8rup

Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 × 1 （O15392） Borealin × 1 （Q53HL2） Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H32_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.2 × 1 （P84233） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 × 1 （O15392） Borealin × 1 （Q53HL2） Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A type 1

Xenopus laevis

UniProt P06897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.2 × 1 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 × 1 （O15392） Borealin × 1 （Q53HL2） Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2A1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.2 × 1 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 × 1 （O15392） Borealin × 1 （Q53HL2） Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126 作者链 H； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126

Histone H3

Xenopus laevis

UniProt A0A310TTQ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.2 × 1 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 × 1 （O15392） Borealin × 1 （Q53HL2） Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A310TTQ1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

Homo sapiens

UniProt O15392

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.2 × 1 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Borealin × 1 （Q53HL2） Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	BIRC5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 3–144； UniProt 1–142

Borealin

Homo sapiens

UniProt Q53HL2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.2 × 1 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 × 1 （O15392） Inner centromere protein × 1 （Q9NQS7） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	BOREA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Inner centromere protein

Homo sapiens

UniProt Q9NQS7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.2 × 1 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 × 1 （O15392） Borealin × 1 （Q53HL2） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	INCE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 3–82； UniProt 1–80

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rup
沉积日期 deposition_date	2024-01-31
结构标题 title	Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome
关键词 keywords	CPC, nucleosome, cell cycle, chromosome segregation, histone modification, cryoEM; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8rup__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8rup__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8rup__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.46 Å
Rg（电子密度）	43.52 Å
总 Rg	43.84 Å
原子数	25466
残基数	1314
排除体积	230670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8rup__assembly_1__model_1`	13-meric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15435.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	25466

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1
分子量 formula_weight	14109.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13655.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15383.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	47128.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	46709.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
分子量 formula_weight	16568.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GPMGAPTLPPAWQPFLKDHRISTFKNWPFLEGCACTPERMAEAGFIHCPTENEPDLAQCFFCFKELEGWEPDDDPIEEHKKHSSGCAFLSVKKQFEELTLGEFLKLDRERAKNKIAKETNNKKKEFEETAKKVRRAIEQLAAMD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Borealin
分子量 formula_weight	9138.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAPRKGSSRVAKTNSLRRRKLASFLKDFDREVEIRIKQIESDRQNLLKEVDNLYNIEILRLPKALREMNWLDYFAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Inner centromere protein
分子量 formula_weight	9783.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

GPMGTTAPGPIHLLELCDQKLMEFLCNMDNKDLVWLEEIQEEAERMFTREFSKEPELMPKTPSQKNRRKKRRISYVQDENRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.42 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	119063

Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Borealin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Inner centromere protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rup__assembly_1__model_1

8rup__assembly_1__model_1 | I(q)

8rup__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer