4lac

Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) and PP2A phosphatase activator (PTPA) complex with ATPgammaS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A activator

Homo sapiens

UniProt Q15257

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–358 片段:unp residues 19-358 PP2A Scaffold Subunit A, Truncated, an internal deletion of PP2A A × 1 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;298 K;0.1M MES at pH6.5 and 10-12% PEG20,000, 1mM ATPgammaS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.82 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTPA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–308; UniProt 19–358

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A activator × 1 (Q15257) PP2A Scaffold Subunit A, Truncated, an internal deletion of PP2A A × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;298 K;0.1M MES at pH6.5 and 10-12% PEG20,000, 1mM ATPgammaS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.82 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–311; UniProt 1–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4lac

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4lac
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4lac
沉积日期 deposition_date2013-06-19
结构标题 titleCrystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) and PP2A phosphatase activator (PTPA) complex with ATPgammaS
关键词 keywordsPP2A, PTPA, protein phosphatase, signaling pathway regulation, chaperone, Hydrolase-signaling protein complex; Hydrolase/signaling protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.76
零角强度 I(0) i0135033000.00
分子量 molecular_weight94408.0 kDa
排除体积 excluded_volume118810 ų
包络体积 envelope_volume143780 ų
水化壳体积 shell_volume39177 ų
包络直径 envelope_diameter109.6
壳层 Rg shell_rg37.50
包络 Rg envelope_rg31.12
形状 Rg shape_rg30.75
总 Rg total_rg31.36
总原子数 total_atoms6638
残基数 n_residues820
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.8
Rg (实空间) rg_real30.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79
I(0) (实空间) i0_real1.3500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal135000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8682
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.6
偏度 Skewness skewness0.443
峰度 Kurtosis kurtosis-0.218
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30260000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.827

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4lacb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.268 — PTPA-like
超家族 Superfamily superfamilya.268.1 — PTPA-like
家族 Family familya.268.1.1 — PTPA-like
结构域编号 domain_idd4lacc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4lacA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id4lacB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1150 — Phosphotyrosyl phosphate activator, C-terminal lid domain
结构域编号 domain_id4lacC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)