4ny3

Human PTPA in complex with peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A activator

Homo sapiens

UniProt Q15257

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–323 片段:UNP Residues 22-323 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.185
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 22–323 片段:UNP Residues 22-323 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTPA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–304; UniProt 22–323 作者链 B; PDB构建体 3–304; UniProt 22–323

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

物种未注明

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 304–309 片段:UNP Residues 304-309 Serine/threonine-protein phosphatase 2A activator × 1 (Q15257) SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.185
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 304–309 片段:UNP Residues 304-309 Serine/threonine-protein phosphatase 2A activator × 1 (Q15257) SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–6; UniProt 304–309 作者链 D; PDB构建体 1–6; UniProt 304–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ny3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ny3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ny3
沉积日期 deposition_date2013-12-10
结构标题 titleHuman PTPA in complex with peptide
关键词 keywords;PTPA, PPP2R4, REGULATORY SUBUNIT B' (PR 53), HYDROLASE ACTIVATOR, PROTEIN PHOSPHATASE 2A (PP2A) ;; HYDROLASE ACTIVATOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.92
零角强度 I(0) i076881100.00
分子量 molecular_weight71133.0 kDa
排除体积 excluded_volume89799 ų
包络体积 envelope_volume107600 ų
水化壳体积 shell_volume32812 ų
包络直径 envelope_diameter100.0
壳层 Rg shell_rg34.60
包络 Rg envelope_rg27.98
形状 Rg shape_rg27.93
总 Rg total_rg28.56
总原子数 total_atoms5010
残基数 n_residues607
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.0
Rg (实空间) rg_real28.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real7.6880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal76880000.0000
解质量估计 total_estimate0.8660
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.4
偏度 Skewness skewness0.507
峰度 Kurtosis kurtosis-0.166
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha22470000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.924

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4ny3A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1150 — Phosphotyrosyl phosphate activator, C-terminal lid domain
结构域编号 domain_id4ny3B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1150 — Phosphotyrosyl phosphate activator, C-terminal lid domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)