Sm fold, Sm core, RRM, Splicing, mRNA, snRNPs, splicing factors, splicing-DNA-RNA complex; splicing/DNA/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3pgw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3pgw__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3pgw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)44.28 Å
Rg(电子密度)44.59 Å
总 Rg44.39 Å
原子数171
残基数171
排除体积123210 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3pgw__assembly_1__model_1 undecameric (11) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3pgw__assembly_2__model_1 undecameric (11) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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7. 引用文献 (1)