7kui

Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 125.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin A)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1281–1558 链 B； UniProt 1281–1558 链 C； UniProt 1281–1558 链 D； UniProt 1281–1558 链 E； UniProt 1281–1558 链 F； UniProt 1281–1558 链 G； UniProt 1281–1558 链 H； UniProt 1281–1558	未记录	;DNA (5'-D(APAPTPGPTPTPGPTPCPTPTPAPTPGPCPAPAPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(APTPTPGPCPAPTPAPAPGPAPCPAPAPCPA)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 2 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7KUI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A5V ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 AND MN CATION 提交 1998-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA HEPES, PH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
1A5V ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 AND MN CATION 提交 1998-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA HEPES, PH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
1A5W ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 提交 1998-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
1A5X ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 提交 1998-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	Y3 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M HEPES, PH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
1ASU AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE CATALYTIC CORE DOMAIN CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 400, 2M AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5 提交 1995-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）	突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209)	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.188
1ASV Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain 提交 1995-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）	突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
1ASW AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE CATALYTIC CORE DOMAIN CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, HEPES PH 7.5 USING SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED PROTEIN; DATA COLLECTED AT-165 DEGREES C 提交 1995-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）	突变：INS(PRO 48, LEU 49, ARG 50, GLU 51, ASN 208, LEU 209) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
1C0M CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286 链 B 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286	突变：F199K 突变：F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD；pH 7；277 K；PLATE-SHAPED CRYSTALS WERE INFREQUENTLY GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M MGCL2, 0.05M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 10% PEG 3350, and 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN (10-15 MG/ML), HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.279
1C0M CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286 链 D 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286	突变：F199K 突变：F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD；pH 7；277 K；PLATE-SHAPED CRYSTALS WERE INFREQUENTLY GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M MGCL2, 0.05M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 10% PEG 3350, and 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN (10-15 MG/ML), HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, temperature 277K	分辨率 2.53 Å R-free 0.279
1C1A CRYSTAL STRUCTURE OF RSV TWO-DOMAIN INTEGRASE 提交 1999-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286 链 B 621–858（238 aa）片段：RESIDUES 49-286	突变：F199K 突变：F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 ROD-SHAPED CRYSTALS WERE GROWN BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 0.050M KCL, 0.01M MGCL2, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 0.02M IMIDAZOLE, PH 7.2, 10% PEG3350, AND 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL. THE DROP CONTAINED 1:1 MIXTURE OF RESERVOIR SOLUTION AND PROTEIN (10-15 MG/ML)	分辨率 3.10 Å R-free 0.337
1CXQ ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM AMMONIUM SULFATE 提交 1999-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209)	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2% Peg 400, 2M Ammonium Sulfate, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.02 Å R-free 0.157
1CXU 1.42A RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM CITRATE 提交 1999-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209)	CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM CITRATE, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.42 Å R-free 0.221
1CZ9 ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN (D64N) FROM CITRATE 提交 1999-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：D64N, INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209)	SO4 SULFATE ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM CITRATE PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.150
1CZB ATOMIC RESOLUTION ASV INTEGRASE CORE DOMAIN FROM HEPES 提交 1999-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 624–779（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：INS(P48, L49, R50, E51, N208, L209)	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.06 Å R-free 0.164
1VSD ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MG(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, HIGH MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 616–771（156 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5 THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MILLI-MOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE THEN SOAKED IN 500 MILLI-MOLAR MGCL2.	分辨率 1.70 Å R-free 0.191
1VSE ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MG(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, LOW MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5 THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MILLIMOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE THEN SOAKED IN 20 MILLIMOLAR MGCL2.	分辨率 2.20 Å R-free 0.201
1VSF ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH MN(II) COFACTOR AND HEPES LIGAND, HIGH MG CONCENTRATION FORM 提交 1995-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5 THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MILLIMOLAR HEPES PH 7.5. CRYSTALS WERE THEN SOAKED IN 10 MILLIMOLAR MNCL2.	分辨率 2.05 Å R-free 0.189
1VSH ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH ZN(II) COFACTORS 提交 1997-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM ZNCL2.	分辨率 1.95 Å
1VSI ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH CA(II) COFACTOR 提交 1997-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM CACL2.	分辨率 2.20 Å
1VSJ ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH CD(II) COFACTORS 提交 1997-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1 - 4, 52 - 209	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, N10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.5, THEN SOAKED IN 100 MM CDCL2.	分辨率 2.10 Å
1VSK ASV INTEGRASE CORE DOMAIN D64N MUTATION IN CITRATE BUFFER PH 6.0 提交 1998-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：D64N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1VSL ASV INTEGRASE CORE DOMAIN D64N MUTATION WITH ZINC CATION 提交 1998-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	突变：D64N	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
1VSM ASV INTEGRASE CORE DOMAIN IN CITRATE BUFFER PH 5.0 提交 1998-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 626–771（146 aa）片段：CATALYTIC CORE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M NA CITRATE PH 5.0, pH 5.6	分辨率 2.15 Å R-free 0.238
