SAXSdb — 8ulk

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ulk
沉积日期 deposition_date	2023-10-16
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	Prefusion RSV F bound by neutralizing antibody 1G12
关键词 keywords	RSV, antibody, neutralizing, pre-fusion, glycoprotein, antiviral, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.25 Å
零角强度 I(0) i0	1185900000.00
分子量 molecular_weight	287440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	360410 Å³
包络体积 envelope_volume	519340 Å³
水化壳体积 shell_volume	85588 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.1 Å
壳层 Rg shell_rg	51.82 Å
包络 Rg envelope_rg	53.75 Å
形状 Rg shape_rg	53.30 Å
总 Rg total_rg	53.05 Å
总原子数 total_atoms	20187
残基数 n_residues	2631
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.7 Å
Rg (实空间) rg_real	53.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1860e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1186000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8878
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.226
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.736
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	119700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.756

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F2
分子量 formula_weight	8173.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	20187

QNITEEFYQSTCSAVSKGYLSALRTGWYTSVITIELSNIKENKCNGTDAKVKLIKQELDKYKNAVTELQLLM

来源 Source

来源生物 organism	Human respiratory syncytial virus A2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11259
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	1G12 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25313.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,F

QVQLVQSGAEVKKSGASVQVSCKASGYPFGNYGITWVRQAPGQGLEWMGWISAYNGQTYYAEKFQGRVTMTTDTSTSTGYMELRSLRSDDTAVYFCARDVPVVAAVLRDYWGQGVTVSSSSASTKGPSVFPLAPGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKGSENLYFQGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	1G12 Fab light chain
分子量 formula_weight	23316.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,L,G

VKGMTQSPLFLPVTLGQPASISCRSSQSLVHSDGNIYLSWFQQRPGQSPRRLIYKVFDRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVAHYYCMQATHWPGTFGGGTKLTVLRTVAAPSVFLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPSKAGVETTTPSKQSNNKYSLSSVLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTFAPT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0,Fibritin
分子量 formula_weight	45609.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K

FLGFLLGVGSAIASGVAVCKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTFKVLDLKNYIDKQLLPILNKQSCSISNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMCIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSLTLPSEVNLCNVDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYYVNKQEGKSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFIRKSDELLSAIGGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGGLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Respiratory syncytial virus A2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1972429
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	143.982 Å
晶胞边长 b length_b	174.605 Å
晶胞边长 c length_c	226.286 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.280 Å
最低分辨率 resolution_low	46.950 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2436
R_free r_free	0.2786

fit	/app/data/saxs_computation/ul/8ulk/8ulk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ul/8ulk/8ulk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ul/8ulk/8ulk.dat

Prefusion RSV F bound by neutralizing antibody 1G12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)