5ef2

RADIATION DAMAGE TO THE TRAP-RNA COMPLEX: DOSE (DWD) 21.9 MGy

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription attenuation protein MtrB

Geobacillus stearothermophilus

UniProt Q9X6J6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–74 链 B; UniProt 1–74 链 C; UniProt 1–74 链 D; UniProt 1–74 链 E; UniProt 1–74 链 F; UniProt 1–74 链 G; UniProt 1–74 链 H; UniProt 1–74 链 I; UniProt 1–74 链 J; UniProt 1–74 链 K; UniProt 1–74 未记录 TRP TRYPTOPHAN × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293.15 K;Potassium phosphate,L-tryptophan,potassium glutamate,triethanolamine,MgCl2,monomethyl ether PEG 2000 分辨率 1.98 Å R-free 0.264
2 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 11 RNA 1 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物数一致 链 L; UniProt 1–74 链 M; UniProt 1–74 链 N; UniProt 1–74 链 O; UniProt 1–74 链 P; UniProt 1–74 链 Q; UniProt 1–74 链 R; UniProt 1–74 链 S; UniProt 1–74 链 T; UniProt 1–74 链 U; UniProt 1–74 链 V; UniProt 1–74 未记录 (GAGUU)10GAG 53-NUCLEOTIDE RNA × 1 TRP TRYPTOPHAN × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293.15 K;Potassium phosphate,L-tryptophan,potassium glutamate,triethanolamine,MgCl2,monomethyl ether PEG 2000 分辨率 1.98 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTRB_GEOSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 B; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 C; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 D; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 E; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 F; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 G; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 H; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 I; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 J; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 K; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 L; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 M; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 N; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 O; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 P; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 Q; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 R; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 S; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 T; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 U; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74 作者链 V; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ef2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ef2
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ef2
沉积日期 deposition_date2015-10-23
结构标题 titleRADIATION DAMAGE TO THE TRAP-RNA COMPLEX: DOSE (DWD) 21.9 MGy
关键词 keywordsprotein-RNA complex, radiation damage, RNA binding protein; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.63
零角强度 I(0) i0598162000.00
分子量 molecular_weight186000.0 kDa
排除体积 excluded_volume227690 ų
包络体积 envelope_volume289040 ų
水化壳体积 shell_volume65453 ų
包络直径 envelope_diameter99.6
壳层 Rg shell_rg44.65
包络 Rg envelope_rg33.54
形状 Rg shape_rg34.59
总 Rg total_rg35.38
总原子数 total_atoms13087
残基数 n_residues1565
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.4
Rg (实空间) rg_real35.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real5.9820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.7940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal598300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8958
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary51.4
偏度 Skewness skewness-0.120
峰度 Kurtosis kurtosis-0.652
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha608100000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.748

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

结构域编号 domain_id5ef2A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2F00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2G00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2H00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2I00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2J00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2K00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2L00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2M00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2N00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2O00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2P00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2Q00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2R00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2S00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2T00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2U00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like
结构域编号 domain_id5ef2V00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — TRAP-like

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)