5wb8

Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region in complex with epigen

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–525 未记录 Epigen × 1 (Q6UW88) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;294 K;0.1 magnesium formate, 15% PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.312
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–525 未记录 Epigen × 1 (Q6UW88) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;294 K;0.1 magnesium formate, 15% PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、564 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform P00533-4
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–501; UniProt 25–525 作者链 D; PDB构建体 1–501; UniProt 25–525

Epigen

Homo sapiens

UniProt Q6UW88

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 49–108 未记录 Epidermal growth factor receptor × 1 (P00533) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;294 K;0.1 magnesium formate, 15% PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.312
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 49–108 未记录 Epidermal growth factor receptor × 1 (P00533) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;294 K;0.1 magnesium formate, 15% PEG3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EPGN_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–61; UniProt 49–108 作者链 C; PDB构建体 2–61; UniProt 49–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wb8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wb8
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wb8
沉积日期 deposition_date2017-06-28
结构标题 titleCrystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region in complex with epigen
关键词 keywordsReceptor tyrosine kinase, growth factor, signaling, membrane protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.08
零角强度 I(0) i0241294000.00
分子量 molecular_weight118070.0 kDa
排除体积 excluded_volume144840 ų
包络体积 envelope_volume194720 ų
水化壳体积 shell_volume46739 ų
包络直径 envelope_diameter141.0
壳层 Rg shell_rg40.73
包络 Rg envelope_rg34.87
形状 Rg shape_rg35.02
总 Rg total_rg35.67
总原子数 total_atoms8232
残基数 n_residues1073
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.8
Rg (实空间) rg_real36.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.12
I(0) (实空间) i0_real2.4130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal241300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8598
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.9
偏度 Skewness skewness0.402
峰度 Kurtosis kurtosis-0.163
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32580000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.978

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5wb8c_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id5wb8A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id5wb8A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology20 — 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Receptor L-domain
结构域编号 domain_id5wb8D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)