7t4j

Crystal Structure of EGFR_D770_N771insNPG/V948R in complex with TAK-788

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 696–1022 链 B; UniProt 696–1022 突变:V948R R28 propan-2-yl 2-[[4-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-methoxy-5-(propanoylamino)phenyl]amino]-4-(1-methylindol-3-yl)pyrimidine-5-carboxylate × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;20% PEG 8000, 200mM Ammonium Citrate, 100mM MES pH 6.5 分辨率 2.20 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、565 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–331; UniProt 696–1022 作者链 B; PDB构建体 2–331; UniProt 696–1022

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7t4j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7t4j
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7t4j
沉积日期 deposition_date2021-12-10
结构标题 titleCrystal Structure of EGFR_D770_N771insNPG/V948R in complex with TAK-788
关键词 keywordsKinase, Inhibitor, covalent, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex; HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.75
零角强度 I(0) i064181800.00
分子量 molecular_weight65231.0 kDa
排除体积 excluded_volume82909 ų
包络体积 envelope_volume102820 ų
水化壳体积 shell_volume31130 ų
包络直径 envelope_diameter96.5
壳层 Rg shell_rg34.64
包络 Rg envelope_rg27.53
形状 Rg shape_rg27.73
总 Rg total_rg28.57
总原子数 total_atoms4586
残基数 n_residues557
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.0
Rg (实空间) rg_real28.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real6.4180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal64180000.0000
解质量估计 total_estimate0.9010
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.273
峰度 Kurtosis kurtosis-0.595
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21870000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.971

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7t4jA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id7t4jA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id7t4jB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id7t4jB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)