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6vcd

Cryo-EM structure of IRP2-FBXL5-SKP1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a

Homo sapiens

UniProt D3DW85

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–963 未记录 F-box/LRR-repeat protein 5 × 1 （Q9UKA1） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D3DW85_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–963； UniProt 1–963

F-box/LRR-repeat protein 5

Homo sapiens

UniProt Q9UKA1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 183–674 片段：UNP residues 183-674 Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a × 1 （D3DW85） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6VCD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3U9J Crystal structure of oxidized human FBXL5 hemerythrin like domain 提交 2011-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–160（160 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.217
3U9J Crystal structure of oxidized human FBXL5 hemerythrin like domain 提交 2011-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–160（160 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.217
3U9M Structure of reduced human FBXL5 hemerythrin like domain 提交 2011-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–160（160 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.248
3U9M Structure of reduced human FBXL5 hemerythrin like domain 提交 2011-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–160（160 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.248
3U9M Structure of reduced human FBXL5 hemerythrin like domain 提交 2011-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–160（160 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.248
3U9M Structure of reduced human FBXL5 hemerythrin like domain 提交 2011-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 1–160（160 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.248
3V5X Structure of FBXL5 hemerythrin domain, C2 cell 提交 2011-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–161（161 aa） 片段：Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161)
未记录 FEO MU-OXO-DIIRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG 6000, 0.1 M HEPES, 25% ethylene glycol, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.209
3V5X Structure of FBXL5 hemerythrin domain, C2 cell 提交 2011-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–161（161 aa） 片段：Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161)
未记录 FEO MU-OXO-DIIRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG 6000, 0.1 M HEPES, 25% ethylene glycol, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.209
3V5Y Structure of FBXL5 hemerythrin domain, P2(1) cell 提交 2011-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–161（161 aa） 片段：Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161)
未记录 FEO MU-OXO-DIIRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 20% ethylene glycol, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
3V5Y Structure of FBXL5 hemerythrin domain, P2(1) cell 提交 2011-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–161（161 aa） 片段：Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161)
未记录 FEO MU-OXO-DIIRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 20% ethylene glycol, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
3V5Y Structure of FBXL5 hemerythrin domain, P2(1) cell 提交 2011-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–161（161 aa） 片段：Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161)
未记录 FEO MU-OXO-DIIRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 20% ethylene glycol, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
3V5Y Structure of FBXL5 hemerythrin domain, P2(1) cell 提交 2011-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–161（161 aa） 片段：Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161)
未记录 FEO MU-OXO-DIIRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 20% ethylene glycol, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
3V5Z Structure of FBXL5 hemerythrin domain, C2 cell, grown anaerobically 提交 2011-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–161（161 aa） 片段：Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161)
未记录 FEO MU-OXO-DIIRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 6000, 0.1 M HEPES, 30% ethylene glycol, 2M Na(2)S(2)O(4), pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.18 Å R-free 0.223
3V5Z Structure of FBXL5 hemerythrin domain, C2 cell, grown anaerobically 提交 2011-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–161（161 aa） 片段：Hemerythrin domain (UNP Residues 1-161)
未记录 FEO MU-OXO-DIIRON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 6000, 0.1 M HEPES, 30% ethylene glycol, 2M Na(2)S(2)O(4), pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.18 Å R-free 0.223

共 5 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FBXL5_HUMAN
Isoform Q9UKA1-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–492； UniProt 183–674

