5tb2

Structure of rabbit RyR1 (EGTA-only dataset, class 2)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 271.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B

Homo sapiens

UniProt P68106

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–108 链 F; UniProt 1–108 链 H; UniProt 1–108 链 J; UniProt 1–108 未记录 Ryanodine receptor 1 × 4 (P11716) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blotted for 3-4 seconds on both sides with Whatman ashless filter paper, blot force 3, wait time 30 seconds 分辨率 4.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、119 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKB1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 F; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 H; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 J; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108

Ryanodine receptor 1

物种未注明

UniProt P11716

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 4541–5037 链 B; UniProt 12–1275 链 B; UniProt 1573–2479 链 B; UniProt 2734–2939 链 B; UniProt 3639–4253 链 E; UniProt 4541–5037 链 E; UniProt 12–1275 链 E; UniProt 1573–2479 链 E; UniProt 2734–2939 链 E; UniProt 3639–4253 链 G; UniProt 4541–5037 链 G; UniProt 12–1275 链 G; UniProt 1573–2479 链 G; UniProt 2734–2939 链 G; UniProt 3639–4253 链 I; UniProt 4541–5037 链 I; UniProt 12–1275 链 I; UniProt 1573–2479 链 I; UniProt 2734–2939 链 I; UniProt 3639–4253 未记录 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B × 4 (P68106) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blotted for 3-4 seconds on both sides with Whatman ashless filter paper, blot force 3, wait time 30 seconds 分辨率 4.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、135 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RYR1_RABIT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3920–4416; UniProt 4541–5037 作者链 B; PDB构建体 1–1264; UniProt 12–1275 作者链 B; PDB构建体 1422–2328; UniProt 1573–2479 作者链 B; PDB构建体 2546–2751; UniProt 2734–2939 作者链 B; PDB构建体 3278–3892; UniProt 3639–4253 作者链 E; PDB构建体 3920–4416; UniProt 4541–5037 作者链 E; PDB构建体 1–1264; UniProt 12–1275 作者链 E; PDB构建体 1422–2328; UniProt 1573–2479 作者链 E; PDB构建体 2546–2751; UniProt 2734–2939 作者链 E; PDB构建体 3278–3892; UniProt 3639–4253 作者链 G; PDB构建体 3920–4416; UniProt 4541–5037 作者链 G; PDB构建体 1–1264; UniProt 12–1275 作者链 G; PDB构建体 1422–2328; UniProt 1573–2479 作者链 G; PDB构建体 2546–2751; UniProt 2734–2939 作者链 G; PDB构建体 3278–3892; UniProt 3639–4253 作者链 I; PDB构建体 3920–4416; UniProt 4541–5037 作者链 I; PDB构建体 1–1264; UniProt 12–1275 作者链 I; PDB构建体 1422–2328; UniProt 1573–2479 作者链 I; PDB构建体 2546–2751; UniProt 2734–2939 作者链 I; PDB构建体 3278–3892; UniProt 3639–4253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5tb2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5tb2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5tb2
沉积日期 deposition_date2016-09-11
结构标题 titleStructure of rabbit RyR1 (EGTA-only dataset, class 2)
关键词 keywordsRyR, Ca2+, EC coupling, gating, TRANSPORT PROTEIN-ISOMERASE complex; TRANSPORT PROTEIN/ISOMERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron103.10
零角强度 I(0) i042270900000.00
分子量 molecular_weight1718300.0 kDa
排除体积 excluded_volume2130600 ų
包络体积 envelope_volume4646900 ų
水化壳体积 shell_volume364460 ų
包络直径 envelope_diameter375.0
壳层 Rg shell_rg104.20
包络 Rg envelope_rg101.10
形状 Rg shape_rg103.30
总 Rg total_rg102.50
总原子数 total_atoms121272
残基数 n_residues17204
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax271.5
Rg (实空间) rg_real99.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real4.0340e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7420e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal104.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42270000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9101
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary126.7
偏度 Skewness skewness0.138
峰度 Kurtosis kurtosis-0.653
角度范围 angular_range— – 0.0750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.8496
最高正则化参数 α highest_alpha5226000000.0000
实空间数据点数 n_real_points16
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.999; Stabil: 0.961; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)