8d73

Crystal Structure of EGFR LRTM with compound 7

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 695–1022 突变:T790M, L858R, V948R GOL GLYCEROL × 1 QCR (3S,4R)-3-fluoro-1-(4-{[4-(methylamino)-1-(propan-2-yl)pyrido[3,4-d]pyridazin-7-yl]amino}pyrimidin-2-yl)piperidin-4-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;285 K;0.10 M sodium acetate, pH 5.8, 0.30 M potassium acetate, 15% glycerol, 9% PEG 8000 分辨率 2.17 Å R-free 0.285
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 695–1022 突变:T790M, L858R, V948R GOL GLYCEROL × 1 QCR (3S,4R)-3-fluoro-1-(4-{[4-(methylamino)-1-(propan-2-yl)pyrido[3,4-d]pyridazin-7-yl]amino}pyrimidin-2-yl)piperidin-4-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;285 K;0.10 M sodium acetate, pH 5.8, 0.30 M potassium acetate, 15% glycerol, 9% PEG 8000 分辨率 2.17 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、564 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 21–348; UniProt 695–1022 作者链 B; PDB构建体 21–348; UniProt 695–1022

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8d73

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8d73
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8d73
沉积日期 deposition_date2022-06-07
结构标题 titleCrystal Structure of EGFR LRTM with compound 7
关键词 keywordsProtein Kinase, inhibitor, kinase domain, mutation, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.44
零角强度 I(0) i080209000.00
分子量 molecular_weight71951.0 kDa
排除体积 excluded_volume90829 ų
包络体积 envelope_volume115170 ų
水化壳体积 shell_volume33591 ų
包络直径 envelope_diameter102.4
壳层 Rg shell_rg35.68
包络 Rg envelope_rg29.16
形状 Rg shape_rg29.44
总 Rg total_rg30.08
总原子数 total_atoms5050
残基数 n_residues618
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.0
Rg (实空间) rg_real30.21
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95
I(0) (实空间) i0_real8.0210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.18
I(0) (倒空间) i0_reciprocal80210000.0000
解质量估计 total_estimate0.8820
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.5
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.453
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25580000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.938

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)