S-phase kinase-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt P63208

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–163 未记录 Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a × 1 （D3DW85） F-box/LRR-repeat protein 5 × 1 （Q9UKA1） FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6VCD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FQV Insights into scf ubiquitin ligases from the structure of the skp1-skp2 complex 提交 2000-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Tris-Cl, ammonium acetate, DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.314
1FS1 INSIGHTS INTO SCF UBIQUITIN LIGASES FROM THE STRUCTURE OF THE SKP1-SKP2 COMPLEX 提交 2000-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–147（147 aa） 片段：RESIDUES 1-147
链 D 1–147（147 aa） 片段：RESIDUES 1-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 1500, sodium acetate, ammonium acetate, DTT, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.274
1FS2 INSIGHTS INTO SCF UBIQUITIN LIGASES FROM THE STRUCTURE OF THE SKP1-SKP2 COMPLEX 提交 2000-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–146（146 aa） 片段：RESIDUES 1-37; 43-147
链 D 1–146（146 aa） 片段：RESIDUES 1-37; 43-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.287
1LDK Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex 提交 2002-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–139（139 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；peg4k, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.331
1LDK Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex 提交 2002-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 D 1–139（139 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；peg4k, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.331
1P22 Structure of a beta-TrCP1-Skp1-beta-catenin complex: destruction motif binding and lysine specificity on the SCFbeta-TrCP1 ubiquitin ligase 提交 2003-04-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–162（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG4000, sodium citrate, Bis-Tris Propane, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.286
29HG Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10088 提交 2026-03-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
29HH Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2, UNC10088 and Bach1 提交 2026-03-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
29HI Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10415667 提交 2026-03-11 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 A1J21 4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
2ASS Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex 提交 2005-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–159（159 aa）
突变：P1A PO4 PHOSPHATE ION × 3 BEN BENZAMIDINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；BTP, sodium/potassium phosphate, benzamidine, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.242
2ASS Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex 提交 2005-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–159（159 aa）
突变：P1A PO4 PHOSPHATE ION × 6 BEN BENZAMIDINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；BTP, sodium/potassium phosphate, benzamidine, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.242
2ASS Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex 提交 2005-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–159（159 aa）
突变：P1A PO4 PHOSPHATE ION × 6 BEN BENZAMIDINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；BTP, sodium/potassium phosphate, benzamidine, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.242
2AST Crystal structure of Skp1-Skp2-Cks1 in complex with a p27 peptide 提交 2005-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–159（159 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG8K, 5% benzamidine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
2AST Crystal structure of Skp1-Skp2-Cks1 in complex with a p27 peptide 提交 2005-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–159（159 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG8K, 5% benzamidine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
2AST Crystal structure of Skp1-Skp2-Cks1 in complex with a p27 peptide 提交 2005-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–159（159 aa）
未记录 BEN BENZAMIDINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG8K, 5% benzamidine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
2E31 Structural basis for selection of glycosylated substrate by SCFFbs1 ubiquitin ligase 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 0–162（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M sodium citrate, 30mM chitobiose, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.291
2E32 Structural basis for selection of glycosylated substrate by SCFFbs1 ubiquitin ligase 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 0–162（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M sodium citrate, 30mM chitobiose, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.52 Å R-free 0.299
2E32 Structural basis for selection of glycosylated substrate by SCFFbs1 ubiquitin ligase 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 0–162（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；293 K；2.0M ammonium sulphate, 0.1M sodium citrate, 30mM chitobiose, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.52 Å R-free 0.299
2OVP Structure of the Skp1-Fbw7 complex 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES-Na, 1.2 M Li2SO4, 7.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
2OVP Structure of the Skp1-Fbw7 complex 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES-Na, 1.2 M Li2SO4, 7.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
2OVQ Structure of the Skp1-Fbw7-CyclinEdegC complex 提交 2007-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；294 K；0.1 M Bicine, 1.4 M Li2SO4, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2OVQ Structure of the Skp1-Fbw7-CyclinEdegC complex 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；294 K；0.1 M Bicine, 1.4 M Li2SO4, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2OVR Structure of the Skp1-Fbw7-CyclinEdegN complex 提交 2007-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa） 片段：residues 1-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M Hepes-Na, 1.12 M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
3L2O Structure-Based Mechanism of Dimerization-Dependent Ubiquitination by the SCFFbx4 Ubiquitin Ligase 提交 2009-12-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa）
突变：deletion: 38-43, 70-81; P2A; insertion: GGSG between 69 and 82 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.5-2 M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
3L2O Structure-Based Mechanism of Dimerization-Dependent Ubiquitination by the SCFFbx4 Ubiquitin Ligase 提交 2009-12-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–163（163 aa）
