|
1BW8
MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH EGFR INTERNALIZATION PEPTIDE FYRALM
提交 1998-09-30
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
122–435(314 aa)
片段:INTERNALIZATION SIGNAL BINDING DOMAIN
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;HANGING DROP, 2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 10MM DTT 0.1M MES PH 7.1, 15% GLYCEROL, 16DEGREES, MOLAR RATIO OF PEPTIDE TO PROTEIN 3:1, vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.296
|
|
1BXX
MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH TGN38 INTERNALIZATION PEPTIDE DYQRLN
提交 1998-10-08
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
158–435(278 aa)
片段:INTERNALIZATION SIGNAL BINDING DOMAIN
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;289 K;HANGING DROP, 2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE, 10MM DTT 0.1M MES PH 7.1, 15% GLYCEROL, 16DEGREES, MOLAR RATIO OF PEPTIDE TO PROTEIN 3:1, vapor diffusion - hanging drop, temperature 289K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.325
|
|
1I31
MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 CLATHRIN ADAPTOR, COMPLEXED WITH EGFR INTERNALIZATION PEPTIDE FYRALM AT 2.5 A RESOLUTION
提交 2001-02-12
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
122–435(314 aa)
片段:RESIDUES 122-435
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;291 K;SODIUM FORMATE, SODIUM ACETATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.255
|
|
2BP5
MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH NON-CANONICAL INTERNALIZATION PEPTIDE VEDYEQGLSG
提交 2005-04-18
|
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 M
1–435(435 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.1;289 K;2.2M NACL, 0.4M NA/K PHOSPHATE PH 7.1, 10MM DTT, 0.1M MES, 15% GLYCEROL, 16 DEGREES
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.251
|
|
2JKR
AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE
提交 2008-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 M
1–435(435 aa)
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 14
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE
|
分辨率 2.98 Å
R-free 0.260
|
|
2JKR
AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE
提交 2008-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 U
1–435(435 aa)
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 17
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE
|
分辨率 2.98 Å
R-free 0.260
|
|
2JKT
AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant
提交 2008-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 M
1–435(435 aa)
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 15
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.256
|
|
2JKT
AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant
提交 2008-08-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 U
1–435(435 aa)
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 16
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE
|
分辨率 3.40 Å
R-free 0.256
|
|
2PR9
Mu2 adaptin subunit (AP50) of AP2 adaptor (second domain), complexed with GABAA receptor-gamma2 subunit-derived internalization peptide DEEYGYECL
提交 2007-05-04
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
158–435(278 aa)
片段:second domain (residues 158-435)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;291 K;2.0 M sodium formate, 0.1 M Na-acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.51 Å
R-free 0.240
|
|
2VGL
AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE
提交 2007-11-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 M
1–435(435 aa)
|
未记录
|
IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.2;18% PEG, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.339
|
|
2XA7
AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides
提交 2010-03-29
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 M
1–236(236 aa)
链 M
237–435(199 aa)
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.285
|
|
2XA7
AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides
提交 2010-03-29
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 M
1–236(236 aa)
链 M
237–435(199 aa)
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.285
|
|
3H85
Molecular basis for the association of PIPKI gamma-p90 with the clathrin adaptor AP-2
提交 2009-04-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
158–435(278 aa)
片段:UNP residues 158-435
|
未记录
|
NI NICKEL (II) ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;291 K;1.4M sodium formate, 50mM NiCl, 0.1M Na-acetate, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.263
|
|
3ML6
a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2
提交 2010-04-16
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
170–435(266 aa)
片段:PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.335
|
|
3ML6
a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2
提交 2010-04-16
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
170–435(266 aa)
片段:PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.335
|
|
3ML6
a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2
提交 2010-04-16
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 C
170–435(266 aa)
片段:PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.335
|
|
3ML6
a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2
提交 2010-04-16
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 D
170–435(266 aa)
片段:PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.335
|
|
3ML6
a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2
提交 2010-04-16
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 5
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 E
170–435(266 aa)
片段:PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.335
|
|
3ML6
a complex between Dishevelled2 and clathrin adaptor AP-2
提交 2010-04-16
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 6
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 F
170–435(266 aa)
片段:PROTEIN Dishevelled2 (UNP RESIDUES 417-510), AP-2 COMPLEX 2 MU SUBUNIT (UNP RESIDUES 170-435)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;293 K;0.7 M K/Na tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.335
|
|
4UQI
AP2 controls clathrin polymerization with a membrane-activated switch
提交 2014-06-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 M
1–435(435 aa)
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 1
IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.2;18% PEG1000, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6
|
分辨率 2.79 Å
R-free 0.259
|
|
5C7Z
AP2 Mu2 adaptin C-terminal domain complexed with integrin alpha-4 peptide
提交 2015-06-25
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
159–435(277 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;293 K;2.2M NaCl, 0.4M Na/K phosphate, 10MM DTT 0.1M MES pH 7.1, 15% glycerol, molar ratio of peptide to protein 3:1
|
分辨率 2.77 Å
R-free 0.224
|
|
5FPI
Mu2 adaptin subunit of the AP2 adaptor (C-terminal domain) complexed with Integrin alpha4 internalisation peptide QYKSILQE
提交 2015-11-30
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
1–435(435 aa)
片段:INTERNALISATION SIGNAL BINDING DOMAIN
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;2.2M NACL, 0.4M NAKPHOSPHATE, 20% V/V GLYCEROL, 0.1M MES PH6.5, 5MM DTT
|
分辨率 2.77 Å
R-free 0.224
|
|
5WRK
Mu2 subunit of the clathrin adaptor complex AP2 in complex with IRS-1 Y608 peptide
提交 2016-12-02
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
158–223(66 aa)
片段:UNP residues 158-223,UNP residues 261-435
链 A
261–435(175 aa)
片段:UNP residues 158-223,UNP residues 261-435
|
未记录
|
NI NICKEL (II) ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.4M Na formate, 0.05M NiCl, 0.1M Na acetate pH 6.0
|
分辨率 2.62 Å
R-free 0.223
|
|
5WRL
Mu2 subunit of the clathrin adaptor complex AP2 in complex with IRS-1 Y628 peptide
提交 2016-12-02
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
158–435(278 aa)
片段:UNP residues 158-435
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;2.2M NaCl, 0.4M Na/K Phosphate, 0.01M DTT, 15% Glycerol, 0.1M MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.251
|
|
5WRM
Mu2 subunit of the clathrin adaptor complex AP2 in complex with IRS-1 Y658 peptide
提交 2016-12-02
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
158–435(278 aa)
片段:UNP residues 158-435
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;2.3M NaCl, 0.4M Na/K Phosphate, 0.01M DTT, 15% Glycerol, 0.1M MES pH 6.5
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.227
|
|
6QH5
AP2 clathrin adaptor mu2T156-phosphorylated core in closed conformation
提交 2019-01-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 M
1–435(435 aa)
链 N
1–435(435 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
|
IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;289 K;20% PEG 1000; 100 mM Na+/K+ phosphate buffer (pH 7.2), 200 mM NaCl, and 10 mM DTT
|
分辨率 2.56 Å
R-free 0.257
|
|
6RH6
Solution structure and 1H, 13C and 15N chemical shift assignments for the complex of NECAP1 PHear domain with phosphorylated AP2 mu2 148-163
提交 2019-04-18
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 B
149–163(15 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)70;压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NECAP1 1-133, 0.5 mM AP2 mu2 148-163, 70 mM [U-2H] sodium acetate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NECAP1, 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] AP2 mu2 148-163, 70 mM [U-2H] sodium acetate, 100% D2O | 100% D2O
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分辨率未提供
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6YAE
AP2 core in physiological buffer
提交 2020-03-12
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聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 M
1–435(435 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å
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6YAF
AP2 on a membrane containing tyrosine-based cargo peptide
提交 2020-03-12
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聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
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链 M
1–435(435 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.
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分辨率 9.10 Å
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6YAH
AP2 in clathrin coats assembled on a membrane containing dileucine- and tyrosine-based cargo peptides
提交 2020-03-12
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聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 M
1–435(435 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;The sample was supplemented with 10 nm nanogold fiducials, and 3 ul of the mixture was backside blotted for 3 seconds.
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分辨率 10.20 Å
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7OFP
Apo Structure of Mu2 Adaptin Subunit (Ap50) Of AP2 Clathrin Adaptor
提交 2021-05-05
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
158–435(278 aa)
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未记录
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GOL GLYCEROL × 6
CIT CITRIC ACID × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;Protein (10 mg/ml) and peptide (DVDEEGYSIKPETNQNDTKENHFYSS) (2mg/ml) were equilibrated against 1.5M Ammonium Sulphate 0.1M Hepes pH 7.0. Crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 20% glycerol and peptide (peptide did not crystallise).
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分辨率 1.92 Å
R-free 0.210
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7OFP
Apo Structure of Mu2 Adaptin Subunit (Ap50) Of AP2 Clathrin Adaptor
提交 2021-05-05
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 B
158–435(278 aa)
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未记录
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GOL GLYCEROL × 3
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;289 K;Protein (10 mg/ml) and peptide (DVDEEGYSIKPETNQNDTKENHFYSS) (2mg/ml) were equilibrated against 1.5M Ammonium Sulphate 0.1M Hepes pH 7.0. Crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 20% glycerol and peptide (peptide did not crystallise).
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分辨率 1.92 Å
R-free 0.210
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7OG1
AP2 clathrin adaptor core in complex with cargo peptide and FCHO2
提交 2021-05-05
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
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链 CCC
1–435(435 aa)
链 MMM
1–435(435 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;Crystals of AP-2 in complex with FCHO2 linker and TGN38 peptide, supplemented with 10mM K Na Tartrate, grew in sitting drops with reservoir 0.1M Mg formate dehydrate, 10% to 15% PEG 3350.
