5gxg

High-resolution crystal structure of the electron transfer complex of cytochrome p450cam with putidaredoxin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Camphor 5-monooxygenase

Pseudomonas putida

UniProt P00183

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–415 突变:K126C,R130C, C334A Putidaredoxin × 1 (P00259) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;0.1M HEPES, 0.1M Sodium Chloride, 1.6M Ammonium sulfate 分辨率 1.70 Å R-free 0.192
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–415 突变:K126C,R130C, C334A Putidaredoxin × 2 (P00259) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 SO4 SULFATE ION × 10 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;0.1M HEPES, 0.1M Sodium Chloride, 1.6M Ammonium sulfate 分辨率 1.70 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 128 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXA_PSEPU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–416; UniProt 2–415

Putidaredoxin

Pseudomonas putida

UniProt P00259

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–107 未记录 Camphor 5-monooxygenase × 1 (P00183) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;0.1M HEPES, 0.1M Sodium Chloride, 1.6M Ammonium sulfate 分辨率 1.70 Å R-free 0.192
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–107 未记录 Camphor 5-monooxygenase × 2 (P00183) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 SO4 SULFATE ION × 10 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;0.1M HEPES, 0.1M Sodium Chloride, 1.6M Ammonium sulfate 分辨率 1.70 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUTX_PSEPU
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–108; UniProt 2–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5gxg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5gxg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gxg
沉积日期 deposition_date2016-09-17
结构标题 titleHigh-resolution crystal structure of the electron transfer complex of cytochrome p450cam with putidaredoxin
关键词 keywordsinter-protein electron transfer, oxidoreductase-electron transport complex; OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.06
零角强度 I(0) i058568800.00
分子量 molecular_weight57974.0 kDa
排除体积 excluded_volume71777 ų
包络体积 envelope_volume83732 ų
水化壳体积 shell_volume29483 ų
包络直径 envelope_diameter71.8
壳层 Rg shell_rg30.80
包络 Rg envelope_rg23.23
形状 Rg shape_rg23.08
总 Rg total_rg23.82
总原子数 total_atoms4050
残基数 n_residues507
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.2
Rg (实空间) rg_real24.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real5.8570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58570000.0000
解质量估计 total_estimate0.9115
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.9
偏度 Skewness skewness0.088
峰度 Kurtosis kurtosis-0.567
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11020000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.979

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5gxga_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd5gxgb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5gxgA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id5gxgB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)