4jws

Crystal structure of Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Camphor 5-monooxygenase

Pseudomonas putida

UniProt P00183

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–415 突变:K344C, C334A, C59S, C86S, C137S, C286S Putidaredoxin × 1 (P00259) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.225
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–415 突变:K344C, C334A, C59S, C86S, C137S, C286S Putidaredoxin × 1 (P00259) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 128 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXA_PSEPU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–415; UniProt 1–415 作者链 B; PDB构建体 1–415; UniProt 1–415

Putidaredoxin

Pseudomonas putida

UniProt P00259

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–107 未记录 Camphor 5-monooxygenase × 1 (P00183) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.225
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–107 未记录 Camphor 5-monooxygenase × 1 (P00183) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 1 1N0 1,1'-hexane-1,6-diyldipyrrolidine-2,5-dione × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;298 K;0.2 M calcium acetate hydrate, 14-22% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.15 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUTX_PSEPU
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 7–112; UniProt 2–107 作者链 D; PDB构建体 7–112; UniProt 2–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4jws

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4jws
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4jws
沉积日期 deposition_date2013-03-27
结构标题 titleCrystal structure of Cytochrome P450cam-putidaredoxin complex
关键词 keywordsP450cam-Pdx complex, redox partners, OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex; OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.21
零角强度 I(0) i0202103000.00
分子量 molecular_weight113000.0 kDa
排除体积 excluded_volume140670 ų
包络体积 envelope_volume182030 ų
水化壳体积 shell_volume43959 ų
包络直径 envelope_diameter120.8
壳层 Rg shell_rg40.96
包络 Rg envelope_rg34.78
形状 Rg shape_rg35.20
总 Rg total_rg35.64
总原子数 total_atoms7923
残基数 n_residues999
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.0
Rg (实空间) rg_real35.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.08
I(0) (实空间) i0_real2.0210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.79
I(0) (倒空间) i0_reciprocal202100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8759
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.2
偏度 Skewness skewness0.361
峰度 Kurtosis kurtosis-0.560
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26330000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.838

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4jwsa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd4jwsb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd4jwsc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related
结构域编号 domain_idd4jwsd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4jwsA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4jwsB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id4jwsC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain
结构域编号 domain_id4jwsD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)