突变：deletion: 38-43, 70-81; P2A; insertion: GGSG between 69 and 82 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.5-2 M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
3WSO Crystal structure of the Skp1-FBG3 complex 提交 2014-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；8% 2-propanol, 16% PEG4000, 0.1M Na PIPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
4I6J A ubiquitin ligase-substrate complex 提交 2012-11-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.2M ammonium citrate, 13-14% PEG3350 7% Acetonitrile, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.265
5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–69（69 aa） 片段：;UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG,UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG ;
链 A 82–163（82 aa） 片段：;UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG,UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG ;
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–69（69 aa） 片段：;UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG,UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG ;
链 D 82–163（82 aa） 片段：;UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG,UNP resdiues 1-61(deletion 37-42) and 70-163 linked by LINKER GGSG ;
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5JH5 Structural Basis for the Hierarchical Assembly of the Core of PRC1.1 提交 2016-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–163（162 aa） 片段：Residues 2-163
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；298 K；100 mM HEPES, 10 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 10 mM NaCl
分辨率 2.55 Å R-free 0.257
5K35 Structure of the Legionella effector, AnkB, in complex with human Skp1 提交 2016-05-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG 2000 MME
分辨率 2.85 Å R-free 0.275
5V4B Crystal structure of the Skp1-FBXW7-DISC1 complex 提交 2017-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–69（69 aa）
链 A 82–163（82 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 9 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；100 mM Hepes, 1.2M lithium sulfate
分辨率 2.60 Å R-free 0.219
5V4B Crystal structure of the Skp1-FBXW7-DISC1 complex 提交 2017-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–69（69 aa）
链 A 82–163（82 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 36 IMD IMIDAZOLE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；100 mM Hepes, 1.2M lithium sulfate
分辨率 2.60 Å R-free 0.219
5VZT Crystal structure of the Skp1-FBXO31 complex 提交 2017-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa）
突变：P2A ZN ZINC ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；100 mM sodium citrate (pH 5.3), 0.27 M ammonium acetate, 13-17% MPD, 0.02 M CaCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.242
5VZT Crystal structure of the Skp1-FBXO31 complex 提交 2017-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–163（163 aa）
突变：P2A ZN ZINC ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；100 mM sodium citrate (pH 5.3), 0.27 M ammonium acetate, 13-17% MPD, 0.02 M CaCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.242
5VZU Crystal structure of the Skp1-FBXO31-cyclin D1 complex 提交 2017-05-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa）
突变：P2A ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；100 mM sodium citrate (pH 5.3), 0.27 M ammonium acetate, 13-17% MPD, 0.02 M CaCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.233
5VZU Crystal structure of the Skp1-FBXO31-cyclin D1 complex 提交 2017-05-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–163（163 aa）
突变：P2A ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；100 mM sodium citrate (pH 5.3), 0.27 M ammonium acetate, 13-17% MPD, 0.02 M CaCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.233
5XYL Solution Structure of Skp1 from Homo sapiens 提交 2017-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6M90 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-2776 ternary complex 提交 2018-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 J91 2-(2-fluorophenoxy)-3-{[2-oxo-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl]amino}benzoic acid × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5
分辨率 2.05 Å R-free 0.212
6M91 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-103094 ternary complex 提交 2018-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 J97 3-({4-[(2,6-dichlorophenyl)sulfanyl]-2-oxo-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl}amino)benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.216
6M92 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-2663 ternary complex 提交 2018-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 J8V 3-{[2-oxo-4-phenoxy-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl]amino}benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.221
6M93 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-1933 ternary complex 提交 2018-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 J8Y 2-oxo-N-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.230
6M94 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide bound to b-TrCP/Skp1 Complex 提交 2018-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–163（162 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH5.5
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6O60 Crystal structure of GGTase3-FBXL2-SKP1 complex 提交 2019-03-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH6.0, 20%-22% (v/v) PEG 400
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
6TTU Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2 提交 2019-12-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.70 Å
6W66 The structure of the F64A, S172A mutant Keap1-BTB domain in complex with SKP1-FBXL17 提交 2020-03-16 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；well solution 37.5 ul of 50 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, 30% (v/v) PEG MME 550 (E7 Hampton Index) + 12.5ul H2O mixed 1:1 with complex at 15mg/ml in 150 mM NaCl, 25 mM Tris/HCl pH 8.0
分辨率 3.21 Å R-free 0.290
6WCQ Structure of a substrate-bound DQC ubiquitin ligase 提交 2020-03-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.50 Å
6WNX FBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide 提交 2020-04-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.12M Ethylene Glycol, 0.1M Morpheus Buffer 1 pH 6.5, 30.0% GOL_P4K
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
6WNX FBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide 提交 2020-04-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–163（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.12M Ethylene Glycol, 0.1M Morpheus Buffer 1 pH 6.5, 30.0% GOL_P4K
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
