8v5v

Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 134.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v5v
沉积日期 deposition_date	2023-12-01
结构标题 title	Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation
关键词 keywords	SARS-CoV-2, Spike, S2, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.20 Å
零角强度 I(0) i0	760124000.00
分子量 molecular_weight	225960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	282160 Å³
包络体积 envelope_volume	411980 Å³
水化壳体积 shell_volume	77335 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.5 Å
壳层 Rg shell_rg	50.67 Å
包络 Rg envelope_rg	41.88 Å
形状 Rg shape_rg	43.19 Å
总 Rg total_rg	43.55 Å
总原子数 total_atoms	15882
残基数 n_residues	2025
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.8 Å
Rg (实空间) rg_real	43.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3500e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	760400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.040
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.492
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.862

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S2,Fibritin
分子量 formula_weight	64292.5 kDa
突变 mutation	F817P,A892P,A899P,A942P,V987P,Y707C,T883C,Y788C,A876C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E,F
原子数 atom_count	15882

SIIAYTMSLGAENSVACSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQCYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSPIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSCLLAGTICSGWTFGAGPALQIPFPMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTPSALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLLEVLFQGPAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Variable domain of the light chain from the human antibody 6C10
分子量 formula_weight	11697.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d,g,e

AIRMTQSPSTLSVSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQHKPGQAPRLLVYGASTRATGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNWPPPFTFGPGTKVDI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Variable domain of the heavy chain from the human antibody 6C10
分子量 formula_weight	13913.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,c,b

QVQLVQSGAEVRKPGASVKVSCKASGYTFTGYYIHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGGTNYAQKFQGWVIMTRDTSISTAYMELSRLTSDDTAVYYCARCGARSYYYDSGDYCAFDIWGQGTVVTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	408064

fit	/app/data/saxs_computation/v5/8v5v/8v5v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v5/8v5v/8v5v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v5/8v5v/8v5v.dat

Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)