3TIR Pseudo-atomic model of the Rous Sarcoma Virus capsid hexamer 提交 2011-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 240–465（226 aa）片段：UNP resides 240-465	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.3；291.15 K；2-7 %(w/v) PEG 8000 0.2M CAPS/KOH, pH 10.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 4.10 Å R-free 0.391
4FW1 Crystal structure of two-domain RSV INTEGRASE covalently linked with DNA 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1329–1550（222 aa）片段：UNP residues 1329-1580 链 B 1329–1550（222 aa）片段：UNP residues 1329-1580	突变：S124D, C125A, E157C, R166K, F199K 突变：S124D, C125A, E157C, R166K, F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5% Ethanol, 10% PEG4,000, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.86 Å R-free 0.222
4FW2 Crystal structure of RSV three-domain integrase with disordered N-terminal domain 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 1281-1550 链 B 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 1281-1550	突变：C23S, R166K, F199K 突变：C23S, R166K, F199K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% ethanol, 100 mM imidazole-HCl, and 5% PEG4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.244
5EJK Crystal structure of the Rous sarcoma virus intasome 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 B 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 C 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 D 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 E 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 F 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 G 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842 链 H 1281–1550（270 aa）片段：UNP residues 573-842	突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C23S, L112M, L135M, L162M, L163M, L188 M, L189M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 W TUNGSTEN ION × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Sodium formate	分辨率 3.80 Å R-free 0.294
5KZ9 Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein. 提交 2016-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–155（155 aa）片段：UNP residues 1-155	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.3；293 K；2.60 M Ammonium formate, 0.20 M Beta-Alanine/KOH pH 10.3	分辨率 2.85 Å R-free 0.239
5KZ9 Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein. 提交 2016-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–155（155 aa）片段：UNP residues 1-155	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.3；293 K；2.60 M Ammonium formate, 0.20 M Beta-Alanine/KOH pH 10.3	分辨率 2.85 Å R-free 0.239
5KZA Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I41 提交 2016-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–102（101 aa）片段：UNP residues 2-102	未记录	NO3 NITRATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；18%(w/v) PEG 8000, 0.2 M Succinic acid/KOH pH 5.5, 1.0 M Ammonium nitrate	分辨率 1.86 Å R-free 0.210
5KZA Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I41 提交 2016-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–102（101 aa）片段：UNP residues 2-102	未记录	NO3 NITRATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；18%(w/v) PEG 8000, 0.2 M Succinic acid/KOH pH 5.5, 1.0 M Ammonium nitrate	分辨率 1.86 Å R-free 0.210
5KZB Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I4122 提交 2016-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–102（101 aa）片段：UNP residues 2-102	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；291.15 K；0.6 M Malonic acid /KOH pH 9.1, 0.1 M Boric acid /KOH pH 9.1	分辨率 3.20 Å R-free 0.249
5KZB Crystal structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (aa 2-102). Space group I4122 提交 2016-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–102（101 aa）片段：UNP residues 2-102	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；291.15 K；0.6 M Malonic acid /KOH pH 9.1, 0.1 M Boric acid /KOH pH 9.1	分辨率 3.20 Å R-free 0.249
6CCJ NMR structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M domain) 提交 2018-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–87（86 aa）	突变：M1S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] RSV MA, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 .5 mM [U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 M TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6CE5 NMR structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in the presence of myo-inositol hexakisphosphate 提交 2018-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：M1S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM tcep, 2 mM IP6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM tcep, 2 mM IP6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6CUS HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with myo-inositol hexakisphosphate 提交 2018-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：M1S	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 500 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 2 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-98% 13C] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 2 mM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6CV8 HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with inositol 1,4,5-trisphosphate 提交 2018-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）	突变：M1S	I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 100 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 1.6 mM D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6CW4 HADDOCK structure of the Rous sarcoma virus matrix protein (M-domain) in complex with inositol 1,3,5-trisphosphate 提交 2018-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：residues 1-87	突变：M1S	FGV (1R,2S,3r,4R,5S,6s)-2,4,6-trihydroxycyclohexane-1,3,5-triyl tris[dihydrogen (phosphate)] × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 100 uM [U-98% 15N] Matrix protein, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 1.6 mM IP3, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7JN3 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048 提交 2020-08-03	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 B 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 C 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 D 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 E 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 F 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 G 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 H 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558	未记录	ZN ZINC ION × 2 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
7KU7 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. Cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC. 提交 2020-11-24	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1281–1558（278 aa）链 B 1281–1558（278 aa）链 C 1281–1558（278 aa）链 D 1281–1558（278 aa）链 E 1281–1558（278 aa）链 F 1281–1558（278 aa）链 G 1281–1558（278 aa）链 H 1281–1558（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZZX (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E14 Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus strand transfer complex 提交 2022-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 B 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 C 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 D 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 E 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 F 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 G 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558 链 H 1281–1558（278 aa）片段：UNP residues 1281-1558	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å

