3zry

Rotor architecture in the F(1)-c(10)-ring complex of the yeast F-ATP synthase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 （P00830） ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 （P38077） ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 1 （Q12165） ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT × 1 （E9P9X4） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 B； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 C； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P00830

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 3 （P07251） ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 （P38077） ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 1 （Q12165） ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT × 1 （E9P9X4） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPB_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511 作者链 E； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511 作者链 F； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511

ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P38077

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 3 （P07251） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 （P00830） ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 1 （Q12165） ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT × 1 （E9P9X4） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPG_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–278； UniProt 34–311

ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt Q12165

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 3 （P07251） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 （P00830） ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 （P38077） ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT × 1 （E9P9X4） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPD_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–138； UniProt 23–160

ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT

物种未注明

UniProt E9P9X4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 3 （P07251） ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 （P00830） ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 （P38077） ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 1 （Q12165） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MAGNESIUM ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	E9P9X4_YEASX
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–61； UniProt 2–62

ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P61829

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATP9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 K； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 L； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 M； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 N； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 O； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 P； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 Q； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 R； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 S； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3zry
沉积日期 deposition_date	2011-06-21
结构标题 title	Rotor architecture in the F(1)-c(10)-ring complex of the yeast F-ATP synthase
关键词 keywords	HYDROLASE, ATP-BINDING, F(1)-F(O)ATP SYNTHASE, MITOCHONDRIA, MOLECULAR MOTOR, CENTRAL STALK, MEMBRANE PROTEIN, C-RING; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3zry__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3zry__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3zry__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.74 Å
Rg（电子密度）	24.89 Å
总 Rg	26.09 Å
原子数	5206
残基数	736
排除体积	97160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3zry__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3zry__assembly_2__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	55007.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	30100

ASTKAQPTEVSSILEERIKGVSDEANLNETGRVLAVGDGIARVFGLNNIQAEELVEFSSGVKGMALNLEPGQVGIVLFGSDRLVKEGELVKRTGNIVDVPVGPGLLGRVVDALGNPIDGKGPIDAAGRSRAQVKAPGILPRRSVHEPVQTGLKAVDALVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDTILNQKRWNNGSDESKKLYCVYVAVGQKRSTVAQLVQTLEQHDAMKYSIIVAATASEAAPLQYLAPFTAASIGEWFRDNGKHALIVYDDLSKQAVAYRQLSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLSEKEGSGSLTALPVIETQGGDVSAYIPTNVISITDGQIFLEAELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQVKALKQVAGSLKLFLAQYREVAAFAQFGSDLDASTKQTLVRGERLTQLLKQNQYSPLATEEQVPLIYAGVNGHLDGIELSRIGEFESSFLSYLKSNHNELLTEIREKGELSKELLASLKSATESFVATF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	51181.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

ASAAQSTPITGKVTAVIGAIVDVHFEQSELPAILNALEIKTPQGKLVLEVAQHLGENTVRTIAMDGTEGLVRGEKVLDTGGPISVPVGRETLGRIINVIGEPIDERGPIKSKLRKPIHADPPSFAEQSTSAEILETGIKVVDLLAPYARGGKIGLFGGAGVGKTVFIQELINNIAKAHGGFSVFTGVGERTREGNDLYREMKETGVINLEGESKVALVFGQMNEPPGARARVALTGLTIAEYFRDEEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGLLQERITTTKKGSVTSVQAVYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRGISELGIYPAVDPLDSKSRLLDAAVVGQEHYDVASKVQETLQTYKSLQDIIAILGMDELSEQDKLTVERARKIQRFLSQPFAVAEVFTGIPGKLVRLKDTVASFKAVLEGKYDNIPEHAFYMVGGIEDVVAKAEKLAAEAN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	30657.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ATLKEVEMRLKSIKNIEKITKTMKIVASTRLSKAEKAKISAKKMDEAEQLFYKNAETKNLDVEATETGAPKELIVAITSDKGLCGSIHSQLAKAVRRHLNDQPNADIVTIGDKIKMQLLRTHPNNIKLSINGIGKDAPTFQESALIADKLLSVMKAGTYPKISIFYNDPVSSLSFEPSEKPIFNAKTIEQSPSFGKFEIDTDANVPRDLFEYTLANQMLTAMAQGYAAEISARRNAMDNASKNAGDMINRYSILYNRTRQAVITNELVDIITGASSLG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	14565.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

AEAAAASSGLKLQFALPHETLYSGSEVTQVNLPAKSGRIGVLANHVPTVEQLLPGVVEVMEGSNSKKFFISGGFATVQPDSQLCVTAIEAFPLESFSQENIKNLLAEAKKNVSSSDAREAAEAAIQVEVLENLQSVLK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT
分子量 formula_weight	6642.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

SAWRKAGMSYAAYLNVAAQAIRSSLKTELQTASVTNRSQTDAFYTQYKNGTAASEPTPMTK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	7762.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S

MQLVLAAKYIGAGISTIGLLGAGIGIAIVFAALINGVSRNPSIKDTVFPMAILGFALSEATGLFCLMVSFLLLFGV

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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晶胞边长 a length_a	107.690 Å
晶胞边长 b length_b	174.910 Å
晶胞边长 c length_c	164.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.500 Å
最低分辨率 resolution_low	54.625 Å
R 因子 r_factor	0.3178
R_work r_work	0.3168
R_free r_free	0.3387

Rotor architecture in the F(1)-c(10)-ring complex of the yeast F-ATP synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3zry__assembly_2__model_1

3zry__assembly_2__model_1 | I(q)

3zry__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (5)