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Respiratory Syncytial Virus Fusion protein in the postfusion conformation in complex with monoclonal antibody 131-2a Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 112.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hvw
沉积日期 deposition_date	2025-01-02
结构标题 title	Respiratory Syncytial Virus Fusion protein in the postfusion conformation in complex with monoclonal antibody 131-2a Fab
关键词 keywords	antigenic site I, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.07 Å
零角强度 I(0) i0	253266000.00
分子量 molecular_weight	127810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	160020 Å³
包络体积 envelope_volume	199210 Å³
水化壳体积 shell_volume	49930 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.96 Å
包络 Rg envelope_rg	33.13 Å
形状 Rg shape_rg	33.06 Å
总 Rg total_rg	33.60 Å
总原子数 total_atoms	8950
残基数 n_residues	1149
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.5 Å
Rg (实空间) rg_real	33.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	253300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6529
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.412
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.044
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.078; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.922

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0
分子量 formula_weight	8930.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	8950

QNITEEFYQSTCSAVSKGYLSALRTGWYTSVITIELSNIKENKCNGTDAKVKLIKQELDKYKNAVTELQLLMQSTPAANS

来源 Source

来源生物 organism	human respiratory syncytial virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11250
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F1,Probable N-acetylmuramidase
分子量 formula_weight	55751.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

FLGFLLGVGSAIASGIAVSKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTSKVLDLKNYIDKQLLPIVNKQSCSISNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMSIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSLTLPSEVNLCNIDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYYVNKQEGKSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFIRKSDELLHNLIKRMKQIEDKIEEIESKQKKIENEIARIKKGNTNSGGSTTTITNNNSGTNSSSTTYTVKSGDTLWGISQRYGISVAQIQSANNLKSTIIYIGQKLVLTGSASSTNSGGSNNSASTTPTTSVTPAKPTSQTT

来源 Source

来源生物 organism	human respiratory syncytial virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11250
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	131-2a heavy chain
分子量 formula_weight	13162.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGFTFTDFSIHWVKQSQGKSLDWVGYIYPYTGGNGYNLKFQSKATLTVDTSSTTAYMELRSLTSEDSAVYYCARREGNFVGAMDYWGQGTSVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	131-2a light chain
分子量 formula_weight	11880.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDNFGISFINWFQQKPGQPPKLLIYGASNQGSGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPMEEVDTAVYFCHQSKEVPYTFGGGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	394000

fit	/app/data/saxs_computation/hv/9hvw/9hvw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hv/9hvw/9hvw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hv/9hvw/9hvw.dat

Respiratory Syncytial Virus Fusion protein in the postfusion conformation in complex with monoclonal antibody 131-2a Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)