SAXSdb — 8ulj

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ulj
沉积日期 deposition_date	2023-10-16
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	Prefusion RSV F bound by neutralizing antibody 2E08
关键词 keywords	RSV, antibody, neutralizing, prefusion, antiviral, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.81 Å
零角强度 I(0) i0	147176000.00
分子量 molecular_weight	98144.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122800 Å³
包络体积 envelope_volume	178290 Å³
水化壳体积 shell_volume	37289 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.58 Å
包络 Rg envelope_rg	48.32 Å
形状 Rg shape_rg	45.87 Å
总 Rg total_rg	45.37 Å
总原子数 total_atoms	6894
残基数 n_residues	912
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	147000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6587
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.425
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.598
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9874
最高正则化参数 α highest_alpha	7677000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.937; Stabil: 0.978; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.823; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F2
分子量 formula_weight	8873.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6896

QNITEEFYQSTCSAVSKGYLSALRTGWYTSVITIELSNIKENKCNGTDAKVKLIKQELDKYKNAVTELQLLMQSTPATN

来源 Source

来源生物 organism	Respiratory syncytial virus A2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1972429
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	2E08 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23336.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

EIVTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQNVGSNLLAWYQQKPGQAPRLLIYGASNRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFVVYHCQQYGSSPRTFGQGTKVEIRRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	2E08 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25919.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVESGAEAKKPGSSVKVSCKISGGTLNDYPIRWVRQAPGQGLEWMGGIIPILGTSYETQKFQGRLTLTADELTSTVYMELRYLTSEDAAVYFCATMTSPVFIDALDVWGQGTRVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKGSENLYFQGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0,Fibritin
分子量 formula_weight	45609.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

FLGFLLGVGSAIASGVAVCKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTFKVLDLKNYIDKQLLPILNKQSCSISNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMCIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSLTLPSEVNLCNVDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYYVNKQEGKSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFIRKSDELLSAIGGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGGLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Respiratory syncytial virus A2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1972429
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	164.715 Å
晶胞边长 b length_b	164.715 Å
晶胞边长 c length_c	146.157 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.390 Å
R 因子 r_factor	0.2382
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2635

fit	/app/data/saxs_computation/ul/8ulj/8ulj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ul/8ulj/8ulj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ul/8ulj/8ulj.dat

Prefusion RSV F bound by neutralizing antibody 2E08

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)