6WNX FBXW11-SKP1 in complex with a pSer33/pSer37 Beta-Catenin peptide 提交 2020-04-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–163（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.12M Ethylene Glycol, 0.1M Morpheus Buffer 1 pH 6.5, 30.0% GOL_P4K
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
7B5L Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 提交 2020-12-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7B5M Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-p27~Ub~ARIH1. Transition State 2 提交 2020-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
7B5R Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27 提交 2020-12-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7T1Y Structure of the Fbw7-Skp1-MycCdegron complex 提交 2021-12-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–163（162 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298.15 K；0.1 M Bicine pH6.5, 1.6 M Li2SO4
分辨率 2.55 Å R-free 0.268
7T1Z Structure of the Fbw7-Skp1-MycNdegron complex 提交 2021-12-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–163（162 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298.15 K；0.1 M Bicine pH6.5, 1.6 M Li2SO4
分辨率 2.77 Å R-free 0.248
7Z8B Structure of CRL7FBXW8 reveals coupling with CUL1-RBX1/ROC1 for multi-cullin-RING E3-catalyzed ubiquitin ligation 提交 2022-03-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7Z8T CAND1-SCF-SKP2 CAND1 engaged SCF rocked 提交 2022-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7Z8V CAND1-SCF-SKP2 (SKP1deldel) CAND1 engaged SCF rocked 提交 2022-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZBW CAND1-SCF-SKP2 CAND1 rolling-2 SCF engaged 提交 2022-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7ZBZ CAND1 delhairpin-SCF-SKP2 CAND1 partly engaged SCF partly rocked 提交 2022-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8BYA Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1-CDK2-CyclinA-p27KIP1 Complex 提交 2022-12-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
8BYL Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1 from the SCFSKP2 E3 ligase complex 提交 2022-12-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8CDJ CAND1 b-hairpin++-SCF-SKP2 CAND1 rolling SCF engaged 提交 2023-01-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8CDK CAND1 b-hairpin++-SCF-SKP2 CAND1 partly engaged SCF partly rocked 提交 2023-01-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8OR0 CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKS1-CDK2 提交 2023-04-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8OR3 CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-DCNL1 提交 2023-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8OR4 Partially dissociated CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKS1-CDK2 提交 2023-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8S7D Cryo-EM structure of SKP1-FBXO22 in complex with a BACH1 BTB dimer at 3.2A resolution 提交 2024-02-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8S7E Cryo-EM structure of SKP1-FBXO22 提交 2024-02-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–163（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8UA6 Cryo-EM Structure of SCF-FBOX22-BACH1BTB 提交 2023-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–160（160 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8UBT Structure of SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex 提交 2023-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–163（163 aa） 片段：BTB domain (UNP residues 7-128)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8UBU Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex close conformation 提交 2023-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 1–163（163 aa）
链 G 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9CB3 E2F1-Cyclin F Interface 提交 2024-06-18 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–163（163 aa） 片段：BTB domain (UNP residues 7-128)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
9JKB Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO4 SCF ubiquition ligase complex 提交 2024-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9KBD Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO3 SCF ubiquition ligase complex 提交 2024-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9KBF Cryo-EM structure of the SKP1-FBXO3 complex 提交 2024-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å
9QO0 Pre-activated 9-subunit COP9 signalosome and neddylated SCF (Skp1-Skp2-Cks1) complex structure 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9QO2 Dissociation-state-1 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9QO3 Dissociation-state-2 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9QO4 Dissociation-state-3 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9QO5 Dissociation-state-4 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 L 1–163（163 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9XZJ Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (consensus structure) 提交 2025-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9XZL Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (body structure) 提交 2025-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–163（163 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 71 个其他 PDB 条目、97 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SKP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6vcd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6vcd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6vcd
沉积日期 deposition_date2019-12-20
结构标题 titleCryo-EM structure of IRP2-FBXL5-SKP1 complex
关键词 keywordsE3 ligase, [2Fe-2S] cluster, Iron metabolism, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.20 Å
零角强度 I(0) i0194529000.00
分子量 molecular_weight114890.0 kDa
排除体积 excluded_volume144880 ų
包络体积 envelope_volume193250 ų
水化壳体积 shell_volume45061 ų
包络直径 envelope_diameter133.8 Å
壳层 Rg shell_rg41.89 Å
包络 Rg envelope_rg35.99 Å
形状 Rg shape_rg36.19 Å
总 Rg total_rg36.61 Å
总原子数 total_atoms8082
残基数 n_residues1033
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.0 Å
Rg (实空间) rg_real36.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal194500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8614
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.9 Å
偏度 Skewness skewness0.425
峰度 Kurtosis kurtosis-0.135
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37160000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.844
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6vcdc1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamilyd.42.1 — POZ domain
家族 Family familyd.42.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6vcdc2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family familya.157.1.1 — Skp1 dimerisation domain-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)