8kd4

Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin modification-related protein EAF3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12432

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 187bp DNA × 1 187bp DNA × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EAF3_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–401; UniProt 1–401 作者链 F; PDB构建体 1–401; UniProt 1–401

Histone H3

Xenopus laevis

UniProt A0A310TTQ1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 Chromatin modification-related protein EAF3 × 2 (Q12432) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 187bp DNA × 1 187bp DNA × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A310TTQ1_XENLA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–135; UniProt 2–136 作者链 S; PDB构建体 1–135; UniProt 2–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 Chromatin modification-related protein EAF3 × 2 (Q12432) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 187bp DNA × 1 187bp DNA × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 H4_XENLA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–102; UniProt 2–103 作者链 T; PDB构建体 1–102; UniProt 2–103

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 Chromatin modification-related protein EAF3 × 2 (Q12432) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 187bp DNA × 1 187bp DNA × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6AZJ8_XENLA
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–129; UniProt 2–130 作者链 U; PDB构建体 1–129; UniProt 2–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 Chromatin modification-related protein EAF3 × 2 (Q12432) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) 187bp DNA × 1 187bp DNA × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 H2B11_XENLA
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–122; UniProt 5–126 作者链 V; PDB构建体 1–122; UniProt 5–126

Histone deacetylase RPD3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32561

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 Chromatin modification-related protein EAF3 × 2 (Q12432) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 187bp DNA × 1 187bp DNA × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPD3_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–433; UniProt 1–433

Transcriptional regulatory protein SIN3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P22579

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 Chromatin modification-related protein EAF3 × 2 (Q12432) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 187bp DNA × 1 187bp DNA × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIN3_YEAST
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 50–1371; UniProt 215–1536

Transcriptional regulatory protein RCO1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q04779

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 14 DNA 2 Chromatin modification-related protein EAF3 × 2 (Q12432) Histone H3 × 2 (A0A310TTQ1) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (Q6AZJ8) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) 187bp DNA × 1 187bp DNA × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RCO1_YEAST
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–684; UniProt 1–684 作者链 G; PDB构建体 1–684; UniProt 1–684

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8kd4
沉积日期 deposition_date2023-08-09
结构标题 titleRpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1
关键词 keywordsRpd3S, HDAC, Hho1, cryptic transcription, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8kd4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8kd4__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

8kd4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)53.01 Å
Rg(电子密度)52.39 Å
总 Rg52.71 Å
原子数27064
残基数2825
排除体积461510 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 8kd4__assembly_1__model_1 hexadecameric (16) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8kd4A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Histone deacetylase domain
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7. 引用文献 (1)