6p1d

Crystal structure of EGFR with mutant-selective dihydrodibenzodiazepinone allosteric inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 696–1022 链 D; UniProt 696–1022 未记录 NQ1 10-benzyl-8-fluoro-5,10-dihydro-11H-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-11-one × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;298 K;0.1 M Bis-Tris, 29% PEG 3350, 5.0 mM TCEP 分辨率 2.40 Å R-free 0.213
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 696–1022 链 C; UniProt 696–1022 未记录 NQ1 10-benzyl-8-fluoro-5,10-dihydro-11H-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-11-one × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;298 K;0.1 M Bis-Tris, 29% PEG 3350, 5.0 mM TCEP 分辨率 2.40 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、564 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–327; UniProt 696–1022 作者链 B; PDB构建体 1–327; UniProt 696–1022 作者链 C; PDB构建体 1–327; UniProt 696–1022 作者链 D; PDB构建体 1–327; UniProt 696–1022

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6p1d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6p1d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6p1d
沉积日期 deposition_date2019-05-19
结构标题 titleCrystal structure of EGFR with mutant-selective dihydrodibenzodiazepinone allosteric inhibitor
关键词 keywordsEGFR, Cancer, Inhibitor, SIGNALING PROTEIN, Transferase-Transferase Inhibitor complex; Transferase/Transferase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.82
零角强度 I(0) i0289014000.00
分子量 molecular_weight140400.0 kDa
排除体积 excluded_volume176890 ų
包络体积 envelope_volume231080 ų
水化壳体积 shell_volume51917 ų
包络直径 envelope_diameter130.8
壳层 Rg shell_rg43.19
包络 Rg envelope_rg36.76
形状 Rg shape_rg36.82
总 Rg total_rg37.21
总原子数 total_atoms9835
残基数 n_residues1196
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.9
Rg (实空间) rg_real36.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real2.8900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal289000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8917
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.9
偏度 Skewness skewness0.307
峰度 Kurtosis kurtosis-0.404
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha54920000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.924

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6p1da_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd6p1db_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd6p1dc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd6p1dd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6p1dA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6p1dA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6p1dB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6p1dB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6p1dC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6p1dC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6p1dD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6p1dD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)