The crystals were cryo-protected with 0.1M Mg formate dehydrate, 13% PEG 3350, 18-24% Glycerol and 1mg/ml of peptide.
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分辨率 3.25 Å
R-free 0.306
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7OHO
Crystal structure of AP2 FCHO2 chimera
提交 2021-05-11
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 MMM
1–435(435 aa)
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未记录
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IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1
GOL GLYCEROL × 4
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;289 K;18% PEG 12000 0.1M Na/K phosphate pH 6.2 0.2M NaCl 4mM DTT in the presence of 3-fold molar excess of IP6.
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分辨率 2.88 Å
R-free 0.273
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7OHZ
Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (His6-tagged)
提交 2021-05-11
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
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链 B
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;289 K;20% w/v PEG 3,350 0.2 M DL-Malic acid pH 7.0. The crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 30-32% glycerol.
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分辨率 2.27 Å
R-free 0.314
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7OHZ
Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (His6-tagged)
提交 2021-05-11
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:trimeric
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链 A
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;289 K;20% w/v PEG 3,350 0.2 M DL-Malic acid pH 7.0. The crystals were cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 30-32% glycerol.
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分辨率 2.27 Å
R-free 0.314
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7OI5
Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (GST cleaved)
提交 2021-05-11
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 B
158–435(278 aa)
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未记录
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GOL GLYCEROL × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9.1;289 K;20% w/v PEG 3350, 0.2 M Sodium phosphate dibasic dehydrate pH 9.1. The crystal was cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 25% glycerol.
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分辨率 2.61 Å
R-free 0.297
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7OI5
Crystal structure of AP2 Mu2 - FCHO2 chimera (GST cleaved)
提交 2021-05-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
信息不足
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 D
158–435(278 aa)
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未记录
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GOL GLYCEROL × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 9.1;289 K;20% w/v PEG 3350, 0.2 M Sodium phosphate dibasic dehydrate pH 9.1. The crystal was cryo-protected by soaking in mother liquor supplemented with 25% glycerol.
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分辨率 2.61 Å
R-free 0.297
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7OIQ
Crystal structure of AP2 Mu2 in complex with FCHO2 WxxPhi motif (C2 crystal form)
提交 2021-05-12
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 AAA
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;289 K;30mM Magnesium chloride hexahydrate, 30mM Calcium chloride dihydrate, 100mM Sodium HEPES MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000
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分辨率 1.85 Å
R-free 0.209
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7OIQ
Crystal structure of AP2 Mu2 in complex with FCHO2 WxxPhi motif (C2 crystal form)
提交 2021-05-12
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 BBB
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;289 K;30mM Magnesium chloride hexahydrate, 30mM Calcium chloride dihydrate, 100mM Sodium HEPES MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000
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分辨率 1.85 Å
R-free 0.209
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7Z5C
Chimera of AP2 with FCHO2 linker domain as a fusion on Cmu2 subunit
提交 2022-03-09
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聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 M
1–435(435 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;50% HKT buffer (10mM Hepes, 10mM Tris 120mM potassium acetate pH 7.2) and 50% Core buffer (10mM Tris, 250mM NaCl, pH 8)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.16 Å
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9FIW
MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRHFA
提交 2024-05-29
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 M
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;2.0-2.2 M NaCl
0.4M Na/K phosphate
0.1M MES PH 7.1
15-20% glycerol
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分辨率 2.82 Å
R-free 0.246
|
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9FIX
MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRPYSYRHFA
提交 2024-05-29
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 M
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;2.0-2.2 M NaCl
0.4M Na/K phosphate
0.1M MES PH 7.1
15-20% glycerol
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分辨率 2.78 Å
R-free 0.233
|
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9FIY
MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRHFA
提交 2024-05-29
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 M
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;2.0-2.2 M NaCl
0.4M Na/K phosphate
0.1M MES PH 7.1
15-20% glycerol
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分辨率 2.88 Å
R-free 0.242
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9UUJ
Crystal structure of the mu2 subunit of the clathrin-adaptor protein 2 (AP2) bound to HPV16 E7(residues 22-39)
提交 2025-05-07
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;2.0 M sodium formate and 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.6)
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分辨率 3.70 Å
R-free 0.234
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9UUK
Crystal structure of the mu2 subunit of the clathrin-adaptor protein 2 (AP2) bound to HPV16 E7(residues 22-32; S31E and S32E)
提交 2025-05-07
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
158–435(278 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;2.5 M sodium chloride and 100 mM potassium phosphate monobasic/sodium phosphate dibasic (pH 6.2)
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分辨率 3.20 Å
R-free 0.244
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9UUL
Crystal structure of the mu2 subunit of the clathrin-adaptor protein 2 (AP2) bound to HPV16 E7(residues 22-39; S31E and S32E)
提交 2025-05-07
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
158–435(278 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;3.5 M ammonium chloride and 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.5)
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分辨率 3.30 Å
R-free 0.225
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