7mo5

Crystal Structure of the ZnF4 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–216 突变:F35S Nuclear pore complex protein Nup153 × 1 (P49791) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;294 K;22% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris 分辨率 1.55 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–217; UniProt 1–216

Nuclear pore complex protein Nup153

Rattus norvegicus

UniProt P49791

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 838–874 片段:ZINC FINGER 4 of NUP153 (UNP residues 838-874) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;294 K;22% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris 分辨率 1.55 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU153_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 6–42; UniProt 838–874

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mo5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mo5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mo5
沉积日期 deposition_date2021-05-01
结构标题 titleCrystal Structure of the ZnF4 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP
关键词 keywordsnuclear pore complex component, nucleocytoplasmic transport, TRANSPORT PROTEIN, complex (small GTPase-nuclear protein), zinc finger; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.78
零角强度 I(0) i013157300.00
分子量 molecular_weight27314.0 kDa
排除体积 excluded_volume34262 ų
包络体积 envelope_volume39364 ų
水化壳体积 shell_volume18396 ų
包络直径 envelope_diameter63.1
壳层 Rg shell_rg24.15
包络 Rg envelope_rg18.30
形状 Rg shape_rg17.75
总 Rg total_rg18.82
总原子数 total_atoms3823
残基数 n_residues238
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.7
Rg (实空间) rg_real18.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real1.3160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13160000.0000
解质量估计 total_estimate0.8770
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.264
峰度 Kurtosis kurtosis-0.199
角度范围 angular_range— – 0.4200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2741000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.971

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)