5kz9

Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Virus Matrix Protein

Rous sarcoma virus (strain Prague C)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–155	片段：UNP residues 1-155	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.3；293 K；2.60 M Ammonium formate, 0.20 M Beta-Alanine/KOH pH 10.3	分辨率 2.85 Å R-free 0.239
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–155	片段：UNP residues 1-155	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.3；293 K；2.60 M Ammonium formate, 0.20 M Beta-Alanine/KOH pH 10.3	分辨率 2.85 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KZ9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A5V ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 AND MN CATION 提交 1998-02-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA HEPES, PH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
1A5V ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 AND MN CATION 提交 1998-02-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA HEPES, PH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
1A5W ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 提交 1998-02-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
1A5X ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 提交 1998-02-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M HEPES, PH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
1ASU AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE CATALYTIC CORE DOMAIN CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 400, 2M AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5 提交 1995-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）	突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209)	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.188
1ASV Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain 提交 1995-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）	突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
1ASW AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE CATALYTIC CORE DOMAIN CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, HEPES PH 7.5 USING SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED PROTEIN; DATA COLLECTED AT-165 DEGREES C 提交 1995-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）	突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
1C0M CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286 链 B 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286	突变：F199K 突变：F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD；pH 7；277 K；PLATE-SHAPED CRYSTALS WERE INFREQUENTLY GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M MGCL2, 0.05M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 10% PEG 3350, and 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN (10-15 MG/ML), HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.279
1C0M CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286 链 D 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286	突变：F199K 突变：F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD；pH 7；277 K；PLATE-SHAPED CRYSTALS WERE INFREQUENTLY GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M MGCL2, 0.05M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 10% PEG 3350, and 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN (10-15 MG/ML), HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.279
1C1A CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286 链 B 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286	突变：F199K 突变：F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 ROD-SHAPED CRYSTALS WERE GROWN BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M MGCL2, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 0.02M IMIDAZOLE, PH 7.2, 10% PEG3350, AND 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN (10-15 MG/ML)	分辨率 3.10 Å R-free 0.337
1CXQ ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM AMMONIUM SULFATE 提交 1999-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209)	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2% Peg 400, 2M Ammonium Sulfate, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.02 Å R-free 0.157
1CXU 1.42A RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM CITRATE 提交 1999-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209)	CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM CITRATE, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.42 Å R-free 0.221
1CZ9 ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN (D64N) FROM CITRATE 提交 1999-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：D64N, INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209)	SO4 SULFATE ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM CITRATE PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.150
1CZB ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM HEPES 提交 1999-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209)	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.06 Å R-free 0.164
1VSD ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MG(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, HIGH MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 616–771（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5 THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MILLI-MOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE THEN SOAKED IN 500 MILLI-MOLAR MGCL2.	分辨率 1.70 Å R-free 0.191
1VSE ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MG(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, LOW MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5 THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MILLIMOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE THEN SOAKED IN 20 MILLIMOLAR MGCL2.	分辨率 2.20 Å R-free 0.201
1VSF ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MN(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, HIGH MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5 THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MILLIMOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE THEN SOAKED IN 10 MILLIMOLAR MNCL2.	分辨率 2.05 Å R-free 0.189
1VSH ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH ZN(II) COFACTORS 提交 1997-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM ZNCL2.	分辨率 1.95 Å
1VSI ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH CA(II) COFACTOR 提交 1997-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM CACL2.	分辨率 2.20 Å
1VSJ ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH CD(II) COFACTORS 提交 1997-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, N10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM CDCL2.	分辨率 2.10 Å
1VSK ASV INTEGRASE CORE DOMAIN D64N MUTATION IN CITRATE BUFFER PH 6.0 提交 1998-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：D64N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1VSL ASV INTEGRASE CORE DOMAIN D64N MUTATION WITH ZINC CATION 提交 1998-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：D64N	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
1VSM ASV INTEGRASE CORE DOMAIN IN CITRATE BUFFER PH 5.0 提交 1998-09-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.0, pH 5.6	分辨率 2.15 Å R-free 0.238
3TIR Pseudo-atomic model of the Rous Sarcoma Virus capsid hexamer 提交 2011-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 240–465（226 aa）片段：UNP resides 240-465	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.3；291.15 K；2-7 %(w/v) PEG 8000 0.2M CAPS/KOH, pH 10.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 4.10 Å R-free 0.391
4FW1 Crystal structure of two-domain RSV INTEGRASE covalently linked with DNA 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1329–1550（222 aa）片段：UNP residues 1329-1580 链 B 1329–1550（222 aa）片段：UNP residues 1329-1580	突变：S124D, C125A, E157C, R166K, F199K 突变：S124D, C125A, E157C, R166K, F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5% Ethanol, 10% PEG4,000, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.86 Å R-free 0.222
4FW2 Crystal structure of RSV three-domain integrase with disordered N-terminal domain 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 1281-1550 链 B 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 1281-1550	突变：C23S, R166K, F199K 突变：C23S, R166K, F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% ethanol, 100 mM imidazole-HCl, and 5% PEG4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.244
5EJK Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 B 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 C 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 D 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 E 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 F 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 G 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 H 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842	突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 W TUNGSTEN ION × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Sodium formate	分辨率 3.80 Å R-free 0.294
5KZA Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I41 提交 2016-07-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–102（101 aa）片段：UNP residues 2-102	未记录	NO3 NITRATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；18%(w/v) PEG 8000, 0.2 M Succinic acid/KOH pH 5.5, 1.0 M Ammonium nitrate	分辨率 1.86 Å R-free 0.210
5KZA Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I41 提交 2016-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–102（101 aa）片段：UNP residues 2-102	未记录	NO3 NITRATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；18%(w/v) PEG 8000, 0.2 M Succinic acid/KOH pH 5.5, 1.0 M Ammonium nitrate	分辨率 1.86 Å R-free 0.210
5KZB Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I4122 提交 2016-07-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–102（101 aa）片段：UNP residues 2-102	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；291.15 K；0.6 M Malonic acid /KOH pH 9.1, 0.1 M Boric acid /KOH pH 9.1	分辨率 3.20 Å R-free 0.249
5KZB Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I4122 提交 2016-07-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–102（101 aa）片段：UNP residues 2-102	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；291.15 K；0.6 M Malonic acid /KOH pH 9.1, 0.1 M Boric acid /KOH pH 9.1	分辨率 3.20 Å R-free 0.249
6CCJ NMR structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M domain) 提交 2018-02-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–87（86 aa）	突变：M1S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] RSV MA, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 .5 mM [U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 M TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6CE5 NMR structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in the presence of myo-inositol hexakisphosphate 提交 2018-02-11	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：M1S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM tcep, 2 mM IP6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM tcep, 2 mM IP6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6CUS HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with myo-inositol hexakisphosphate 提交 2018-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：M1S	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 500 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 2 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-98% 13C] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 2 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6CV8 HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with inositol 1,4,5-trisphosphate 提交 2018-03-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：M1S	I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 100 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 1.6 mM D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6CW4 HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with inositol 1,3,5-trisphosphate 提交 2018-03-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：residues 1-87	突变：M1S	FGV (1R,2S,3r,4R,5S,6s)-2,4,6-trihydroxycyclohexane-1,3,5-triyl tris[dihydrogen (phosphate)] × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 100 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 1.6 mM IP3, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7JN3 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048 提交 2020-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 B 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 C 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 D 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 E 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 F 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 G 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 H 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558	未记录	ZN ZINC ION × 2 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
7KU7 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. Cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC. 提交 2020-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1281–1558（278 aa）链 B 1281–1558（278 aa）链 C 1281–1558（278 aa）链 D 1281–1558（278 aa）链 E 1281–1558（278 aa）链 F 1281–1558（278 aa）链 G 1281–1558（278 aa）链 H 1281–1558（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7KUI Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC. 提交 2020-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1281–1558（278 aa）链 B 1281–1558（278 aa）链 C 1281–1558（278 aa）链 D 1281–1558（278 aa）链 E 1281–1558（278 aa）链 F 1281–1558（278 aa）链 G 1281–1558（278 aa）链 H 1281–1558（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E14 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus strand transfer complex 提交 2022-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 B 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 C 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 D 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 E 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 F 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 G 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 H 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å

