SAXSdb — 4geq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein SPC25

Saccharomyces cerevisiae S288c

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 133–221	片段：Spc25p C-terminal domain, residues 133-221	Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore-associated protein CNN1 × 1 （P43618） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 133–221	片段：Spc25p C-terminal domain, residues 133-221	Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore-associated protein CNN1 × 1 （P43618） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4GEQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FTX Crystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–221（89 aa）片段：Spc25p globular domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；293 K；0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 10.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
2FV4 NMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–221（94 aa）片段：SPC25P GLOBULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C,85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C,85%-2H, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.	分辨率未提供
5T6J Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly 提交 2016-09-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–221（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–221（84 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0	分辨率 2.83 Å R-free 0.266
5TD8 Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex 提交 2016-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–45（45 aa）链 D 138–221（84 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0	分辨率 7.53 Å R-free 0.328
8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–221（84 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1	分辨率 3.02 Å R-free 0.271
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–220（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–31（31 aa）链 H 138–220（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
9S4Q Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 25 1–221（221 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 25 1–221（221 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–90； UniProt 133–221 作者链 C； PDB构建体 2–90； UniProt 133–221

Kinetochore protein SPC24

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q04477

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 155–213	片段：Spc24p C-terminal domain, residues 155-213	Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein CNN1 × 1 （P43618） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 155–213	片段：Spc24p C-terminal domain, residues 155-213	Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein CNN1 × 1 （P43618） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4GEQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FTX Crystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 154–213（60 aa）片段：Spc24p globular domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；293 K；0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 10.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
2FV4 NMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 138–213（76 aa）片段：SPC24P GLOBULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C,85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C,85%-2H, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.	分辨率未提供
5T6J Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly 提交 2016-09-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 155–213（59 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–213（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0	分辨率 2.83 Å R-free 0.266
5TD8 Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex 提交 2016-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–62（62 aa）链 C 162–213（52 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0	分辨率 7.53 Å R-free 0.328
8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–213（52 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1	分辨率 3.02 Å R-free 0.271
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–212（51 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–48（48 aa）链 G 162–212（51 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
9S4Q Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 24 1–213（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 24 1–213（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC24_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–60； UniProt 155–213 作者链 D； PDB构建体 2–60； UniProt 155–213

Kinetochore-associated protein CNN1

物种未注明

UniProt P43618

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 60–84	片段：Cnn1p N-terminal motif, residues 60-84	Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 60–84	片段：Cnn1p N-terminal motif, residues 60-84	Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4GEQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WUC The yeast Ctf3 complex with Cnn1-Wip1 提交 2020-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 T 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
6YPC Crystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms 提交 2020-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 T 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 T 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric	链 T 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric	链 T 1–361（361 aa）链 TT 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNN1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–25； UniProt 60–84 作者链 F； PDB构建体 1–25； UniProt 60–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4geq
沉积日期 deposition_date	2012-08-02
结构标题 title	Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface
关键词 keywords	protein-protein complex, Ndc80-binding motif, RWD domain, kinetochore components, nucleus, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.97 Å
零角强度 I(0) i0	23064300.00
分子量 molecular_weight	36778.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46202 Å³
包络体积 envelope_volume	57182 Å³
水化壳体积 shell_volume	22025 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.23 Å
包络 Rg envelope_rg	21.81 Å
形状 Rg shape_rg	21.97 Å
总 Rg total_rg	22.79 Å
总原子数 total_atoms	2594
残基数 n_residues	331
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9109
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC25
分子量 formula_weight	9889.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2750

MNDAAEVALYERLLQLRVLPGASDVHDVRFVFGDDSRCWIEVAMHGDHVIGNSHPALDPKSRATLEHVLTVQGDLAAFLVVARDMLLASL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC24
分子量 formula_weight	7903.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MANENILKLKLYRSLGVILDLENDQVLINRKNDGNIDILPLDNNLSDFYKTKYIWERLGKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein CNN1
分子量 formula_weight	2848.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

NKDPNEVRSFLQDLSQVLARKSQGN

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4geqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	457 — Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Chromosome segregation protein Spc25

结构域编号 domain_id	4geqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 —

结构域编号 domain_id	4geqC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	457 — Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Chromosome segregation protein Spc25

结构域编号 domain_id	4geqD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.142 Å
晶胞边长 b length_b	61.848 Å
晶胞边长 c length_c	139.056 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	37.090 Å
R 因子 r_factor	0.2092
R_work r_work	0.2067
R_free r_free	0.2580

fit	/app/data/saxs_computation/ge/4geq/4geq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ge/4geq/4geq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ge/4geq/4geq.dat

Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore protein SPC25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore protein SPC24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore-associated protein CNN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)