共 36 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_RSVP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 1281–1558 作者链 B； PDB构建体 1–278； UniProt 1281–1558 作者链 C； PDB构建体 1–278； UniProt 1281–1558 作者链 D； PDB构建体 1–278； UniProt 1281–1558 作者链 E； PDB构建体 1–278； UniProt 1281–1558 作者链 F； PDB构建体 1–278； UniProt 1281–1558 作者链 G； PDB构建体 1–278； UniProt 1281–1558 作者链 H； PDB构建体 1–278； UniProt 1281–1558

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7kui
沉积日期 deposition_date	2020-11-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC.
关键词 keywords	intasome, integrase-viral DNA complex, HYDROLASE-DNA-INHIBITOR complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.06 Å
零角强度 I(0) i0	413013000.00
分子量 molecular_weight	151910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	184990 Å³
包络体积 envelope_volume	251760 Å³
水化壳体积 shell_volume	56840 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.95 Å
包络 Rg envelope_rg	36.44 Å
形状 Rg shape_rg	37.07 Å
总 Rg total_rg	37.40 Å
总原子数 total_atoms	10626
残基数 n_residues	1229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	413000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8585
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.067
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	95310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.869

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	30926.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-,3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	10626

PLREAKDLHTALHIGPRALSKACNISMQQAREVVQTCPHCNSAPALEAGVNPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDITQKDEVTKK

来源 Source

来源生物 organism	Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin A)
通用名 common_name	RSV-PrC
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPGPTPTPGPTPCPTPTPAPTPGPCPAPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5520.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,K

AATGTTGTCTTATGCAAT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPGPCPAPTPAPAPGPAPCPAPAPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4899.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,L

ATTGCATAAGACAACA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide ;
分子量 formula_weight	461.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7kuiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	7kuiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	7kuiE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	7kuiE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	64449

fit	/app/data/saxs_computation/ku/7kui/7kui.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ku/7kui/7kui.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ku/7kui/7kui.dat

Cryo-EM structure of Rous sarcoma virus cleaved synaptic complex (CSC) with HIV-1 integrase strand transfer inhibitor MK-2048. CIC region of a cluster identified by 3-dimensional variability analysis in cryoSPARC.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)