6zg8

bovine ATP synthase rotor domain state 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 100.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

物种未注明

UniProt P05631

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 26–298 未记录 ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 (P05630) ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 (P05632) ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial × 8 (P07926) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;The sample was allowed to penetrate through the holes support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15 sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPG_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–273; UniProt 26–298

ATP synthase subunit delta, mitochondrial

物种未注明

UniProt P05630

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 23–168 未记录 ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 (P05631) ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 (P05632) ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial × 8 (P07926) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;The sample was allowed to penetrate through the holes support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15 sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPD_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–146; UniProt 23–168

ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

物种未注明

UniProt P05632

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–51 未记录 ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 (P05631) ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 (P05630) ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial × 8 (P07926) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;The sample was allowed to penetrate through the holes support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15 sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP5E_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–50; UniProt 2–51

ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial

物种未注明

UniProt P07926

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 69–143 链 L; UniProt 69–143 链 M; UniProt 69–143 链 N; UniProt 69–143 链 O; UniProt 69–143 链 P; UniProt 69–143 链 Q; UniProt 69–143 链 R; UniProt 69–143 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ATP synthase subunit gamma, mitochondrial × 1 (P05631) ATP synthase subunit delta, mitochondrial × 1 (P05630) ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 (P05632) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;The sample was allowed to penetrate through the holes support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15 sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 AT5G2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–75; UniProt 69–143 作者链 L; PDB构建体 1–75; UniProt 69–143 作者链 M; PDB构建体 1–75; UniProt 69–143 作者链 N; PDB构建体 1–75; UniProt 69–143 作者链 O; PDB构建体 1–75; UniProt 69–143 作者链 P; PDB构建体 1–75; UniProt 69–143 作者链 Q; PDB构建体 1–75; UniProt 69–143 作者链 R; PDB构建体 1–75; UniProt 69–143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zg8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zg8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zg8
沉积日期 deposition_date2020-06-18
结构标题 titlebovine ATP synthase rotor domain state 2
关键词 keywordsATP synthase, mitochondria, mammalian, complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.82
零角强度 I(0) i0160707000.00
分子量 molecular_weight109500.0 kDa
排除体积 excluded_volume140150 ų
包络体积 envelope_volume172640 ų
水化壳体积 shell_volume41886 ų
包络直径 envelope_diameter179.4
壳层 Rg shell_rg39.02
包络 Rg envelope_rg41.35
形状 Rg shape_rg38.74
总 Rg total_rg39.14
总原子数 total_atoms15672
残基数 n_residues1037
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.3
Rg (实空间) rg_real34.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real1.5190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal160600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6708
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.4
偏度 Skewness skewness0.473
峰度 Kurtosis kurtosis-0.475
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.2180
最高正则化参数 α highest_alpha41330000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.015; Oscil: 0.931; Stabil: 0.987; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6zg8N00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — F1F0 ATP synthase subunit C

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)