共 36 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_RSVP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kz9
沉积日期 deposition_date	2016-07-24
结构标题 title	Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein.
关键词 keywords	Viral Protein; Matrix Protein; Membrane Associated Protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.07 Å
零角强度 I(0) i0	2340940.00
分子量 molecular_weight	10832.0 kDa
排除体积 excluded_volume	13765 Å³
包络体积 envelope_volume	16565 Å³
水化壳体积 shell_volume	10585 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.3 Å
壳层 Rg shell_rg	19.04 Å
包络 Rg envelope_rg	14.50 Å
形状 Rg shape_rg	14.04 Å
总 Rg total_rg	15.31 Å
总原子数 total_atoms	757
残基数 n_residues	102
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3410e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8770e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2341000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8364
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.343
峰度 Kurtosis kurtosis	0.055
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	268500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.639; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.994

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5kz9a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.61 — Retroviral matrix proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.61.1 — Retroviral matrix proteins
家族 Family family	a.61.1.4 — GAG polyprotein M-domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	66.200 Å
晶胞边长 b length_b	66.200 Å
晶胞边长 c length_c	218.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	49.000 Å
R 因子 r_factor	0.1976
R_work r_work	0.1953
R_free r_free	0.2386

描述 description	Virus Matrix Protein
分子量 formula_weight	17625.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	773

Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Virus Matrix Protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Rous sarcoma virus (strain Prague C)
通用名 common_name	RSV-PrC
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11888
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

fit	/app/data/saxs_computation/kz/5kz9/5kz9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kz/5kz9/5kz9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kz/5kz9/5kz9.dat