SAXSdb — 5h7d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Zpa963,Calmodulin × 4 （O16305） CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Zpa963,Calmodulin × 4 （O16305） CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPA_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 452–499； UniProt 220–267 作者链 B； PDB构建体 452–499； UniProt 220–267 作者链 C； PDB构建体 452–499； UniProt 220–267 作者链 D； PDB构建体 452–499； UniProt 220–267 作者链 I； PDB构建体 452–499； UniProt 220–267 作者链 J； PDB构建体 452–499； UniProt 220–267 作者链 M； PDB构建体 452–499； UniProt 220–267 作者链 N； PDB构建体 452–499； UniProt 220–267

Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A

Staphylococcus aureus

UniProt P42588

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Zpa963,Calmodulin × 4 （O16305） CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Zpa963,Calmodulin × 4 （O16305） CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAT_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–451； UniProt 7–453 作者链 B； PDB构建体 5–451； UniProt 7–453 作者链 C； PDB构建体 5–451； UniProt 7–453 作者链 D； PDB构建体 5–451； UniProt 7–453 作者链 I； PDB构建体 5–451； UniProt 7–453 作者链 J； PDB构建体 5–451； UniProt 7–453 作者链 M； PDB构建体 5–451； UniProt 7–453 作者链 N； PDB构建体 5–451； UniProt 7–453

Zpa963,Calmodulin

Caenorhabditis elegans

UniProt O16305

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A × 4 （P38507,P42588） CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A × 4 （P38507,P42588） CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 58–120； UniProt 13–75 作者链 F； PDB构建体 58–120； UniProt 13–75 作者链 G； PDB构建体 58–120； UniProt 13–75 作者链 H； PDB构建体 58–120； UniProt 13–75 作者链 K； PDB构建体 58–120； UniProt 13–75 作者链 L； PDB构建体 58–120； UniProt 13–75 作者链 O； PDB构建体 58–120； UniProt 13–75 作者链 P； PDB构建体 58–120； UniProt 13–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5h7d
沉积日期 deposition_date	2016-11-17
结构标题 title	Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex
关键词 keywords	synthetic protein, TRANSFERASE, IMMUNE SYSTEM-METAL BINDING PROTEIN complex; TRANSFERASE, IMMUNE SYSTEM/METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5h7d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5h7d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5h7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.14 Å
Rg（电子密度）	48.50 Å
总 Rg	48.75 Å
原子数	18566
残基数	2430
排除体积	331700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5h7d__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5h7d__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A
分子量 formula_weight	54225.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.6.1.82
突变 mutation	N222V, G240A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,I,J,M,N
原子数 atom_count	37132

GSHMSASALACSAHALNLIEKRTLDHEEMKALNREVIEYFKEHVNPGFLEYRKSVTAGGDYGAVEWQAGSLNTLVDTQGQEFIDCLGGFGIFNVGHRNPVVVSAVQNQLAKQPLHSQELLDPLRAMLAKTLAALTPGKLKYSFFCNSGTESVEAALKLAKAYQSPRGKFTFIATSGAFHGKSLGALSATAKSTFRKPFMPLLPGFRHVPFGNIEAMRTALNECKKTGDDVAAVILEPIQGEGGVILPPPGYLTAVRKLCDEFGALMILDEVQTGMGRTGKMFACEHENVQPDILCLAKALGGGVMPIGATIATEEVFSVLFDNPFLHTTTFGGNPLACAAALATINVLLEQNLPAQAEQKGDMLLDGFRQLAREYPDLVQEARGKGMLMAIEFVDNEIGYNFASEMFRQRVLVAGTLNNAKTIRIEPPLTLTIEQCELVIKAARKALAAMRQQVAFYEILHLPNLNEEQRNAFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Zpa963,Calmodulin
分子量 formula_weight	13255.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,K,L,O,P

GSHMKFNKETQEASWEIFTLPNLNGRQVAAFISSLLDDPSQSANLLAEAKKLNQIQAFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMAR

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

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晶胞边长 a length_a	79.489 Å
晶胞边长 b length_b	155.376 Å
晶胞边长 c length_c	155.491 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.84 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.56 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2075
R_work r_work	0.2038
R_free r_free	0.2409

Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Zpa963,Calmodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5h7d__assembly_1__model_1

5h7d__assembly_1__model_1 | I(q)

5h7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putrescine aminotransferase,Immunoglobulin G-binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Zpa963,Calmodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5h7d__assembly_1__model_1

5h7d__assembly_1__model_1 | I(q)

5h7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)