4r3p

Crystal structures of EGFR in complex with Mig6

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 696–1018 片段:Kinase domain (UNP residues 696-1018) 突变:L858R peptide from ERBB receptor feedback inhibitor 1 × 1 (Q9UJM3) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;40% PEG400, 0.15M Sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.90 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、565 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–323; UniProt 696–1018

peptide from ERBB receptor feedback inhibitor 1

物种未注明

UniProt Q9UJM3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 392–398 片段:segment 2 (UNP residues 392-398) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Epidermal growth factor receptor × 1 (P00533) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;40% PEG400, 0.15M Sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.90 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERRFI_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–7; UniProt 392–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4r3p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4r3p
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4r3p
沉积日期 deposition_date2014-08-17
结构标题 titleCrystal structures of EGFR in complex with Mig6
关键词 keywordsKinase, Mig6, phosphorylation, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.09
零角强度 I(0) i020834800.00
分子量 molecular_weight35641.0 kDa
排除体积 excluded_volume45043 ų
包络体积 envelope_volume54128 ų
水化壳体积 shell_volume22242 ų
包络直径 envelope_diameter68.3
壳层 Rg shell_rg26.86
包络 Rg envelope_rg20.31
形状 Rg shape_rg20.08
总 Rg total_rg21.06
总原子数 total_atoms2505
残基数 n_residues316
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.5
Rg (实空间) rg_real21.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.0830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20840000.0000
解质量估计 total_estimate0.7218
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.4
偏度 Skewness skewness0.191
峰度 Kurtosis kurtosis-0.465
角度范围 angular_range— – 0.3750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7527000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.225; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.978

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4r3pA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id4r3pA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)