7b85

Crystal Structure of EGFR-WT in Complex with TAK-788

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 695–1022 未记录 R28 propan-2-yl 2-[[4-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-methoxy-5-(propanoylamino)phenyl]amino]-4-(1-methylindol-3-yl)pyrimidine-5-carboxylate × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.6 K-Na-tartrate, 100 mM Na-MES (pH 7.0), 6.2 mg/mL EGFR-WT (im 100 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, 10 % glycerol, 1 mM TCEP, pH 8.0, 1 ul reservoir + 1 ul solution Soaking-Experiment 分辨率 2.50 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、565 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–333; UniProt 695–1022

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7b85

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7b85
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7b85
沉积日期 deposition_date2020-12-12
结构标题 titleCrystal Structure of EGFR-WT in Complex with TAK-788
关键词 keywordsEGFR, WT, Exon20, covalent, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.64
零角强度 I(0) i020003300.00
分子量 molecular_weight35114.0 kDa
排除体积 excluded_volume44406 ų
包络体积 envelope_volume51714 ų
水化壳体积 shell_volume21665 ų
包络直径 envelope_diameter64.6
壳层 Rg shell_rg26.35
包络 Rg envelope_rg19.96
形状 Rg shape_rg19.63
总 Rg total_rg20.58
总原子数 total_atoms2470
残基数 n_residues312
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.4
Rg (实空间) rg_real21.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.16
I(0) (实空间) i0_real1.9800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6744
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1
偏度 Skewness skewness0.373
峰度 Kurtosis kurtosis-0.134
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha6.2590
最高正则化参数 α highest_alpha8771000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 0.922; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.489

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7b85A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)