6p22

Photorhabdus Virulence Cassette (PVC) PAAR repeat protein Pvc10 in complex with a T4 gp5 beta-helix fragment modified to mimic Pvc8, the central spike protein of PVC

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHIMERA OF CENTRAL SPIKE PROTEINS GP5 FROM PHAGE T4 AND PVC8 FROM PVC

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	PAAR-REPEAT CENTRAL SPIKE TIP PROTEIN × 1 （Q7N648） MAGNESIUM ION × 1 STEARIC ACID × 1 Elaidic acid × 1 PALMITIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BP5_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–86； UniProt 484–565 作者链 B； PDB构建体 5–86； UniProt 484–565 作者链 C； PDB构建体 5–86； UniProt 484–565

CHIMERA OF CENTRAL SPIKE PROTEINS GP5 FROM PHAGE T4 AND PVC8 FROM PVC

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01)

UniProt Q7N647

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	PAAR-REPEAT CENTRAL SPIKE TIP PROTEIN × 1 （Q7N648） MAGNESIUM ION × 1 STEARIC ACID × 1 Elaidic acid × 1 PALMITIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7N647_PHOLL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 87–97； UniProt 523–533 作者链 B； PDB构建体 87–97； UniProt 523–533 作者链 C； PDB构建体 87–97； UniProt 523–533

PAAR-REPEAT CENTRAL SPIKE TIP PROTEIN

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01)

UniProt Q7N648

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	CHIMERA OF CENTRAL SPIKE PROTEINS GP5 FROM PHAGE T4 AND PVC8 FROM PVC × 3 （P16009,Q7N647） MAGNESIUM ION × 1 STEARIC ACID × 1 Elaidic acid × 1 PALMITIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7N648_PHOLL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6p22
沉积日期 deposition_date	2019-05-20
结构标题 title	Photorhabdus Virulence Cassette (PVC) PAAR repeat protein Pvc10 in complex with a T4 gp5 beta-helix fragment modified to mimic Pvc8, the central spike protein of PVC
关键词 keywords	;PVC, Photorhabdus laumondii, membrane piercing, central spike, cell puncturing device, PAAR-repeat motif, beta helix, T4 gp5, contractile injection system, viral protein, Pvc8, Pvc10, hydrolase ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6p22__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6p22__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6p22__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.93 Å
Rg（电子密度）	30.78 Å
总 Rg	30.90 Å
原子数	6301
残基数	419
排除体积	56007 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6p22__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CHIMERA OF CENTRAL SPIKE PROTEINS GP5 FROM PHAGE T4 AND PVC8 FROM PVC
分子量 formula_weight	10011.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6455

GSGSGDETKTVEGNGTILVKGNVTIIVEGNADITVKGDATTLVEGNQTNTVNGNLSWKVAGTVDWDVGGDWTEKMASMSSISSGQYDIKGAKINLTQ

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243265
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PAAR-REPEAT CENTRAL SPIKE TIP PROTEIN
分子量 formula_weight	14669.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSKQLVIDGDNLLFEPLFGNRQVTILGPATIRGSGHAKIQGKKIVIVGDEKKVQLQAQYITPSHPIPGMGIVTIAQLDANQQVNFCRTPATAIVVGQQFIARFTPTQPANNPSTGPDVTTPSMGKGRFIASQYAVSAG

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243265
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	STEARIC ACID
分子量 formula_weight	284.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	Elaidic acid
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	141

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晶胞边长 a length_a	34.305 Å
晶胞边长 b length_b	56.963 Å
晶胞边长 c length_c	222.994 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.291 Å
最低分辨率 resolution_low	45.213 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1819
R_free r_free	0.2224

Photorhabdus Virulence Cassette (PVC) PAAR repeat protein Pvc10 in complex with a T4 gp5 beta-helix fragment modified to mimic Pvc8, the central spike protein of PVC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHIMERA OF CENTRAL SPIKE PROTEINS GP5 FROM PHAGE T4 AND PVC8 FROM PVC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CHIMERA OF CENTRAL SPIKE PROTEINS GP5 FROM PHAGE T4 AND PVC8 FROM PVC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PAAR-REPEAT CENTRAL SPIKE TIP PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6p22__assembly_1__model_1

6p22__assembly_1__model_1 | I(q)

6p22__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (3)

Photorhabdus Virulence Cassette (PVC) PAAR repeat protein Pvc10 in complex with a T4 gp5 beta-helix fragment modified to mimic Pvc8, the central spike protein of PVC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHIMERA OF CENTRAL SPIKE PROTEINS GP5 FROM PHAGE T4 AND PVC8 FROM PVC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CHIMERA OF CENTRAL SPIKE PROTEINS GP5 FROM PHAGE T4 AND PVC8 FROM PVC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PAAR-REPEAT CENTRAL SPIKE TIP PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6p22__assembly_1__model_1

6p22__assembly_1__model_1 | I(q)

6p22__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (3)