8ukv

Crystal structure of nanobody/VHH domain of 34E5 in complex with the extracellular region of the epidermal growth factor variant III (EGFRvIII)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–30 链 A; UniProt 298–642 未记录 Nanobody/VHH domain 34E5 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;70-90 micromolar protein, 15-20% PEG 3350, 100 mM ammonium phosphate, pH 7.4, +20% PEG400 for cryo 分辨率 2.94 Å R-free 0.252
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 25–30 链 B; UniProt 298–642 未记录 Nanobody/VHH domain 34E5 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;70-90 micromolar protein, 15-20% PEG 3350, 100 mM ammonium phosphate, pH 7.4, +20% PEG400 for cryo 分辨率 2.94 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、564 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–6; UniProt 25–30 作者链 A; PDB构建体 7–351; UniProt 298–642 作者链 B; PDB构建体 1–6; UniProt 25–30 作者链 B; PDB构建体 7–351; UniProt 298–642

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ukv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ukv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ukv
沉积日期 deposition_date2023-10-15
结构标题 titleCrystal structure of nanobody/VHH domain of 34E5 in complex with the extracellular region of the epidermal growth factor variant III (EGFRvIII)
关键词 keywords;cell surface receptor, glycoprotein, extracellular, glioblastoma, oncogenic variant, nanobody, VHH domain, Camelid VH domain, antibody, antigen, antibody complex, transferase-immune system complex, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.41
零角强度 I(0) i0162464000.00
分子量 molecular_weight96530.0 kDa
排除体积 excluded_volume118600 ų
包络体积 envelope_volume169710 ų
水化壳体积 shell_volume41938 ų
包络直径 envelope_diameter124.6
壳层 Rg shell_rg40.65
包络 Rg envelope_rg33.40
形状 Rg shape_rg34.40
总 Rg total_rg34.88
总原子数 total_atoms6739
残基数 n_residues868
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.8
Rg (实空间) rg_real34.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real1.6250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal162500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7034
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.5
偏度 Skewness skewness0.214
峰度 Kurtosis kurtosis-0.375
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14390000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.886

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)